jackhmmer - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

jackhmmer - به طور مکرر دنباله(های) را در برابر یک پایگاه داده پروتئین جستجو کنید

خلاصه

جکمر [گزینه ها]

شرح

جکمر به صورت مکرر هر دنباله پرس و جو را در آن جستجو می کند در برابر هدف
دنباله(های) در . اولین تکرار مشابه a است phmmer جستجو کردن. برای
تکرار بعدی، یک تراز چندگانه از پرس و جو همراه با تمام دنباله های هدف
رضایت بخش گنجاندن آستانه ها مونتاژ می شود، یک پروفیل از این تراز ساخته می شود
(یکسان با استفاده hmmbuild در تراز)، و جستجوی نمایه از انجام شد
(یکسان با یک hmmsearch با مشخصات).

پرس و جو ممکن است '-' (یک کاراکتر خط تیره) باشد، در این صورت دنباله های پرس و جو هستند
خواندن از a لوله به جای از یک فایل. را از a قابل خواندن نیست
جریان، زیرا جکمر نیاز به انجام چندین گذر از پایگاه داده دارد.

فرمت خروجی طوری طراحی شده است که برای انسان قابل خواندن باشد، اما اغلب آنقدر حجیم است که
خواندن آن غیر عملی است و تجزیه آن دردناک است. در -- tblout و --domtblout گزینه های
خروجی را در قالب های جدولی ساده ذخیره کنید که مختصر و آسان تر تجزیه شوند. در -o انتخاب
اجازه می دهد تا خروجی اصلی را تغییر مسیر دهید، از جمله دور انداختن آن در /dev/null.

OPTIONS

-h کمک؛ یک یادآوری مختصر از استفاده از خط فرمان و همه گزینه های موجود چاپ کنید.

-N حداکثر تعداد تکرارها را روی . پیش فرض 5 است. اگر N=1، نتیجه
معادل است phmmer جستجو کردن.

OPTIONS کنترل OUTPUT

به‌طور پیش‌فرض، خروجی برای هر تکرار در stdout به شکلی تا حدی قابل خواندن توسط انسان ظاهر می‌شود.
فرمت تا حدودی قابل تجزیه این گزینه ها امکان تغییر مسیر خروجی یا ذخیره را فراهم می کند
انواع اضافی خروجی به فایل ها، از جمله فایل های ایست بازرسی برای هر تکرار.

-o خروجی قابل خواندن توسط انسان را به یک فایل هدایت کنید .

-A پس از تکرار نهایی، یک تراز چندگانه مشروح از همه بازدیدها را ذخیره کنید
آستانه های گنجاندن رضایت بخش (همچنین شامل پرس و جو اصلی) به in
فرمت استکهلم

-- tblout
پس از تکرار نهایی، خلاصه جدولی از بازدیدهای دنباله بالا را در آن ذخیره کنید در
فرمت به راحتی قابل تجزیه، ستونی، با فضای خالی محدود شده است.

--domtblout
پس از تکرار نهایی، خلاصه جدولی از بازدیدهای برتر دامنه را در آن ذخیره کنید در
فرمت به راحتی قابل تجزیه، ستونی، با فضای خالی محدود شده است.

--چخمم
در شروع هر تکرار، عبارت HMM را چک کنید و آن را در فایلی به نام ذخیره کنید
- هوم جایی که عدد تکرار (از 1..N) است.

--چکالی
در پایان هر تکرار، یک هم‌ترازی از همه دامنه‌های رضایت بخش را چک کنید
آستانه های گنجاندن (مثلاً چه چیزی به HMM پرس و جو برای تکرار بعدی تبدیل می شود)،
ذخیره آن در فایلی به نام <نقطه بازرسی پرونده پیشوند>- استو در قالب استکهلم،
جایی که عدد تکرار (از 1..N) است.

-- حساب در خروجی اصلی که برای نمایه‌ها موجود است، به جای نام‌ها از پیوست‌ها استفاده کنید
و/یا دنباله ها

-- نوعلی
بخش تراز را از خروجی اصلی حذف کنید. این می تواند تا حد زیادی خروجی را کاهش دهد
جلد.

--notextw
طول هر خط را در خروجی اصلی نامحدود کنید. حد پیش فرض 120 است
کاراکتر در هر خط، که به نمایش خالص خروجی در پایانه ها کمک می کند و
در ویرایشگرها، اما می تواند خطوط توصیف نمایه هدف را کوتاه کند.

