htseq-qa - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

htseq-qa - ارزیابی کیفیت ساده خواندن توالی با توان بالا را انجام دهید

اسکریپت پایتون htseq-qa یک فایل با خواندن توالی (خام یا تراز) می گیرد
می خواند) و یک فایل PDF با نمودارهای مفید برای ارزیابی کیفیت فنی اجرا تولید می کند.

طرح

در اینجا یک طرح معمولی است: [تصویر]

طرح از یک فایل SAM ساخته شده است که حاوی خواندن های تراز و غیرقابل تراز است. چپ
ستون از غیر تراز ساخته شده است، ستون سمت راست از تراز شده می خواند. سربرگ
نام فایل SAM و تعداد دفعات خوانده شده را به شما اطلاع می دهد.

ردیف بالایی نشان می دهد که هر چند وقت یکبار کدام پایه برای هر موقعیت در خواندن فراخوانی شده است. در این
نمونه، قرائت های غیر هم تراز دارای یک مازاد واضح در A هستند. قرائت های تراز شده دارای تعادل هستند
بین متمم خوانده می شود: A و C (رنگ های مایل به قرمز) دارای سطوح مساوی هستند و C و همینطور هستند.
G (رنگ های سبز). به نظر می رسد سکانس ها غنی هستند. علاوه بر این، تقریباً همه همسو هستند
خواندن ها با T شروع می شود، به دنبال آن یک A، و سپس، یک C در 70٪ و یک A در 30٪ از خوانده ها.
چنین عدم تعادلی اگر توضیح خوبی نداشته باشد دلیلی برای نگرانی خواهد بود. اینجا
دلیل آن این است که قطعه قطعه شدن نمونه با هضم آنزیمی انجام شد.

نیمه پایینی فراوانی نمرات کیفیت تماس پایه را در موقعیت های مختلف نشان می دهد
در خوانده شده تقریباً تمام خواندن های تراز شده دارای کیفیت 34 در کل طول خود هستند، در حالی که
برای خواندن های غیر تراز، برخی از خوانده ها امتیازات کیفیت پایین تری نسبت به انتهای خود دارند.

طریقه استفاده

توجه داشته باشید که htseq-qa برای تولید طرح به matplotlib نیاز دارد، بنابراین باید این را نصب کنید
ماژول، همانطور که توضیح داده شد اینجا کلیک نمایید در وب سایت matplotlib.

پس از نصب HTSeq (نگاه کنید به نصب) و matplotlib، می توانید اجرا کنید htseq-qa از
خط فرمان:

htseq-qa [گزینه ها] read_file

اگر فایل htseq-qa در مسیر شما نیست، می توانید متناوباً با اسکریپت تماس بگیرید

python -m HTSeq.scripts.qa [گزینه ها] read_file

La read_file یا یک فایل FASTQ یا یک فایل SAM است. برای یک فایل SAM، یک طرح با دو
ستون ها مانند بالا تولید می شوند، برای یک فایل FASTQ، فقط یک ستون دریافت می کنید.

خروجی در فایلی با همان نام نوشته می شود read_file، با پسوند پی دی اف
اضافه. آن را با یک نمایشگر PDF مانند Acrobat Reader مشاهده کنید.

گزینه
-t ، --نوع=
نوع فایل از read_file. مقادیر پشتیبانی شده برای هستند:

· سام: یک فایل SAM (توجه داشته باشید که SAMtools حاوی اسکریپت های پرل برای تبدیل بیشتر
فرمت های تراز به SAM)

· solexa-export: یک _export.txt فایلی که توسط نرم افزار SolexaPipeline تولید شده است
پس از همسویی با الند (htseq-qa انتظار دارد رمزگذاری با کیفیت جدید Solexa به عنوان
تولید شده توسط نسخه 1.3 یا جدیدتر SolexaPipeline)

· fastq: یک فایل FASTQ با کدگذاری استاندارد (سنجر یا Phred) با کیفیت

· solexa-fastq: یک فایل FASTQ با کدگذاری با کیفیت Solexa که توسط شرکت تولید شده است
SolexaPipeline پس از تماس پایه با Bustard (htseq-qa انتظار می رود Solexa جدید
کدگذاری با کیفیت مطابق با نسخه 1.3 یا جدیدتر SolexaPipeline)

-o ، --outfile=
نام فایل خروجی (پیش‌فرض است ``pdf``)

-r ، --طول خواندن =
حداکثر طول خواندن (زمانی که مشخص نشده باشد، اسکریپت از روی فایل حدس می زند

-g ، --گاما=
فاکتور گاما برای تنظیم کنتراست نمودار نمره کیفیت

-n، -- nosplit
خواندن ها را به غیر تراز و تراز تقسیم نکنید، به عنوان مثال، یک نمودار یک ستونی ایجاد کنید

-m، -- حداکثر
حداکثر امتیاز کیفیت که در داده ها ظاهر می شود (پیش فرض: 40)

-h، --کمک
نمایش خلاصه استفاده و خروج

با استفاده از خدمات onworks.net از htseq-qa به صورت آنلاین استفاده کنید