این دستور indigo-deco است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
indigo-deco - تشخیص داربست مولکولی و دکانولوشن گروه R
خلاصه
نیلی-دکو فایل ها [پارامترهای]
نیلی-دکو -h
شرح
نیلی-دکو تشخیص داربست مولکولی و دکانولوشن گروه R را انجام می دهد. پذیرفته شده
فرمت ها عبارتند از: Molfile، SDFile، RDFile، SMILES و CML.
OPTIONS
نیلی-دکو پارامترهای زیر را می پذیرد.
-h چاپ پیام راهنما
-a محاسبه تقریبی داربست (پیش فرض دقیق است)
-s
حداکثر داربست پیدا شده را برای مولفایل بنویسید
-S
همه داربست های پیدا شده را در فایل SD بنویسید
-l
داربست را محاسبه نکنید، بلکه آن را از فایل بارگیری کنید
-sr
داربست را با R-sites در یک فایل بنویسید
-o
مولکول های هایلایت شده به دست آمده را در فایل بنویسید
-r
مولکول های حاصل را با گروه های r جدا شده در فایل بنویسید
ساخته بدون ملاحظات معطر
-- پایان گزینه ها را مشخص می کند
مثال ها
نیلی-دکو *.mol -o hl.sdf -s scaf.sdf
مولکول‌ها را از molfiles در فهرست فعلی بخوانید، حداکثر داربست یافت شده را ذخیره کنید
به scaf.mol و ذخیره مولکول های هایلایت شده در hl.sdf.
نیلی-دکو ساختار.مول many.sdf -s scaf.mol -S allscafs.sdf -r rg.sdf
یک مولکول را از structure.mol و چندین مولکول را از many.sdf بخوانید، ذخیره کنید
مولکول ها با r-rgoups به rg.sdf و ذخیره تمام داربست های یافت شده در allscafs.sdf.
نیلی-دکو *.smi -d readyscaf.mol -o hl.sdf
چندین مولکول را از هر فایل SMILES در فهرست فعلی بخوانید، بخوانید
داربست را از readyscaf.mol وارد کنید و مولکول های هایلایت شده را در hl.sdf ذخیره کنید.
با استفاده از خدمات onworks.net به صورت آنلاین از indigo-deco استفاده کنید