--textw
حد طول خط خروجی اصلی را روی آن تنظیم کنید کاراکتر در هر خط پیش فرض است
120.

OPTIONS کنترل تنها توالی گلزنی (اولین تکرار)

به طور پیش فرض، اولین تکرار از یک مدل جستجو استفاده می کند که از یک پرس و جو ساخته شده است
توالی. این مدل با استفاده از یک ماتریس جایگزینی استاندارد 20x20 برای باقیمانده ساخته شده است
احتمالات، و دو پارامتر اضافی برای شکاف باز و شکاف مستقل از موقعیت
گسترش احتمالات این گزینه ها پارامترهای امتیازدهی تک دنباله پیش فرض را امکان پذیر می کنند
تغییر کند.

--باز شدن
احتمال باز شدن شکاف را برای یک مدل پرس و جوی توالی تکی روی آن تنظیم کنید . به طور پیش فرض
0.02 است باید >= 0 و < 0.5 باشد.

--pextend
احتمال گسترش شکاف را برای یک مدل جستجوی دنباله ای منفرد روی آن تنظیم کنید .
پیش فرض 0.4 است. باید >= 0 و < 1.0 باشد.

--mx
احتمالات تراز باقیمانده را از ماتریس جایگزینی داخلی به دست آورید
. چندین ماتریس استاندارد داخلی هستند و نیازی به خواندن از آنها ندارند
فایل ها. نام ماتریس می تواند PAM30، PAM70، PAM120، PAM240، BLOSUM45،
BLOSUM50، BLOSUM62، BLOSUM80 یا BLOSUM90. فقط یکی از --mx و --mxfile
ممکن است از گزینه ها استفاده شود.

--mxfile
احتمال تراز باقی مانده را از ماتریس جایگزینی موجود در فایل بدست آورید
. ماتریس امتیاز پیش فرض BLOSUM62 است (این ماتریس داخلی HMMER است
و نباید به صورت فایل در دسترس باشد). فرمت یک ماتریس جایگزینی
فرمت استاندارد پذیرفته شده توسط BLAST، FASTA، و توالی دیگر است
نرم افزار تحلیل

OPTIONS کنترل گزارش نویسی فروشندگان

آستانه های گزارش گیری کنترل می کند که کدام ضربه در فایل های خروجی گزارش می شود (خروجی اصلی،
-- tbloutو --domtblout). در هر تکرار، بازدیدهای توالی و بازدیدهای دامنه رتبه بندی می شوند
با اهمیت آماری (E-value) و خروجی در دو بخش به نام هر
خروجی هدف و هر دامنه در خروجی هر هدف، به‌طور پیش‌فرض، تمام دنباله‌ها با یک ضربه می‌زنند
E-value <= 10 گزارش شده است. در خروجی هر دامنه، برای هر هدفی که از هر
آستانه های گزارش دهی هدف، همه دامنه هایی که آستانه های گزارش دهی هر دامنه را برآورده می کنند
گزارش شده است. به طور پیش‌فرض، اینها دامنه‌هایی با مقادیر E شرطی <= 10 هستند. موارد زیر
گزینه‌ها به شما امکان می‌دهند آستانه‌های گزارش‌دهی پیش‌فرض E-value را تغییر دهید یا از امتیاز بیت استفاده کنید
در عوض آستانه ها

-E توالی ها را با E-values ​​<= گزارش کنید در خروجی هر دنباله پیش فرض 10.0 است.

-T استفاده از آستانه بیت امتیاز برای خروجی هر دنباله به جای آستانه ارزش E
(هر تنظیمی از -E نادیده گرفته می شود). توالی هایی را با کمی امتیاز >= گزارش کنید . توسط
پیش فرض این گزینه تنظیم نشده است.

-Z اندازه کل پایگاه داده را اعلام کنید دنباله ها، برای اهداف E-value
محاسبه معمولاً مقادیر E نسبت به اندازه پایگاه داده محاسبه می شود
شما واقعاً جستجو کرده اید (مثلاً تعداد دنباله های موجود در target_seqdb) در برخی
موارد (به عنوان مثال، اگر پایگاه داده دنباله هدف خود را به چند قسمت تقسیم کرده باشید
فایل ها برای موازی سازی جستجوی شما)، شاید بهتر بدانید اندازه واقعی چقدر است
فضای جستجوی شما است.

