این دستور hhmake است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
hhmake - ساخت HMM از تراز ورودی یا تبدیل بین فرمت HMMER و HHsearch
قالب
خلاصه
hhmake -i پرونده [گزینه های]
شرح
HHmake نسخه 2.0.16 (ژانویه 2013) ساخت HMM از تراز ورودی در A2M، A3M، یا
فرمت FASTA، یا تبدیل بین قالب HMMER (.hmm) و فرمت HHsearch (.hhm). Remmert
M، Biegert A، Hauser A، و Soding J. HHblits: توالی پروتئین تکرار شونده سریع رعد و برق
جستجو بر اساس تراز HMM-HMM. نات. Methods 9:173-175 (2011). (ج) یوهانس سودینگ،
مایکل رمرت، آندریاس بیگرت، آندریاس هاوزر
-i
تراز پرس و جو (A2M، A3M، یا FASTA)، یا پرس و جو HMM
تولید گزینه ها:
-o
فایل HMM که باید روی آن نوشته شود (پیش فرض = )
-a
فایل HMM که باید به آن ضمیمه شود
-v
حالت پرحرف: 0: خروجی صفحه نمایش وجود ندارد 1: فقط هشدارها 2: پرحرف
دنباله
حداکثر تعداد دنباله های پرس و جو/الگوی نمایش داده شده (def=10) مراقب سرریزها باشید! همه
این توالی ها در حافظه ذخیره می شوند.
منفی ساخت دنباله اجماع دنباله اصلی پرس و جو MSA
-سیب زمینی شیرین
از این نام برای HMM استفاده کنید (پیش‌فرض: استفاده از نام اولین سکانس)
تراز چند توالی پرس و جو را فیلتر کنید
-شناسه [0,100] حداکثر هویت توالی زوجی (%) (def=90)
-تفاوت [0، اطلاعات[
MSA را با انتخاب متنوع‌ترین مجموعه‌ای از توالی‌ها، با حفظ حداقل این تعداد، فیلتر کنید
seqs در هر بلوک MSA به طول 50 (def=100)
-cov [0,100] حداقل پوشش با پرس و جو (%) (def=0)
-قید [0,100] حداقل هویت دنباله با پرس و جو (%) (def=0)
-qsc [0,100] حداقل امتیاز در هر ستون با پرس و جو (def=-20.0)
-نف [1، اطلاعات]
تنوع هدف از هم ترازی (پیش فرض = خاموش)
ورودی هم ترازی قالب:
-M a2m استفاده از A2M/A3M (پیش‌فرض): حروف بزرگ = مطابقت؛ حروف کوچک = درج; '-' = حذف; '.' =
شکاف های تراز شده با درج ها (ممکن است حذف شوند)
-M اول
از FASTA استفاده کنید: ستون هایی با باقیمانده در دنباله 1 حالت تطبیق دارند
-M [0,100]
از FASTA استفاده کنید: ستون هایی با فاصله کمتر از X٪ حالت های تطبیق دارند
شبه شمار (کامپیوتر) گزینه ها:
-pcm وابستگی 0-2 موقعیت افزودنی کامپیوتر 'tau' (حالت کامپیوتر، پیش فرض = 0)
0: شبه شمارش وجود ندارد:
تاو = 0
1: ثابت
تاو = a
2: وابسته به تنوع: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: تعداد
دنباله های موثر در MSA محلی در اطراف ستون i) 3: شبه شمارش تنوع ثابت
-pca [0,1،1.0] ترکیب کل شبه شمارش (def=XNUMX)
-pcb [1,inf[ مقدار آستانه Neff برای -pcm 2 (def=1.5)
-Pcc [0,3] توان خاموشی c برای -pcm 2 (def=1.0)
-pre_pca [0,1]
افزودنی شبه شمارش پیش‌فیلتر (def=0.8)
-pre_pcb [1,inf[ آستانه PREFILTER برای Neff (def=1.8)
زمینه خاص شبه شمارش:
-nocontxt
از ماتریس جایگزینی به جای شبه شمارهای خاص زمینه استفاده کنید
-contxt فایل زمینه برای محاسبه شبه شمارهای خاص زمینه
(default=./data/context_data.lib)
-cslib
فایل وضعیت ستون برای پیش فیلتر کردن سریع پایگاه داده (default=./data/cs219.lib)
مثال: hhmake -i test.a3m
با استفاده از خدمات onworks.net از hhmake آنلاین استفاده کنید
