این دستور indigo-depict است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
indigo-depict - ابزار ارائه مولکول و واکنش
خلاصه
نیل به تصویر کشیدن infile.{mol,rxn,cml,smi} outfile.{png,svg,pdf} [پارامترهای]
نیل به تصویر کشیدن infile.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [پارامترهای]
نیل به تصویر کشیدن infile.smi outfile.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [پارامترهای]
نیل به تصویر کشیدن - SMILES outfile.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [پارامترهای]
نیل به تصویر کشیدن -کمک
شرح
نیل به تصویر کشیدن برای به تصویر کشیدن مولکول ها استفاده می شود.
OPTIONS
نیل به تصویر کشیدن می تواند فایل های ورودی یا کد SMILES را از ورودی استاندارد بخواند. اینها می توانند باشند
پس از یک یا چند پارامتر زیر.
-w
عرض تصویر بر حسب پیکسل
-h
ارتفاع تصویر بر حسب پیکسل
-رابطه، رشته
میانگین طول پیوند بر حسب پیکسل
-حاشیه
حاشیه های افقی و عمودی، بر حسب پیکسل. بدون حاشیه به طور پیش فرض
-ضخامت
ضریب ضخامت نسبی را تنظیم کنید. پیش فرض است 1.0
-عرض خط
ضریب عرض خط پیوند را تنظیم کنید. پیش فرض است 1.0
-برچسب
حالت نمایش برچسب اتم را تنظیم کنید. پیش فرض است ترمینال-هترو
-هیدرو
هیدروژن های ضمنی را نشان دهید. پیش فرض است on
- عطر
اجباری [عطر زدایی]
استریو
حالت نمایش گروه های استریو. پیش فرض است قدیمی
-cdbwsa
پیوندهای دوگانه مرکزی که دارای پیوند استریو مجاور هستند (به طور پیش فرض غیرفعال است)
-پرس و جو ورودی را به عنوان یک مولکول یا واکنش پرس و جو در نظر بگیرید (به طور پیش فرض غیرفعال است)
-هوشمند
ورودی را به عنوان یک مولکول یا واکنش پرس و جوی SMARTS در نظر بگیرید (به طور پیش فرض غیرفعال است)
-idfield
فیلد SDF/RDF به جای '%s' در نام فایل های ذخیره شده قرار می گیرد (پیش فرض
عدد مولکول/واکنش)
-کاتالیزورها
قرار دادن کاتالیزورهای واکنش بر روی فلش. پیش فرض است بالا و پایین
-اظهار نظر
نظر متنی که باید در بالای مولکول یا واکنش قرار داده شود. بدون مقدار پیش فرض
-commentoffset
فضای عمودی (بر حسب پیکسل) بین کامنت و ساختار
-فیلد نظر
از فیلد SDF/RDF مشخص شده به عنوان نظر استفاده کنید
-نام نظر
از نام مولکول/واکنش به عنوان نظر استفاده کنید
-نظر دادن
فاکتور اندازه قلم نظر متن نسبت به ضخامت باند. پیش فرض است 6
-commentpos
موقعیت نظر متن (پایین به طور پیش فرض)
-نظر دادن <0..1>
تراز نظر متن، یک مقدار شناور: 0 = چپ، 0.5 = مرکز، 1 = درست
-رنگ زدن
فعال/غیرفعال کردن رنگ آمیزی پیش فرض است on
ضخیم
برجسته سازی با خطوط ضخیم و نویسه های پررنگ را فعال کنید
-hlcolor
برجسته سازی با رنگ را فعال کنید. مقادیر مؤلفه باید در محدوده [0..255]
-bgcolor
رنگ پس زمینه را تنظیم کنید. مقادیر مؤلفه باید در محدوده [0..255]
-پایه رنگ
رنگ پیش زمینه پیش فرض را تنظیم کنید. مقادیر مؤلفه باید در محدوده [0..255]
-aamcolor
رنگ شاخص های AAM را تنظیم کنید. مقادیر مؤلفه باید در محدوده [0..255]
-dsgcolor
رنگ داده های SGroups را تنظیم کنید. مقادیر مؤلفه باید در محدوده [0..255]
-رنگ نظر
رنگ نظر را تنظیم کنید. مقادیر مؤلفه باید در محدوده [0..255]
-اعداد اتمی
نمایش اعداد اتمی (فقط برای اهداف اشکال زدایی)
-شماره اوراق
نمایش شماره اوراق قرضه (فقط برای اهداف رفع اشکال)
مبتنی بر تک
شاخص های اتم و پیوند را از یک شروع کنید. پیش فرض از صفر است
-کمک این پیام راهنما را چاپ کنید
مثال ها
نیل به تصویر کشیدن infile.mol outfile.png -رنگ زدن خاموش -عطر
نیل به تصویر کشیدن database.sdf molecule_%s.png -idfield cdbregno -ضخامت 1.1
نیل به تصویر کشیدن database.smi database.sdf
نیل به تصویر کشیدن - CC.[O-][*-]([O-])=O query.png -پرس و جو
نیل به تصویر کشیدن - OCO>>CC(C)N واکنش.rxn
با استفاده از خدمات onworks.net از indigo-depict آنلاین استفاده کنید