--domE
دامنه‌هایی را با مقادیر E شرطی <= گزارش کنید علاوه بر این، در خروجی هر دامنه
به دامنه با امتیاز بالا در هر ضربه دنباله مهم. پیش فرض 10.0 است.

--domT
استفاده از آستانه بیت امتیاز برای خروجی هر دامنه به جای آستانه ارزش الکترونیکی
(هر تنظیمی از --domT نادیده گرفته می شود). دامنه هایی را با کمی امتیاز >= گزارش دهید in
خروجی در هر دامنه، علاوه بر دامنه با امتیاز بالا در هر دنباله مهم
اصابت. به طور پیش فرض این گزینه تنظیم نشده است.

--domZ
تعداد دنباله های معنی دار را به صورت اعلام کنید دنباله ها، برای اهداف
محاسبه ارزش E شرطی برای اهمیت دامنه اضافی. به طور معمول
مقادیر E مشروط نسبت به تعداد توالی های عبوری محاسبه می شود
آستانه گزارش هر دنباله

OPTIONS کنترل نقص فروشندگان

آستانه ورود کنترل می کند که کدام ضربه در تراز و نمایه چندگانه گنجانده شده است
برای تکرار جستجوی بعدی ساخته شده است. به طور پیش فرض، یک دنباله باید دارای یک
توالی E-value از <= 0.001 (نگاه کنید به -E گزینه) گنجانده شود و هر دامنه اضافی در آن گنجانده شود
علاوه بر امتیاز بالاتر، باید یک مقدار E شرطی 0.001<= داشته باشد (نگاه کنید به --domE
گزینه). تفاوت بین آستانه گزارش و آستانه درج در این است
کنترل آستانه گنجاندن در واقع در تکرار بعدی (یا
خروجی نهایی تراز چندگانه اگر -A از گزینه استفاده می شود)، در حالی که آستانه های گزارش دهی
آنچه را در خروجی می بینید کنترل کنید. آستانه های گزارش به طور کلی شل تر هستند، بنابراین شما می توانید
ضربات مرزی را در بالای نویز ببینید که ممکن است مورد توجه باشد.

--incE
شامل دنباله هایی با مقادیر E <= در تکرار بعدی یا تراز نهایی
خروجی توسط -A. پیش فرض 0.001 است.

--incT
به جای E-value از یک آستانه امتیاز بیت برای گنجاندن هر دنباله استفاده کنید
آستانه (هر تنظیمی از --incE نادیده گرفته می شود). شامل دنباله هایی با امتیاز کمی از
>= . به طور پیش فرض این گزینه تنظیم نشده است.

--incdomE
شامل دامنه هایی با مقادیر E شرطی <= در تکرار بعدی یا نهایی
خروجی تراز توسط -A، علاوه بر دامنه با امتیاز بالا در هر معنی دار
سکانس ضربه پیش فرض 0.001 است.

--incdomT
استفاده از آستانه بیت امتیاز برای درج در هر دامنه به جای آستانه ارزش الکترونیکی
(هر تنظیمی از --incT نادیده گرفته می شود). شامل دامنه هایی با بیت امتیاز >= شود . توسط
پیش فرض این گزینه تنظیم نشده است.

OPTIONS کنترل شتاب هوریستیک

جستجوهای HMMER3 در یک خط لوله فیلتر سه مرحله ای تسریع می شوند: فیلتر MSV،
فیلتر Viterbi و فیلتر Forward. اولین فیلتر سریعترین و بهترین است
تقریبی؛ آخرین الگوریتم امتیازدهی کامل به جلو است، کندترین اما دقیق‌ترین.
همچنین یک مرحله فیلتر بایاس بین MSV و Viterbi وجود دارد. اهدافی که تمام مراحل را پشت سر می گذارند
در خط لوله شتاب، سپس تحت پردازش پس پردازش - شناسایی دامنه قرار می گیرند
و امتیازدهی با استفاده از الگوریتم Forward/Backward.

