gtf2gff3p - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gtf2gff3 - فایل های فرمت شده GTF را به فایل های معتبر GFF3 تبدیل می کند

نسخه

این سند نسخه 0.1 را شرح می دهد

خلاصه

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

شرح

این اسکریپت فایل های فرمت شده GTF را به فایل های فرمت شده معتبر GFF3 تبدیل می کند. نقشه خواهد کشید
مقدار در ستون 3 (ستون \"نوع\") به SO معتبر است، اما به دلیل بسیاری از اصطلاحات غیر استاندارد
ممکن است در آن ستون در فایل‌های GTF ظاهر شود، می‌توانید فایل پیکربندی را برای ارائه فایل خود ویرایش کنید
ویژگی GTF به نقشه برداری SO. این اسکریپت همچنین مدل های ژنی را از اگزون ها، CDS ها و
سایر ویژگی های ارائه شده در فایل GTF. در حال حاضر روی Ensemble و Twinscan تست شده است
GTF، و باید روی هر فایل دیگری که از مشخصات مشابه پیروی می کند کار کند. این کار را انجام می دهد
روی GTF از مرورگر جدول UCSC کار نمی کند زیرا آن فایل ها از شناسه یکسانی برای ژن استفاده می کنند
و رونوشت، بنابراین گروه بندی رونوشت های متعدد به یک ژن غیرممکن است. را ببینید
README که همراه با اسکریپت برای اطلاعات بیشتر ارائه شده است.

گزینه ها:

--cfg
نام فایل را برای یک فایل پیکربندی ارائه کنید. فایل پیکربندی ارائه شده با این را ببینید
اسکریپت برای جزئیات فرمت از این فایل پیکربندی برای تغییر رفتار استفاده کنید
اسکریپت اگر هیچ فایل پیکربندی داده نشد، به دنبال ./gtf2gff3.cfg است، ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg به این ترتیب.

--کمک
یک پیام راهنمای دقیق به سبک صفحه مرد ارائه دهید و سپس خارج شوید.

عیب یابی

"خطا: مشخصه های موجود یا غیر استاندارد: parse_attributes"
خطی در فایل GTF هیچ ویژگی نداشت یا ستون ویژگی های آن بود
غیر قابل تجزیه

"خطا: ویژگی ژن غیر رونویسی پشتیبانی نمی شود. لطفاً برای پشتیبانی با نویسنده تماس بگیرید:
build_gene"
این اخطار نشان می‌دهد که یک خط به دلیل اینکه حاوی یک رونویسی نشده است، رد شده است
ویژگی ژن، و کد در حال حاضر برای رسیدگی به این نوع ویژگی مجهز نیست.
احتمالاً اضافه کردن آن خیلی سخت نیست، بنابراین اگر این خطا را دریافت کردید با من تماس بگیرید
دوست دارم از این ویژگی ها پشتیبانی شود.

"خطا: برای ساخت رونوشت باید حداقل اگزون یا CDS داشته باشد: build_trnsc"
برخی از ویژگی‌ها یک transcript_id داشتند و در عین حال هیچ اگزون یا CDS مرتبط با آن وجود نداشت
آن transcript_id بنابراین اسکریپت نتوانست یک رونوشت بسازد.

"خطا: تضاد seq_id: validate_and_finish_trnsc"
دو ویژگی در یک رونوشت یافت شد که seq_id یکسانی را به اشتراک نمی گذاشت.

"خطا: تضاد منبع: validate_and_finish_trnsc"
دو ویژگی در یک رونوشت یافت شد که منبع یکسانی نداشتند.

"خطا: درگیری نوع: validate_and_finish_trnsc"
دو ویژگی در یک رونوشت یافت شد که انتظار می‌رفت یکسان باشند
تایپ کردند و با این حال این کار را نکردند.

"خطا: درگیری رشته: validate_and_finish_trnsc"
دو ویژگی در یک رونوشت یافت شد که رشته مشابهی نداشتند.

"خطا: تضاد seq_id: validate_and_build_gene"
دو ویژگی در یک ژن یافت شد که seq_id مشابهی نداشتند.

"خطا: تضاد منبع: validate_and_build_gene"
دو ویژگی در یک ژن یافت شد که منبع مشابهی نداشتند.

"خطا: تضاد رشته: validate_and_build_gene"
دو ویژگی در یک ژن یافت شد که رشته مشابهی نداشت.

"خطا: تضاد gene_id: validate_and_build_gene"
دو ویژگی در یک ژن یافت شد که gene_id یکسانی نداشتند.

"FATAL: نمی توان فایل GTF: file_name را برای خواندن باز کرد."
فایل GTF برای خواندن باز نمی شود.

"FATAL: برای ساخت رونوشت به اگزون یا CDS نیاز دارید: process_start"
یک ویژگی start_codon حاشیه نویسی شد و در عین حال هیچ اگزون یا CDS مرتبطی وجود نداشت
با آن transcript_id بنابراین اسکریپت شکست خورد.

"FATAL: کد تست نشده در process_start. برای پشتیبانی با نویسنده تماس بگیرید."
این اسکریپت برای استنباط کدون شروع بر اساس وجود یک UTR 5' نوشته شده است، اما ما
وقتی کد را نوشتیم نمونه ای از این نوع GTF نداشتیم، بنابراین فرآیند را کشتیم
از اجرای کد تست نشده برای پشتیبانی با نویسنده تماس بگیرید.

