این دستور gt-ltrharvest است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
gt-ltrharvest - رتروترانسپوزون های LTR را پیش بینی کنید.
خلاصه
gt ltrharvest [گزینه ...] -index
شرح
-فهرست مطالب [رشته]
نام شاخص آرایه پسوندی پیشرفته (اجباری) را مشخص کنید (پیش‌فرض: تعریف نشده)
-دامنه [شروع پایان]
محدوده ای را در دنباله(های) ورودی که جفت های LTR در آن جستجو می شوند مشخص کنید (پیش فرض:
[0..0])
-بذر [ارزش]
حداقل طول بذر را برای تکرارهای دقیق مشخص کنید (پیش‌فرض: 30)
-minlenltr [ارزش]
حداقل طول را برای هر LTR مشخص کنید (پیش‌فرض: 100)
-maxlenltr [ارزش]
حداکثر طول را برای هر LTR مشخص کنید (پیش‌فرض: 1000)
-mindistltr [ارزش]
حداقل فاصله موقعیت های شروع LTR را مشخص کنید (پیش فرض: 1000)
-maxdistltr [ارزش]
حداکثر فاصله موقعیت های شروع LTR را مشخص کنید (پیش فرض: 15000)
-مشابه [ارزش]
آستانه تشابه را در محدوده [1..100%] مشخص کنید (پیش‌فرض: 85.000000)
-mintsd [ارزش]
حداقل طول را برای هر TSD مشخص کنید (پیش‌فرض: 4)
-maxtsd [ارزش]
حداکثر طول را برای هر TSD مشخص کنید (پیش‌فرض: 20)
-موتیف [رشته]
2 نوکلئوتید شروع + 2 نوکلئوتید پایان موتیف را مشخص کنید: ** (پیش فرض: تعریف نشده)
-motifmis [ارزش]
حداکثر تعداد عدم تطابق را در موتیف [0,3] مشخص کنید (پیش‌فرض: 4)
-vic [ارزش]
تعداد نوکلئوتیدهایی را که جستجو می شوند (در سمت چپ و سمت راست) مشخص کنید
برای TSD ها و/یا نقوش در اطراف مرز 5' و 3' رتروترانسپوزون های LTR پیش بینی شده
(به طور پیش فرض: 60)
-همپوشانی ها [...]
مشخص کنید no|بهترین|همه (پیش‌فرض: بهترین)
-xdrop [ارزش]
xdropbelowscore را برای همترازی افزونه مشخص کنید (پیش‌فرض: 5)
-حصیر [ارزش]
تعیین امتیاز مسابقه برای الحاق-تراز کردن (پیش‌فرض: 2)
- Miss [ارزش]
مشخص کردن عدم تطابق برای الحاق-تراز کردن (پیش‌فرض: -2)
- در [ارزش]
امتیاز درج را برای همترازی افزونه مشخص کنید (پیش‌فرض: -3)
-دل [ارزش]
امتیاز حذف را برای همترازی افزونه مشخص کنید (پیش‌فرض: -3)
-v [بله | نه]
حالت پرمخاطب (پیش‌فرض: خیر)
-تابوت [بله | نه]
نشان قدیمی خروجی جدولی به جای GFF3 در stdout (پیش‌فرض: بله)
-سقیدها [بله | نه]
استفاده از توضیحات توالی به جای اعداد دنباله در خروجی GFF3 (پیش‌فرض: خیر)
-md5 [بله | نه]
هش MD5 را به seqids در خروجی GFF3 اضافه کنید (پیش‌فرض: خیر)
-خروجی طولانی [بله | نه]
خروجی موتیف/TSD اضافی (پیش‌فرض: خیر)
بیرون [رشته]
نام فایل خروجی FASTA را مشخص کنید (پیش‌فرض: تعریف نشده)
بیرونی [رشته]
نام فایل خروجی FASTA را برای مناطق داخلی مشخص کنید (پیش‌فرض: تعریف نشده)
-gff3 [رشته]
نام فایل خروجی GFF3 را مشخص کنید (پیش‌فرض: تعریف نشده)
-انحراف [ارزش]
افست به مختصات GFF3 اضافه شد (پیش‌فرض: 0)
اسکن [بله | نه]
به جای نگاشت کامل ایندکس در حافظه، به صورت متوالی اسکن کنید (پیش‌فرض: بله)
-کمک
نمایش راهنما برای گزینه های اساسی و خروج
-help+
نمایش راهنما برای همه گزینه ها و خروج
-version
نمایش اطلاعات نسخه و خروج
اضافی اطلاعات
برای اطلاعات دقیق لطفاً به دفترچه راهنمای ltrharvest مراجعه کنید.
گزارش نویسی اشکالات
گزارش اشکالات به[ایمیل محافظت شده]>.
از gt-ltrharvest به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