اساساً تنها پارامترهای آزاد که فیلترهای اکتشافی HMMER را کنترل می کنند، P- هستند.
آستانه‌های ارزشی که بخش مورد انتظار توالی‌های غیرهمولوگ را کنترل می‌کنند
فیلترها با تنظیم آستانه های پیش فرض بالاتر، نسبت بالاتری از آن عبور می کند
توالی غیر همولوگ، افزایش حساسیت در هزینه سرعت. متقابلا،
با تنظیم آستانه های P-value کمتر، نسبت کمتری را پشت سر گذاشته و حساسیت را کاهش می دهد
و افزایش سرعت تنظیم آستانه P-value فیلتر به 1.0 به معنای عبور از آن است
همه دنباله ها را انجام می دهد و به طور موثر فیلتر را غیرفعال می کند.

تغییر آستانه فیلتر فقط اهداف را حذف می کند یا شامل آن می شود. تغییر می کند
آستانه فیلتر امتیازهای بیت، مقادیر E یا ترازها را تغییر نمی دهد، که همه اینها هستند.
صرفاً در پس پردازش تعیین می شود.

-- حداکثر حداکثر حساسیت تمام فیلترها از جمله فیلتر بایاس را خاموش کرده و کامل اجرا کنید
پس پردازش به جلو/عقب در هر هدف. این باعث افزایش حساسیت می شود
اندکی، با هزینه زیادی در سرعت.

--F1
آستانه فیلتر اول؛ آستانه P-value را برای مرحله فیلتر MSV تنظیم کنید. در
پیش‌فرض 0.02 است، به این معنی که تقریباً 2 درصد از بالاترین امتیاز غیر همسان است
انتظار می رود اهداف از فیلتر عبور کنند.

--F2
آستانه فیلتر دوم؛ آستانه P-value را برای مرحله فیلتر Viterbi تنظیم کنید.
پیش فرض 0.001 است.

--F3
آستانه فیلتر سوم؛ آستانه P-value را برای مرحله فیلتر Forward تنظیم کنید. در
پیش فرض 1e-5 است.

--نوبیاس
فیلتر بایاس را خاموش کنید. این حساسیت را تا حدودی افزایش می‌دهد، اما می‌تواند اتفاق بیفتد
هزینه بالا در سرعت، به خصوص اگر پرس و جو دارای ترکیب باقیمانده مغرضانه باشد (مانند
یک ناحیه توالی تکراری، یا اگر یک پروتئین غشایی با نواحی بزرگ باشد
آب گریزی). بدون فیلتر بایاس، تعداد زیادی توالی ممکن است از فیلتر عبور کنند
با پرس و جوهای جانبدارانه، که منجر به عملکرد کندتر از حد انتظار می شود
الگوریتم های محاسباتی فشرده Forward/Backward به طور غیر عادی سنگین هستند
بارگذاری.

OPTIONS کنترل مشخصات ساخت و ساز (بعد تکرارها)

این گزینه‌ها کنترل می‌کنند که چگونه ستون‌های اجماع در ترازهای چندگانه تعریف می‌شوند
پروفیل های ساختمانی به صورت پیش فرض، جکمر همیشه شامل دنباله پرس و جو اصلی شما می شود
نتیجه هم ترازی در هر تکرار، و موقعیت های اجماع توسط آن پرس و جو تعریف می شود
sequence: یعنی یک پیش فرض جکمر نمایه همیشه به اندازه طول اصلی شما است
پرس و جو، در هر تکرار.

--سریع ستون های اجماع را به عنوان ستون هایی که دارای کسری >= هستند تعریف کنید symfrac از باقی مانده به عنوان
مخالف شکاف ها (برای مشاهده به زیر مراجعه کنید --symfrac گزینه.) اگرچه این پیش فرض است
گزینه ساخت پروفیل در جای دیگر (در hmmbuild، به ویژه)، ممکن است داشته باشد
اثرات نامطلوب در جکمر، زیرا یک نمایه می تواند به طور مکرر وارد شود
فضای توالی را از پرس و جو اصلی خود دور کنید، ستون های اجماع کمی باقی می ماند یا هیچ ستونی باقی نمی ماند
مربوط به باقی مانده های آن است.

-- دست ستون های اجماع را در نمایه بعدی با استفاده از حاشیه نویسی مرجع به چندگانه تعریف کنید
هم ترازی. جکمر حاشیه نویسی مرجع از نمایه قبلی را به
تراز چندگانه و سپس به نمایه بعدی. این پیش فرض است.

