gmx-rmsf - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-rmsf - نوسانات اتمی را محاسبه کنید

خلاصه

gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-او [<.pdb>]] [-گاو [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-دیر [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[اکنون] [-xvg ] [- [نه] رس]
[-[نه]انیسو] [- [نه] مناسب]

شرح

gmx rmsf ریشه میانگین نوسانات مربع (RMSF، یعنی انحراف معیار) را محاسبه می کند
موقعیت های اتمی در مسیر (ارائه شده با -f) پس از (اختیاری) اتصال به a
چارچوب مرجع (ارائه شده با -s).

با گزینه -او مقادیر RMSF به مقادیر فاکتور B تبدیل می شوند که به a نوشته می شوند
pdf فایل با مختصات، فایل ساختار یا a pdf فایل کی -q is
مشخص شده. گزینه -گاو فاکتورهای B را در یک فایل با مختصات متوسط ​​می نویسد.

با گزینه -od ریشه میانگین انحراف مربع با توجه به ساختار مرجع
محاسبه می شود.

با گزینه -انیسو, gmx rmsf فاکتورهای دمای ناهمسانگرد و سپس آن را محاسبه خواهد کرد
همچنین مختصات میانگین و a را تولید خواهد کرد pdf فایل با سوابق ANISOU (مطابق با
la -او or -گاو گزینه). لطفاً توجه داشته باشید که مقادیر U وابسته به جهت هستند، بنابراین قبلاً
در مقایسه با داده های تجربی، باید تأیید کنید که با داده های آزمایشی مطابقت دارید
مختصات

هنگامی که یک pdf فایل ورودی به برنامه ارسال می شود و -انیسو پرچم یک همبستگی تنظیم شده است
نمودار Uij ایجاد خواهد شد، اگر هر عامل دمای ناهمسانگرد در آن وجود داشته باشد
pdf فایل.

با گزینه -دیر متوسط ​​ماتریس MSF (3x3) مورب است. این مسیرها را نشان می دهد
که در آن اتم ها بیشترین و کمترین نوسان را دارند.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ساختار + جرم (db): Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (اختیاری)
فایل بانک اطلاعات پروتئین

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-او [<.pdb>] (bfac.pdb) (اختیاری)
فایل بانک اطلاعات پروتئین

-گاو [<.pdb>] (xaver.pdb) (اختیاری)
فایل بانک اطلاعات پروتئین

-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-oc [<.xvg>] (correl.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-دیر [<.log>] (rmsf.log) (اختیاری)
ورود به سیستم فایل

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

- [نه] رس (نه)
میانگین برای هر باقیمانده را محاسبه کنید

-[نه]انیسو (نه)
محاسبه عوامل دمایی ناهمسانگرد

- [نه] مناسب (آره)
قبل از محاسبه RMSF، برهم نهی حداقل مربعات را انجام دهید. بدون این شما باید بسازید
مطمئن شوید که ساختار مرجع و مسیر مطابقت دارند.

از gmx-rmsf به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید