gmx-sham - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-sham - انرژی های آزاد یا هیستوگرام های دیگر را از هیستوگرام ها محاسبه کنید

خلاصه

gmx شم [-f [<.xvg>]] [-GE [<.xvg>]] [-نه [<.xvg>]] [-دور [<.xvg>]]
[-هیستو [<.xvg>]] [-صندوقچه [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[اکنون] [-xvg ]
[- [بدون] زمان] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[نه]د] [-[نه]شما] [-تشم ]
[-pmin ] [-اذعان ] [-ngrid ]
[-xmin ] [-xmax ] [-pmax ]
[-gmax ] [-امین ] [-max ]
[-سطوح ]

شرح

gmx شام نمودارهای چند بعدی انرژی آزاد، آنتالپی و آنتروپی می سازد. gmx شام می خواند
یکی یا بیشتر xvg فایل ها و تجزیه و تحلیل مجموعه داده ها. هدف اساسی از gmx شام نقشه کشیدن است
مناظر با انرژی آزاد گیبس (گزینه -ls) توسط بولزمن معکوس چند بعدی
هیستوگرام (گزینه -lp، اما همچنین می تواند آنتالپی ایجاد کند (گزینه -lsh) و آنتروپی (گزینه
-lss) توطئه ها. هیستوگرام ها را می توان برای هر مقداری که کاربر تهیه می کند ساخته شود. یک خط در
فایل ورودی ممکن است با یک زمان شروع شود (به گزینه مراجعه کنید -زمان) و هر تعداد از y-ارزش ها ممکن است
دنبال کردن. هنگامی که مجموعه های متعدد با & (گزینه) از هم جدا شوند، می توان آنها را خواند -n)، در این
فقط یک مورد yمقدار از هر خط خوانده می شود. تمام خطوطی که با # و @ شروع می شوند هستند
رد شد

گزینه -GE می تواند برای تامین انرژی های آزاد یک فایل استفاده شود، زمانی که مجموعه یک A نیست
گروه بولتزمن، اما باید با این انرژی آزاد مغرضانه باشد. یک مقدار انرژی آزاد است
مورد نیاز برای هر نقطه داده (چند بعدی) در -f ورودی

گزینه -نه می توان از آن برای تامین انرژی یک فایل استفاده کرد. این انرژی ها به عنوان یک
تابع وزن دهی در روش تحلیل هیستوگرام منفرد توسط کومار و همکاران. چه زمانی
دماها (به عنوان ستون دوم در فایل)، یک وزن دهی تجربی ارائه شده است
طرح اعمال می شود. علاوه بر این از دریچه ها برای ساخت نمودارهای آنتالپی و آنتروپی استفاده می شود.

با گزینه -اذعان، ابعاد را می توان برای فواصل داد. وقتی فاصله 2- یا باشد
3 بعدی، محیط یا سطح نمونه برداری شده توسط دو ذره با افزایش می یابد
افزایش فاصله بسته به آنچه که فرد می خواهد نشان دهد، می تواند تصحیح را انتخاب کند
هیستوگرام و انرژی آزاد برای این اثر حجمی. احتمال با r نرمال می شود
و r^2 برای ابعاد 2 و 3 به ترتیب. مقدار -1 برای نشان دادن یک استفاده می شود
زاویه بر حسب درجه بین دو بردار: نرمال سازی sin(زاویه) اعمال خواهد شد. توجه داشته باشید
که برای زوایای بین بردارها، حاصلضرب داخلی یا کسینوس کمیت طبیعی است
استفاده کنید، زیرا سطل هایی با همان حجم تولید می کند.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xvg>] (graph.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-GE [<.xvg>] (gibbs.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-نه [<.xvg>] (esham.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-دور [<.xvg>] (ener.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-هیستو [<.xvg>] (edist.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-صندوقچه [<.ndx>] (bindex.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

-lp [<.xpm>] (prob.xpm) (اختیاری)
فایل ماتریسی سازگار با X PixMap

-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) (اختیاری)
فایل ماتریسی سازگار با X PixMap

-lsh [<.xpm>] (enthalpy.xpm) (اختیاری)
فایل ماتریسی سازگار با X PixMap

-lss [<.xpm>] (entropy.xpm) (اختیاری)
فایل ماتریسی سازگار با X PixMap

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (اختیاری)
فایل بانک اطلاعات پروتئین

-g [<.log>] (shamlog.log) (اختیاری)
ورود به سیستم فایل

گزینه های دیگر:

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

- [بدون] زمان (آره)
انتظار زمانی را در ورودی داشته باشید

-b (-1)
اولین بار است که از مجموعه می خوانم

-e (-1)
آخرین بار برای خواندن از مجموعه

-ttol (0)
تحمل به موقع در واحدهای مناسب (معمولا ps)

-n (1)
این تعداد مجموعه را بخوانید که با خطوطی که فقط یک آمپرسند دارند از هم جدا شده اند

-[نه]د (نه)
از مشتق استفاده کنید

-[نه]شما (آره)
وزن انرژی را خاموش کنید حتی اگر انرژی داده شود

-تشم (298.15)
دما برای تجزیه و تحلیل هیستوگرام منفرد

-pmin (0)
حداقل احتمال هر چیزی کمتر از این مقدار صفر می شود

-اذعان (1 1 1)
ابعاد برای فواصل، مورد استفاده برای تصحیح حجم (حداکثر 3 مقدار، ابعاد > 3
همان مقدار قبلی را دریافت می کند)

-ngrid (32 32 32)
تعداد سطل‌ها برای مناظر انرژی (حداکثر 3 مقدار، ابعاد > 3 را دریافت می‌کند
همان مقدار قبلی)

-xmin (0 0 0)
حداقل برای محورها در چشم انداز انرژی (برای > 3 بعد به بالا مراجعه کنید)

-xmax (1 1 1)
حداکثر برای محورها در چشم انداز انرژی (برای > 3 بعد به بالا مراجعه کنید)

-pmax (0)
حداکثر احتمال در خروجی، پیش فرض محاسبه است

-gmax (0)
حداکثر انرژی آزاد در خروجی، پیش فرض محاسبه می شود

-امین (0)
حداقل آنتالپی در خروجی، پیش فرض محاسبه می شود

-max (0)
حداکثر آنتالپی در خروجی، پیش فرض محاسبه می شود

-سطوح (25)
تعداد سطوح برای چشم انداز انرژی

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-sham آنلاین استفاده کنید