--symfrac
آستانه کسری باقیمانده را که برای تعریف ستون اجماع لازم است تعریف کنید
با استفاده از --سریع گزینه. پیش فرض 0.5 است. کسر نماد در هر ستون است
پس از در نظر گرفتن وزن توالی نسبی و نادیده گرفتن شکاف محاسبه می شود
کاراکترهای مربوط به انتهای قطعات دنباله (بر خلاف درونی
درج/حذف). تنظیم آن بر روی 0.0 به این معنی است که هر ستون تراز می شود
به عنوان اجماع اختصاص داده شود، که ممکن است در برخی موارد مفید باشد. آن را روی 1.0 تنظیم کنید
به این معنی که تنها ستون هایی که شامل 0 شکاف (درج/حذف داخلی) هستند، خواهند بود
به عنوان اجماع تعیین شده است.

--شکستن
ما فقط می خواهیم شکاف های پایانه را به عنوان حذف بشماریم که دنباله تراز شده مشخص باشد
تمام قد باشد، نه اگر قطعه ای باشد (مثلاً، زیرا فقط بخشی از آن است
توالی شد). HMMER از یک قانون ساده برای استنتاج قطعات استفاده می کند: اگر طول توالی
L کوچکتر یا مساوی کسری است برابر طول تراز در ستون ها،
سپس دنباله به عنوان یک قطعه استفاده می شود. پیش فرض 0.5 است. تنظیمات
--شکستن0 هیچ دنباله ای (غیر خالی) را به عنوان یک قطعه تعریف می کند. ممکن است بخواهی
اگر می‌دانید که یک هم‌ترازی تمام‌قد به دقت تنظیم شده‌اید، این کار را انجام دهید
دنباله ها تنظیمات --شکستن1 تمام دنباله ها را به عنوان قطعات تعریف می کند. شما ممکن است
اگر می دانید که تراز شما کاملاً از قطعات تشکیل شده است، می خواهید این کار را انجام دهید
به عنوان خوانده شده کوتاه ترجمه شده در داده های تفنگ ساچمه ای متاژنومی.

OPTIONS کنترل نسبت فامیلی وزنها

هر زمان که یک نمایه از یک تراز چندگانه ساخته شود، HMMER از یک دنباله موقت استفاده می کند
الگوریتم وزن‌دهی به توالی‌های پایین‌وزنی که از نزدیک مرتبط هستند و وزن بالا به‌طور دور مرتبط هستند
آنهایی که این اثر باعث می‌شود که مدل‌ها به دلیل فیلوژنتیک ناهموار، سوگیری کمتری داشته باشند
نمایندگی. به عنوان مثال، دو دنباله یکسان معمولاً هر کدام نصف آن را دریافت می کنند
وزن آن یک سکانس (و به همین دلیل است جکمر نگران همیشه نیست
از جمله دنباله جستجوی اصلی شما در تراز هر تکرار، حتی اگر آن را پیدا کند
دوباره در پایگاه داده ای که در حال جستجو هستید). این گزینه ها کنترل می کنند که کدام الگوریتم مورد استفاده قرار گیرد.

--wpb از طرح وزن دهی توالی مبتنی بر موقعیت Henikoff استفاده کنید [Henikoff and Henikoff،
جی. مول. Biol. 243:574، 1994]. این پیش فرض است.

--wgsc از الگوریتم وزن دهی Gerstein/Sonnhammer/Chothia استفاده کنید [Gerstein et al, J. Mol.
Biol. 235:1067، 1994].

--wblosum
از همان طرح خوشه‌بندی استفاده کنید که برای وزن دادن به داده‌ها در محاسبه BLOSUM استفاده شد
ماتریس های جایگزینی [Henikoff and Henikoff, Proc. Natl. آکادمی Sci 89:10915، 1992].
توالی ها به صورت تک پیوندی در یک آستانه هویت خوشه بندی شده اند (پیش فرض 0.62؛ رجوع کنید به
-- عریض) و در هر خوشه از دنباله های c، هر دنباله وزن نسبی پیدا می کند
1/c.

-- دارای
بدون وزن نسبی به همه توالی ها وزن یکنواخت اختصاص داده می شود.

-- عریض
آستانه هویت مورد استفاده توسط خوشه بندی تک پیوندی را هنگام استفاده تنظیم می کند --wblosum.
با هر طرح وزنی دیگر نامعتبر است. پیش فرض 0.62 است.

