gmx-tune_pme - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-tune_pme - زمان mdrun به عنوان تابعی از رتبه های PME برای بهینه سازی تنظیمات

خلاصه

gmx tune_pme [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [-جدول [<.xvg>]]
[-تبلت [<.xvg>]] [-میز [<.xvg>]]
[-tableb [<.xvg>]] [-تکرار [<.xtc/.trr/...>]]
[-یی [<.edi>]] [-p [<.out>]] [-اشتباه [<.log>]]
[-بنابراین [<.tpr>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-رشته [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[-معتبر [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-رو [<.xvg>]] [-را [<.log>]]
[-rs [<.log>]] [-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]]
[-dn [<.ndx>]] [-مبادله [<.xvg>]] [-بو [<.trr/.cpt/...>]]
[-bx [<.xtc>]] [-bcpo [<.cpt>]] [-قبل از میلاد مسیح [<.gro/.g96/...>]]
[-بودن [<.edr>]] [-bg [<.log>]] [-بیو [<.xvg>]]
[-bdhdl [<.xvg>]] [-bfield [<.xvg>]] [-btpi [<.xvg>]]
[-btpid [<.xvg>]] [-خدایی [<.xvg>]] [-بروناو [<.xvg>]]
[-bpx [<.xvg>]] [-bpf [<.xvg>]] [-برو [<.xvg>]]
[-سینه بند [<.log>]] [-brs [<.log>]] [-brt [<.log>]]
[-bmtx [<.mtx>]] [-bdn [<.ndx>]] [-swap [<.xvg>]]
[-xvg ] [-mdrun ] [-np ]
[-npstring ] [-ntmpi ] [-r ]
[-حداکثر ] [-من ] [-npme ] [-ثابت ]
[-rmax ] [-rmin ] [-[no]scalevdw]
[-ntpr ] [-مراحل ] [- راه اندازی مجدد ]
[-nsteps ] [- [نه] راه اندازی] [-[نه]نیمکت] [- [نه] چک کنید]
[-gpu_id ] [- [نه] ضمیمه] [-[no]cpnum]
[-deffnm ]

شرح

برای یک عدد معین -np or -ntmpi از درجات، gmx tune_pme مرتباً سیستماتیک gmx mdrun
با اعداد مختلف فقط PME رتبه بندی می کند و تعیین می کند که کدام تنظیم سریع ترین است. خواهد شد
همچنین آزمایش کنید که آیا عملکرد را می توان با تغییر بار از حالت متقابل به بار افزایش داد
بخشی از فضای واقعی از مجموع اوالد. به سادگی خود را پاس کنید tpr فایل به gmx tune_pme با هم
با گزینه های دیگر برای gmx mdrun به عنوان مورد نیاز.

gmx tune_pme نیاز به تماس دارد gmx mdrun و بنابراین نیاز دارد که نحوه فراخوانی mdrun را مشخص کنید
با استدلال به -mdrun پارامتر. بسته به نحوه ساخت GROMACS، مقادیر
مانند 'gmx mdrun'، 'gmx_d mdrun' یا 'mdrun_mpi' ممکن است مورد نیاز باشد.

برنامه ای که برنامه های MPI را اجرا می کند می تواند در متغیر محیطی MPIRUN (پیش فرض
به "مپیرون"). توجه داشته باشید که برای فریمورک‌های MPI خاص، باید یک ماشین یا ارائه دهید
فایل میزبان این همچنین می تواند از طریق متغیر MPIRUN منتقل شود، به عنوان مثال

صادرات MPIRUN="/usr/local/mpirun -machinefile میزبانان" توجه داشته باشید که در چنین مواردی چنین است
معمولاً برای کامپایل و/یا اجرا ضروری است gmx tune_pme بدون پشتیبانی MPI، به طوری که می تواند
با برنامه MPIRUN تماس بگیرید.

قبل از اجرای معیارهای واقعی، gmx tune_pme یک بررسی سریع انجام خواهد داد که آیا gmx
mdrun با تنظیمات موازی ارائه شده همانطور که انتظار می رود کار می کند -بررسی گزینه است
فعال شده (پیش فرض). لطفا تماس بگیر gmx tune_pme با گزینه های معمولی که می گذرانید
به gmx mdrun و اضافه کنید -np برای تعداد رتبه هایی که تست ها را انجام می دهند، یا -ntmpi برای
تعداد رشته ها همچنین می توانید اضافه کنید -r هر تست را چندین بار تکرار کنید تا بهتر شوید
آمار.