"FATAL: مجموعه ویژگی نامعتبر: process_start"
ما سعی کردیم تمام راه های ممکن برای استنتاج یک کدون شروع یا استنتاج aa غیر- را در نظر بگیریم.
ژن کد کننده، و با این حال ما شکست خورده ایم. ترکیبی از ویژگی های ژنی شما باعث نمی شود
برای ما حس شما هرگز نباید این خطا را دریافت کنید، و اگر دریافت کردید، ما واقعاً دوست داریم آن را ببینیم
فایل GTF که آن را تولید کرده است. لطفا برای پشتیبانی با نویسنده تماس بگیرید.

"FATAL: برای ساخت رونوشت به اگزون یا CDS نیاز دارید: process_stop"
یک ویژگی stop_codon مشروح شد و با این حال هیچ اگزون یا CDS مرتبط با آن وجود نداشت
آن transcript_id بنابراین اسکریپت شکست خورد.

"FATAL: کد تست نشده در process_stop. برای پشتیبانی با نویسنده تماس بگیرید."
این اسکریپت برای استنباط کدون توقف بر اساس وجود یک UTR 3' نوشته شده است، اما ما
وقتی کد را نوشتیم نمونه ای از این نوع GTF نداشتیم، بنابراین فرآیند را کشتیم
از اجرای کد تست نشده برای پشتیبانی با نویسنده تماس بگیرید.

"FATAL: مجموعه ویژگی نامعتبر: process_stop"
ما سعی کردیم تمام راه‌های ممکن برای استنتاج کدون توقف یا استنتاج aa غیر- را در نظر بگیریم.
ژن کد کننده، و با این حال ما شکست خورده ایم. ترکیبی از ویژگی های ژنی شما باعث نمی شود
برای ما حس شما هرگز نباید این خطا را دریافت کنید، و اگر دریافت کردید، ما واقعاً دوست داریم آن را ببینیم
فایل GTF که آن را تولید کرده است. لطفا برای پشتیبانی با نویسنده تماس بگیرید.

"FATAL: مجموعه ویژگی نامعتبر: process_exon_CDS_UTR"
ما سعی کردیم تمام راه های ممکن برای استنتاج اگزون ها، CDS ها و UTR ها را در نظر بگیریم و با این حال این کار را انجام دادیم
ناموفق. ترکیب ویژگی های ژنی شما برای ما معنی ندارد. شما واقعا
باید همیشه این خطا را دریافت کنید، و اگر چنین کردید، ما واقعاً دوست داریم فایل GTF را ببینیم
آن را تولید کرد. لطفا برای پشتیبانی با نویسنده تماس بگیرید.

"FATAL: مرجع آرایه مورد نیاز است: sort_features."
کاربر نباید بتواند این خطا را فعال کند. تقریباً به طور قطع نشان دهنده الف است
باگ نرم افزار لطفا با نویسنده تماس بگیرید.

"FATAL: نمی توان رشته را در: sort_feature_types تعیین کرد."
این ممکن است نشان دهد که فایل GTF شما رشته ای را برای ویژگی هایی که نشان نمی دهد
آن را نیاز دارد. همچنین ممکن است نشان دهنده یک اشکال نرم افزاری باشد. لطفا با نویسنده تماس بگیرید.

"FATAL: مرجع هش مورد نیاز است: sort_feature_types."
کاربر نباید بتواند این خطا را فعال کند. تقریباً به طور قطع نشان دهنده الف است
باگ نرم افزار لطفا با نویسنده تماس بگیرید.

"FATAL: مقدار نامعتبر ارسال شده به رشته: رشته."
این ممکن است نشان دهد که فایل GTF شما رشته ای را برای ویژگی هایی که نشان نمی دهد
آن را نیاز دارد. استفاده از پارامتر DEFAULT_STRAND را در فایل پیکربندی در نظر بگیرید. ممکن است
همچنین یک اشکال نرم افزاری را نشان می دهد. لطفا با نویسنده تماس بگیرید.

پیکربندی و محیط زیست

یک فایل پیکربندی با این اسکریپت ارائه شده است. فیلمنامه به دنبال آن خواهد بود
فایل پیکربندی در ./gtf2gff3.cfg، ~/gtf2gff3.cfg یا /etc/gtf2gff3.cfg به این ترتیب.
اگر فایل پیکربندی در یکی از آن مکان ها یافت نشد و یکی ارائه نشد
از طریق پرچم --cfg سعی می‌کند چند پیش‌فرض معقول را انتخاب کند، اما شما واقعاً باید ارائه دهید
فایل پیکربندی خود فایل پیکربندی ارائه شده و همچنین README را ببینید
که با این بسته برای فرمت و جزئیات مربوط به فایل پیکربندی ارائه شده است.

وابستگی ها

این اسکریپت به بسته های perl زیر نیاز دارد که از CPAN در دسترس هستند
(www.cpan.org).

Getopt::طولانی; استفاده از Config::Std;

ناسازگاری ها

هیچ گزارش نشده است.

با استفاده از خدمات onworks.net از gtf2gff3p به صورت آنلاین استفاده کنید