OPTIONS کنترل تاثير گذار توالی عدد

پس از تعیین وزن‌های نسبی، آن‌ها نرمال می‌شوند تا مجموع آنها به مقدار مؤثر کل برسد
شماره ترتیب، eff_nseq. این عدد ممکن است تعداد واقعی دنباله ها در آن باشد
تراز، اما تقریبا همیشه کوچکتر از آن است. وزن آنتروپی پیش فرض
روش (--eent) برای کاهش محتوای اطلاعاتی، تعداد توالی موثر را کاهش می دهد
(آنتروپی نسبی، یا میانگین امتیاز مورد انتظار در همولوگ های واقعی) در هر موقعیت اجماع. را
آنتروپی نسبی هدف توسط یک تابع دو پارامتری کنترل می شود، که در آن دو
پارامترها قابل تنظیم هستند --اینجا و --اسیگما.

--eent برای دستیابی به یک آنتروپی نسبی خاص، عدد دنباله موثر را تنظیم کنید
موقعیت (نگاه کنید به --اینجا). این پیش فرض است.

-- محصور کردن
شماره دنباله موثر را روی تعداد خوشه های تک پیوندی در a تنظیم کنید
آستانه هویت خاص (نگاه کنید به --عید). این گزینه توصیه نمی شود. برای
آزمایش‌هایی که چقدر بهتر را ارزیابی می‌کنند --eent است.

-- انون
تعیین تعداد دنباله موثر را خاموش کنید و فقط از تعداد واقعی استفاده کنید
دنباله ها یکی از دلایلی که ممکن است بخواهید این کار را انجام دهید این است که سعی کنید نسبی را به حداکثر برسانید
آنتروپی/موقعیت مدل شما، که ممکن است برای مدل های کوتاه مفید باشد.

--eset
صراحتاً شماره توالی مؤثر را برای همه مدل ها تنظیم کنید .

--اینجا
حداقل هدف آنتروپی/موقعیت نسبی را روی آن تنظیم کنید . نیاز دارد --eent. پیش فرض
بستگی به الفبای توالی دارد. برای توالی پروتئین، 0.59 بیت در موقعیت است.

--اسیگما
حداقل آنتروپی نسبی را که توسط یک هم‌ترازی مدل کامل کمک می‌کند، تنظیم می‌کند
تمام طول آن این باعث می شود که مدل های کوتاه نسبی بالاتری داشته باشند
آنتروپی در هر موقعیت از --اینجا به تنهایی می دهد. پیش فرض 45.0 بیت است.

--عید
برش هویت جفتی کسری را که توسط خوشه‌بندی پیوند منفرد با استفاده می‌شود، تنظیم می‌کند
la -- محصور کردن گزینه. پیش فرض 0.62 است.

OPTIONS کنترل پیشینیان

در ساخت پروفیل، به طور پیش فرض، شمارش وزنی به میانگین پسین تبدیل می شود
تخمین پارامترهای احتمال با استفاده از پیشین های دیریکله مخلوط. مخلوط پیش فرض دیریکله
پارامترهای قبلی برای مدل‌های پروتئین و مدل‌های اسید نوکلئیک (RNA و DNA) ساخته شده‌اند
گزینه های زیر به شما این امکان را می دهند که اولویت های پیش فرض را لغو کنید.

--pnone از هیچ پیشینی استفاده نکنید پارامترهای احتمال به سادگی مشاهده خواهند شد
فرکانس ها، پس از وزن دهی توالی نسبی.

-- مکان به جای مخلوط پیش‌فرض دیریکله از یک پیشین Laplace +1 استفاده کنید.

OPTIONS کنترل E-VALUE تنظیم

تخمین پارامترهای مکان برای توزیع امتیاز مورد انتظار برای فیلتر MSV
امتیازات، امتیازات فیلتر Viterbi، و امتیازات Forward به سه ترتیب تصادفی کوتاه نیاز دارند
شبیه سازی ها

--EmL
طول دنباله را در شبیه سازی تنظیم می کند که پارامتر مکان mu را برای تخمین می زند
مقادیر E فیلتر MSV. پیش فرض 200 است.

--EmN
تعداد دنباله ها را در شبیه سازی که پارامتر مکان mu را تخمین می زند تنظیم می کند
برای مقادیر E فیلتر MSV. پیش فرض 200 است.