gmx tune_pme می تواند حجم های کاری فضای واقعی / فضای متقابل مختلف را برای شما آزمایش کند. با -ntpr
شما کنترل می کنید که چه تعداد اضافی tpr فایل ها با برش های بزرگ و کوچکتر نوشته می شوند
شبکه های فوریه به ترتیب. به طور معمول، اولین آزمون (شماره 0) با
تنظیمات از ورودی tpr فایل؛ آخرین آزمون (شماره ntpr) کولن را خواهد داشت
برش مشخص شده توسط -rmax با یک شبکه PME تا حدودی کوچکتر در همان زمان. در این آخرین
آزمون، فاصله فوریه با ضرب می شود rmax/rcoulomb. باقیمانده tpr فایل ها خواهد شد
شعاع های کولن (و فواصل فوریه) با فاصله یکسانی بین این انتها دارند. توجه داشته باشید: که
می توانید تنظیم کنید -ntpr به 1 اگر فقط به دنبال تعداد بهینه رتبه های فقط PME هستید. در این مورد
ورودی شما tpr فایل بدون تغییر باقی می ماند

برای اجرای معیار، پیش‌فرض 1000 گام زمانی برای اکثر سیستم‌های MD کافی است.
تعادل بار پویا به حدود 100 مرحله زمانی نیاز دارد تا با عدم تعادل بار محلی سازگار شود.
بنابراین شمارنده های گام زمانی به طور پیش فرض پس از 100 مرحله تنظیم مجدد می شوند. برای سیستم های بزرگ
(> 1M اتم)، و همچنین برای دقت بالاتر اندازه گیری ها، باید تنظیم کنید
- راه اندازی مجدد به یک ارزش بالاتر از ورودی های عدم تعادل بار "DD" در خروجی md.log
فایل شما می توانید بگویید پس از چند مرحله بار به اندازه کافی متعادل است. تماس مثال:

gmx tune_pme -np 64 -s پروتئین.tpr -راه اندازی

بعد از تماس gmx mdrun چندین بار، اطلاعات عملکرد دقیق در دسترس است
فایل خروجی perf.out. توجه داشته باشید: که در طول بنچمارک ها، چند فایل موقت
نوشته شده اند (گزینه ها -b*) پس از هر آزمایش به طور خودکار حذف می شوند.

اگر می‌خواهید شبیه‌سازی به‌طور خودکار با پارامترهای بهینه‌سازی شده شروع شود، استفاده کنید
گزینه خط فرمان -راه اندازی.

پشتیبانی اولیه برای GPU فعال mdrun وجود دارد. یک رشته حاوی شناسه پردازنده های گرافیکی بدهید
که می خواهید در بهینه سازی در -gpu_id آرگومان خط فرمان بر خلاف
mdrun -gpu_id، این به معنای یک نقشه برداری نیست بلکه صرفاً به مجموعه واجد شرایط است. g_tune_pme اراده
برای mdrun فراخوانی هایی ایجاد کنید که از این مجموعه به طور مناسب استفاده می کنند، با این فرض که PP در رتبه های پایین قرار می گیرد
شاخص‌ها باید به پردازنده‌های گرافیکی با شاخص‌های پایین نگاشت شوند، و هر دو به صورت یکنواخت بر روی آن افزایش یابند
مجموعه های مربوطه

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

-cpi [<.cpt>] (state.cpt) (اختیاری)
فایل ایست بازرسی

-جدول [<.xvg>] (table.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-تبلت [<.xvg>] (tabletf.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-میز [<.xvg>] (table.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-tableb [<.xvg>] (table.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-تکرار [<.xtc/.trr/...>] (rerun.xtc) (اختیاری)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-یی [<.edi>] (sam.edi) (اختیاری)
ورودی نمونه برداری ED

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-p [<.out>] (perf.out)
فایل خروجی عمومی

-اشتباه [<.log>] (bencherr.log)
ورود به سیستم فایل

-بنابراین [<.tpr>] (tuned.tpr)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

-o [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
مسیر دقیق کامل: TRR cpt tng

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (اختیاری)
مسیر فشرده (فرمت tng یا فرمت xdr قابل حمل)

-cpo [<.cpt>] (state.cpt) (اختیاری)
فایل ایست بازرسی

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
فایل ساختار: غروب g96 پی دی بی brk ent esp

-e [<.edr>] (ener.edr)
فایل انرژی

-g [<.log>] (md.log)
ورود به سیستم فایل

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-رشته [<.xvg>] (field.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-معتبر [<.xvg>] (deviatie.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-pf [<.xvg>] (pullf.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-رو [<.xvg>] (rotation.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-را [<.log>] (rotangles.log) (اختیاری)
ورود به سیستم فایل

-rs [<.log>] (rotslabs.log) (اختیاری)
ورود به سیستم فایل

-rt [<.log>] (rottorque.log) (اختیاری)
ورود به سیستم فایل

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (اختیاری)
ماتریس هسی

-dn [<.ndx>] (dipole.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

-مبادله [<.xvg>] (swapions.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-بو [<.trr/.cpt/...>] (bench.trr)
مسیر دقیق کامل: TRR cpt tng

-bx [<.xtc>] (bench.xtc)
مسیر فشرده (قالب xdr قابل حمل): xtc

-bcpo [<.cpt>] (bench.cpt)
فایل ایست بازرسی

-قبل از میلاد مسیح [<.gro/.g96/...>] (bench.gro)
فایل ساختار: غروب g96 پی دی بی brk ent esp

