این دستور gt-csa است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
gt-csa - ترازهای متصل شده را از فایل GFF3 به ترازهای به هم پیوسته تبدیل کنید.
خلاصه
gt خودشه [گزینه ...] [GFF3_file]
شرح
-طول پیوستن [ارزش]
تنظیم طول اتصال برای خوشه‌بندی هم‌ترازی متصل (پیش‌فرض: 300)
-v [بله | نه]
پرحرف باشد (پیش‌فرض: خیر)
-o [نام فایل]
تغییر مسیر خروجی به فایل مشخص شده (پیش فرض: تعریف نشده)
-gzip [بله | نه]
نوشتن فایل خروجی فشرده gzip (پیش‌فرض: خیر)
-bzip2 [بله | نه]
فایل خروجی فشرده bzip2 را بنویسید (پیش‌فرض: خیر)
-زور [بله | نه]
نوشتن اجباری در فایل خروجی (پیش‌فرض: خیر)
-کمک
نمایش راهنما و خروج
-version
نمایش اطلاعات نسخه و خروج
مثال:
فرض کنید یک فایل GFF3 داریم csa_example_spliced_alignments.gff3 حاوی
به دنبال چهار هم‌ترازی به هم پیوسته (به عنوان ژن با اگزون به عنوان
فرزندان):
##gff-نسخه 3
##sequence-region seq 1 290
دنباله . ژن 1 209. + . شناسه = ژن1
دنباله . اگزون 1. + . والد = ژن90
دنباله . اگزون 110. + . والد = ژن190
دنباله . اگزون 201. + . والد = ژن209
###
دنباله . ژن 1 290. + . شناسه = ژن2
دنباله . اگزون 1. + . والد = ژن90
دنباله . اگزون 101. + . والد = ژن190
دنباله . اگزون 201. + . والد = ژن290
###
دنباله . ژن 10 290. + . شناسه = ژن3
دنباله . اگزون 10. + . والد = ژن90
دنباله . اگزون 110. + . والد = ژن190
دنباله . اگزون 201. + . والد = ژن290
###
دنباله . ژن 181 290. + . شناسه = ژن4
دنباله . اگزون 181. + . والد = ژن190
دنباله . اگزون 201. + . والد = ژن290
###
برای محاسبه ترازهای به هم پیوسته توافقی، ما فراخوانی می کنیم:
$ gt csa csa_example_spliced_alignments.gff3
که برمی گردد:
##gff-نسخه 3
##sequence-region seq 1 290
seq gt csa gene 1 290 . + . شناسه = ژن1
seq gt csa mRNA 1 290. + . ID=mRNA1;والد=ژن1
seq gt csa exon 1 90 . + . والد=mRNA1
seq gt csa exon 110 190 . + . والد=mRNA1
seq gt csa exon 201 290 . + . والد=mRNA1
seq gt csa mRNA 1 290. + . ID=mRNA2;والد=ژن1
seq gt csa exon 1 90 . + . والد=mRNA2
seq gt csa exon 101 190 . + . والد=mRNA2
seq gt csa exon 201 290 . + . والد=mRNA2
###
همانطور که می توان دید، آنها در یک هم ترازی به هم پیوسته با اجماع ترکیب شده اند (نمایش داده شده به عنوان
ژن های دارای mRNA در کودکی که به نوبه خود دارای اگزون در کودکی هستند) با دو جایگزین
فرم های اتصال تراز اول و سوم اسپلایس شده در اولی ترکیب شده اند
فرم پیوند جایگزین (mRNA1) و تراز دوم و چهارم به هم متصل شده است
دومین فرم پیوند جایگزین (mRNA2).
همانطور که می توان مشاهده کرد، اگزون دوم از شکل اتصال جایگزین اول کوتاهتر از شکل است
اگزون مربوطه از فرم اسپلایس جایگزین دوم.
گزارش نویسی اشکالات
گزارش اشکالات به[ایمیل محافظت شده]>.
از gt-csa به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
