این دستور gt-seed_extend است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
gt-seed_extend - ترازهای محلی را با استفاده از الگوریتم seed و extension محاسبه کنید.
خلاصه
gt seed_extend [گزینه ...] encseq_basename [encseq_basename]
شرح
-هی [رشته]
شاخص ورودی برای دنباله های رمزگذاری شده encseq
-qii [رشته]
نمایه ورودی پرس و جو (encseq)
-طول نهال [ارزش]
حداقل طول پیشفرض دانه: لگاریتم طول ورودی تا اندازه الفبای پایه
-پهنای باند [ارزش]
لگاریتم عرض نوار مورب (برای فیلتر) (پیشفرض: 6)
-پوشش خفیف [ارزش]
حداقل پوشش در دو باند مورب همسایه (برای فیلتر) پیش فرض: 2.5 x
طول نهال
-maxfreq [ارزش]
حداکثر فرکانس k-mer (برای فیلتر) (پیشفرض: تعریف نشده)
-memlimit [رشته]
حداکثر استفاده از حافظه برای تعیین حداکثر فرکانس k-mer (برای فیلتر)
(پیش فرض: تعریف نشده)
-extendxdrop [ارزش]
با استفاده از الگوریتم xdrop seed را به هر دو طرف گسترش دهید، پارامتر /noption مشخص می کند
حساسیت (پیشفرض: 97)
-xdrop زیر [ارزش]
نمره قطع xdrop را مشخص کنید (0 به معنای تعریف خودکار بسته به هویت است)
-گسترده [ارزش]
با استفاده از الگوریتم حریص، بذر را به هر دو طرف گسترش دهید، پارامتر اختیاری مشخص می کند
حساسیت (پیشفرض: 97)
-l [ارزش]
حداقل طول تراز (برای گسترش بذر) (پیشفرض: تعریف نشده)
-دقیقت [ارزش]
حداقل هویت مسابقات (برای گسترش دانه) (پیشفرض: 80)
-a [ارزش]
نشان دادن ترازها/توالی ها (آگومان اختیاری تعداد ستون ها در هر خط است) (پیش فرض:
70)
-بدون معکوس [بله | نه]
منطبقها را روی رشته تکمیلشده معکوس محاسبه نکنید (پیشفرض: خیر)
-بدون جلو [بله | نه]
منطبقها را روی رشته جلو محاسبه نکنید (پیشفرض: خیر)
-v [بله | نه]
پرحرف باشد (پیشفرض: خیر)
-کمک
نمایش راهنما و خروج
-version
نمایش اطلاعات نسخه و خروج
گزارش نویسی اشکالات
گزارش اشکالات به[ایمیل محافظت شده]>.
از gt-seed_extend به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