-بودن [<.edr>] (bench.edr)
فایل انرژی

-bg [<.log>] (bench.log)
ورود به سیستم فایل

-بیو [<.xvg>] (benchedo.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-bdhdl [<.xvg>] (benchdhdl.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-bfield [<.xvg>] (benchfld.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-btpi [<.xvg>] (benchtpi.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-btpid [<.xvg>] (benchtpid.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-خدایی [<.xvg>] (benchdev.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-بروناو [<.xvg>] (benchrnav.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-bpx [<.xvg>] (benchpx.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-bpf [<.xvg>] (benchpf.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-برو [<.xvg>] (benchrot.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-سینه بند [<.log>] (benchrota.log) (اختیاری)
ورود به سیستم فایل

-brs [<.log>] (benchrots.log) (اختیاری)
ورود به سیستم فایل

-brt [<.log>] (benchrott.log) (اختیاری)
ورود به سیستم فایل

-bmtx [<.mtx>] (benchn.mtx) (اختیاری)
ماتریس هسی

-bdn [<.ndx>] (bench.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

-swap [<.xvg>] (benchswp.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-mdrun
خط فرمان برای اجرای یک شبیه سازی، به عنوان مثال 'gmx mdrun' یا 'mdrun_mpi'

-np (1)
تعداد رتبه‌هایی برای اجرای آزمایش‌ها (برای رتبه‌های PME جداگانه باید > ۲ باشد)

-npstring (np)
نام $MPIRUN گزینه ای که تعداد رتبه های مورد استفاده را مشخص می کند ('np' یا 'n';
اگر چنین گزینه ای وجود ندارد از "هیچ" استفاده کنید): np، n، هیچ

-ntmpi (1)
تعداد رشته‌های MPI برای اجرای آزمایش‌ها (MPI و mpirun را خاموش می‌کند)

-r (2)
هر آزمایش را مرتباً تکرار کنید

-حداکثر (0.5)
حداکثر کسری از رتبه های PME برای آزمایش

-من (0.25)
حداقل کسری از رتبه های PME برای آزمایش

-npme (خودکار)
در -min و -max، تمام مقادیر ممکن را برای محک قرار دهید -npme، یا فقط منطقی است
زیرمجموعه. خودکار -min و -max را نادیده می گیرد و مقادیر معقول را حول یک حدس انتخاب می کند
برای npme مشتق شده از زیر مجموعه .tpr: auto, all,

-ثابت (-2)
اگر >= -1، تعداد رتبه‌های فقط PME را تغییر ندهید، در عوض از این مقدار ثابت استفاده کنید.
و فقط rcoulomb و فاصله شبکه PME را تغییر دهید.

-rmax (0)
اگر > 0 باشد، حداکثر rcoulomb برای -ntpr>1 (افزایش مقیاس rcoulomb منجر به شبکه فویر می شود
کاهش مقیاس)

-rmin (0)
اگر > 0، حداقل rcoulomb برای -ntpr>1 است

-[no]scalevdw (آره)
مقیاس rvdw همراه با rcoulomb

-ntpr (0)
تعداد tpr فایل ها برای معیار این تعداد فایل را با rcoulomb های مختلف ایجاد کنید
عوامل مقیاس بندی بسته به -rmin و -rmax. اگر < 1، به طور خودکار انتخاب کنید
تعداد tpr فایل هایی برای تست

-مراحل (1000)
برای این تعداد گام در اجرای معیار زمان بندی کنید

- راه اندازی مجدد (100)
اجازه دهید dlb این تعداد گام را قبل از انجام زمان بندی متعادل کند (سیکل شمارنده ها را بازنشانی کنید
بعد از این تعداد قدم)

-nsteps (-1)
اگر منفی نیست، این تعداد مراحل را در اجرای واقعی انجام دهید (nsteps از را بازنویسی می کند
tpr، اضافه کردن cpt مراحل)

- [نه] راه اندازی (نه)
پس از بهینه سازی، شبیه سازی واقعی را راه اندازی کنید

-[نه]نیمکت (آره)
معیارها را اجرا کنید یا فقط ورودی را ایجاد کنید tpr فایل ها؟

- [نه] چک کنید (آره)
قبل از اجرای بنچمارک، بررسی کنید که آیا mdrun به صورت موازی کار می کند یا خیر

-gpu_id
فهرست شناسه‌های دستگاه GPU که برای استفاده واجد شرایط هستند (برخلاف mdrun، به هیچ
نقشه برداری)

- [نه] ضمیمه (آره)
هنگام ادامه از ایست بازرسی به جای اضافه کردن، به فایل های خروجی قبلی اضافه کنید
شماره قسمت شبیه سازی برای همه نام فایل ها (فقط برای راه اندازی)

-[no]cpnum (نه)
نگهداری و شماره گذاری فایل های ایست بازرسی (فقط راه اندازی)

-deffnm
نام فایل های پیش فرض را تنظیم کنید (فقط راه اندازی)

از gmx-tune_pme به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید