این دستور idba است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
idba_hybrid - Iterative de Bruijn Graph Assembler برای داده های توالی یابی ترکیبی
خلاصه
idba_hybrid -r خواندن.فا -o output_dir [--مرجع ref.fa]
شرح
IDBA-Tran یک اسمبلر خواندن کوتاه De Bruijn Graph De Novo برای رونوشت است.
این مونتاژ کننده کاملاً de novo است که فقط بر اساس توالی یابی RNA خوانده می شود. IDBA-Tran از محلی استفاده می کند
مونتاژ برای بازسازی k-mer های گمشده در رونوشت های کم بیان و سپس به کارگیری
برش پیشرونده روی contigs برای جدا کردن نمودار به اجزا. هر جزء
در بیشتر موارد مربوط به یک ژن است و رونوشت های زیادی را شامل نمی شود. یک اکتشافی
سپس از الگوریتم مبتنی بر خواندن های جفتی برای یافتن ایزوفرم ها استفاده می شود.
OPTIONS
-o, -- خارج ارگ (=خارج)
دایرکتوری خروجی
-r, --خواندن ارگ
فایل خواندن سریع (<=128)
--read_level_2 ارگ
جفت دار فستا را برای داربست های سطح دوم می خواند
--read_level_3 ارگ
جفت دار فستا را برای داربست های سطح سوم می خواند
--read_level_4 ارگ
جفت دار فستا را برای داربست های سطح چهارم می خواند
--read_level_5 ارگ
جفتی برای داربست های سطح پنجم فستا می خواند
-l, --long_read ارگ
فایل خواندنی سریع سریع (> 128)
--مرجع ارگ
ژنوم مرجع
-- راسو arg (=20)
حداقل مقدار k (<=124)
-- حداکثر arg (=100)
حداکثر مقدار k (<=124)
--گام arg (=20)
افزایش k-mer هر تکرار
--inner_mink arg (=10)
حداقل مقدار k داخلی
--inner_step arg (=5)
افزایش داخلی k-mer
-- پیشوند arg (=3)
طول پیشوند برای ساخت جدول زیر k-mer استفاده می شود
--min_count arg (=2)
حداقل تعدد برای فیلتر کردن k-mer هنگام ساخت نمودار
--min_support arg (=1)
حداقل پشتیبانی در هر تکرار
--num_threads arg (=0)
تعداد رشته ها
--seed_kmer arg (=30)
اندازه کیلومتر بذر برای هم ترازی
--min_contig arg (=200)
حداقل اندازه contig
--min_region arg (=500)
حداقل اندازه منطقه در ژنوم مرجع
--مشابه arg (=0.95)
شباهت برای هم ترازی
--max_mismatch arg (=3)
حداکثر عدم تطابق تصحیح خطا
--min_pairs arg (=3)
حداقل تعداد جفت
--max_gap arg (=50)
حداکثر شکاف در مرجع
--no_local
از مونتاژ محلی استفاده نکنید
--بدون پوشش
در مورد پوشش تکراری نکنید
--no_correct
اصلاح انجام نده
--pre_correction
قبل از مونتاژ اصلاحات اولیه را انجام دهید
با استفاده از خدمات onworks.net از idba به صورت آنلاین استفاده کنید
