gt-seed_extend - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gt-seed_extend - ترازهای محلی را با استفاده از الگوریتم seed و extension محاسبه کنید.

خلاصه

gt seed_extend [گزینه ...] encseq_basename [encseq_basename]

شرح

-هی [رشته]
شاخص ورودی برای دنباله های رمزگذاری شده encseq

-qii [رشته]
نمایه ورودی پرس و جو (encseq)

-طول نهال [ارزش]
حداقل طول پیش‌فرض دانه: لگاریتم طول ورودی تا اندازه الفبای پایه

-پهنای باند [ارزش]
لگاریتم عرض نوار مورب (برای فیلتر) (پیش‌فرض: 6)

-پوشش خفیف [ارزش]
حداقل پوشش در دو باند مورب همسایه (برای فیلتر) پیش فرض: 2.5 x
طول نهال

-maxfreq [ارزش]
حداکثر فرکانس k-mer (برای فیلتر) (پیش‌فرض: تعریف نشده)

-memlimit [رشته]
حداکثر استفاده از حافظه برای تعیین حداکثر فرکانس k-mer (برای فیلتر)
(پیش فرض: تعریف نشده)

-extendxdrop [ارزش]
با استفاده از الگوریتم xdrop seed را به هر دو طرف گسترش دهید، پارامتر /noption مشخص می کند
حساسیت (پیش‌فرض: 97)

-xdrop زیر [ارزش]
نمره قطع xdrop را مشخص کنید (0 به معنای تعریف خودکار بسته به هویت است)

-گسترده [ارزش]
با استفاده از الگوریتم حریص، بذر را به هر دو طرف گسترش دهید، پارامتر اختیاری مشخص می کند
حساسیت (پیش‌فرض: 97)

-l [ارزش]
حداقل طول تراز (برای گسترش بذر) (پیش‌فرض: تعریف نشده)

-دقیقت [ارزش]
حداقل هویت مسابقات (برای گسترش دانه) (پیش‌فرض: 80)

-a [ارزش]
نشان دادن ترازها/توالی ها (آگومان اختیاری تعداد ستون ها در هر خط است) (پیش فرض:
70)

-بدون معکوس [بله | نه]
منطبق‌ها را روی رشته تکمیل‌شده معکوس محاسبه نکنید (پیش‌فرض: خیر)

-بدون جلو [بله | نه]
منطبق‌ها را روی رشته جلو محاسبه نکنید (پیش‌فرض: خیر)

-v [بله | نه]
پرحرف باشد (پیش‌فرض: خیر)

-کمک
نمایش راهنما و خروج

-version
نمایش اطلاعات نسخه و خروج

گزارش نویسی اشکالات

گزارش اشکالات به[ایمیل محافظت شده]>.

از gt-seed_extend به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید