این دستور hmmstat است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
hmmstat - نمایش آمار خلاصه برای یک فایل نمایه
خلاصه
hmmstat [گزینه ها]
شرح
La hmmstat ابزار یک فایل جدولی از آمار خلاصه برای هر نمایه را چاپ می کند
.
ممکن است '-' (یک کاراکتر خط تیره) باشد، در این صورت پروفایل ها از a خوانده می شوند
لوله به جای از یک فایل.
ستون ها عبارتند از:
idx نمایه این نمایه، شماره گذاری هر کدام در فایل با شروع از 1.
نام نام پروفایل.
ورود
دسترسی اختیاری به نمایه، یا "-" اگر وجود ندارد.
nseq تعداد دنباله هایی که نمایه از آنها تخمین زده شد.
eff_nseq
تعداد مؤثر توالی‌هایی که نمایه از آنها پس از HMMER برآورد شد
یک محاسبه عدد دنباله موثر مانند آنتروپی پیش فرض را اعمال کرد
وزن دهی
M طول مدل در باقیمانده های اجماع (حالت های تطبیق).
خاموش میانگین آنتروپی نسبی در هر حالت تطبیق، بر حسب بیت. این امتیاز (میانگین) مورد انتظار است
بر اساس موضع اجماع این همان چیزی است که روش وزن دهی آنتروپی پیش فرض برای آن است
تخمین اعداد دنباله موثر بر روی آن متمرکز است، بنابراین برای مدل های پیش فرض HMMER3، شما
انتظار می رود این مقدار منعکس کننده هدف پیش فرض برای وزن دهی آنتروپی باشد.
اطلاعات میانگین محتوای اطلاعات در هر حالت مطابقت، بر حسب بیت. احتمالا مفید نیست.
محاسبات محتوای اطلاعات کمی متفاوت از آنتروپی نسبی است.
p relE میانگین آنتروپی نسبی موقعیتی، بر حسب بیت. این یک نسخه جذاب تر از
آنتروپی نسبی حالت تطابق، با در نظر گرفتن انتقال
(درج/حذف) احتمالات؛ ممکن است تخمین دقیق تری از این باشد
میانگین امتیاز ارائه شده به ازای هر موقعیت اجماع مدل.
compKL فاصله کولبک-لایبلر بین میانگین کلی ترکیب باقیمانده مدل
و توزیع فرکانس پس زمینه پیش فرض. هر چه این عدد بیشتر باشد،
ترکیب باقیمانده پروفیل مغرضانه تر است. پروفایل های بسیار مغرضانه می توانند
کند کردن خط لوله شتاب HMMER3، با ایجاد توالی های غیر همولوگ بیش از حد
برای عبور از فیلترها
OPTIONS
-h کمک؛ یک یادآوری مختصر از استفاده از خط فرمان و همه گزینه های موجود چاپ کنید.
از hmmstat به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