--EvL
طول دنباله را در شبیه سازی تنظیم می کند که پارامتر مکان mu را برای تخمین می زند
فیلتر Viterbi مقادیر E. پیش فرض 200 است.

--EvN
تعداد دنباله ها را در شبیه سازی که پارامتر مکان mu را تخمین می زند تنظیم می کند
برای مقادیر E فیلتر Viterbi. پیش فرض 200 است.

--EfL
طول دنباله را در شبیه سازی تنظیم می کند که پارامتر مکان tau را تخمین می زند
برای Forward E-values. پیش فرض 100 است.

--EfN
تعداد دنباله هایی را در شبیه سازی که پارامتر مکان را تخمین می زند، تنظیم می کند
tau برای Forward E-values. پیش فرض 200 است.

--عفت
کسر جرم دم را به گونه ای تنظیم می کند که در شبیه سازی که مکان را تخمین می زند، جا بیفتد
پارامتر tau برای ارزش های Forward. پیش فرض 0.04 است.

OTHER OPTIONS

--nonull2
تصحیح های نمره null2 را برای ترکیب مغرضانه خاموش کنید.

-Z ادعا کنید که تعداد کل اهداف در جستجوهای شما است ، برای اهداف
از محاسبات ارزش E در هر دنباله، به جای تعداد واقعی اهداف
مشاهده گردید.

--domZ
ادعا کنید که تعداد کل اهداف در جستجوهای شما است ، برای اهداف
از محاسبات شرطی E-value هر دامنه، به جای تعداد اهداف
که آستانه های گزارش دهی را پشت سر گذاشتند.

-- دانه
مولد اعداد تصادفی را با ، یک عدد صحیح >= 0. اگر > 0 است، هر
شبیه سازی های تصادفی قابل تکرار خواهند بود. همان فرمان همان را خواهد داد
نتایج. اگر 0 است، مولد اعداد تصادفی به طور دلخواه بذر می شود، و
شبیه‌سازی‌های تصادفی از اجرا به اجرای همان فرمان متفاوت خواهند بود. پیشفرض
دانه 42 است.

--qformat
اعلام کنید که ورودی query_seqfile در قالب است . فایل توالی پذیرفته شده
فرمت ها عبارتند از FASTA، EMBL، GenBank، DDBJ، UniProt، Stockholm و SELEX. پیش فرض
تشخیص خودکار فرمت فایل است.

- فرمت
اعلام کنید که ورودی target_seqdb در قالب است . فایل توالی پذیرفته شده
فرمت ها عبارتند از FASTA، EMBL، GenBank، DDBJ، UniProt، Stockholm و SELEX. پیش فرض
تشخیص خودکار فرمت فایل است.

--cpu
تعداد نخ های کارگر موازی را بر روی تنظیم کنید . به‌طور پیش‌فرض، HMMER این را روی آن تنظیم می‌کند
تعداد هسته های CPU که در دستگاه شما شناسایی می کند - یعنی سعی می کند حداکثر کند
استفاده از هسته های پردازنده موجود شما تنظیمات بالاتر از تعداد
هسته های موجود ارزش کمی دارند، اما ممکن است بخواهید آن را روی چیزی تنظیم کنید
کمتر شما همچنین می توانید این عدد را با تنظیم یک متغیر محیطی کنترل کنید.
HMMER_NCPU.

این گزینه فقط در صورتی در دسترس است که HMMER با پشتیبانی از رشته های POSIX کامپایل شده باشد.
این پیش فرض است، اما ممکن است در زمان کامپایل برای سایت شما خاموش شده باشد
یا ماشین به دلایلی

-- غرفه
برای اشکال زدایی نسخه اصلی/کارگر MPI: پس از شروع مکث کنید تا فعال شود
توسعه دهنده برای پیوست کردن دیباگرها به فرآیندهای اصلی و کارگر(های) در حال اجرا. ارسال
سیگنال SIGCONT برای آزاد کردن مکث. (تحت gdb: (gdb) سیگنال NEXTCONT) (فقط
اگر پشتیبانی اختیاری MPI در زمان کامپایل فعال شده باشد، در دسترس است.)

--mpi با استفاده از حالت MPI master/worker اجرا شود mpirun. (فقط در صورت اختیاری MPI موجود است
پشتیبانی در زمان کامپایل فعال شد.)

با استفاده از خدمات onworks.net از jackhmmer به صورت آنلاین استفاده کنید