این دستور kalign است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
kalign - ترازهای متعدد توالی های بیولوژیکی را انجام می دهد.
خلاصه
کالیگن [infile.fasta] [outfile.fasta] [گزینه ها]
کالیگن [-من infile.fasta] [-O outfile.fasta] [گزینه ها]
کالیگن [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [گزینه ها]
شرح
Kalign یک ابزار خط فرمان برای انجام تراز چندگانه توالی های بیولوژیکی است. آی تی
از الگوریتم تطبیق رشته Muth?Manber برای بهبود دقت و سرعت استفاده می کند.
از تراز از رویکرد هم ترازی جهانی و پیشرونده استفاده می کند که با استفاده از یک برنامه غنی شده است
الگوریتم تقریبی تطبیق رشته برای محاسبه فواصل دنباله و با ترکیب
تطابق محلی با تراز جهانی در غیر این صورت.
OPTIONS
-s -gpo -گپاپن -gap_open x
پنالتی باز شکاف .
-e -gpe -gap_ext -کشش شکاف x
جریمه افزایش فاصله
-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
جریمه های فاصله پایانی
-m -جایزه -matrix_bonus x
یک ثابت به ماتریس جایگزینی اضافه شده است.
-c -مرتب سازی <ورودی، درخت، شکاف ها.>
ترتیب ظاهر شدن توالی ها در تراز خروجی.
-g -ویژگی
حالت ویژگی را انتخاب می کند و مشخص می کند که کدام ویژگی ها باید استفاده شوند: به عنوان مثال همه، maxplp،
STRUCT، PFAM-A؟
-sme_feature_score
امتیاز برای تراز کردن ویژگی های مشابه.
-diff_feature_score
جریمه برای تراز کردن ویژگی های مختلف.
-d کمک <وو، جفت>
روش فاصله
-b سه -درخت راهنما <nj، upgma>
روش درخت راهنما
-z -zcutoff
پارامتر مورد استفاده در محاسبه فاصله مبتنی بر wu-manber.
-i -که در -ورودی
نام فایل ورودی
-o بیرون -خروجی
نام فایل خروجی
-a -gap_inc
بسته به تعداد شکاف های موجود، جریمه های شکاف را افزایش می دهد.
-f قالب <فستا، msf، الن، سرنخ macsim>
فرمت خروجی
-q -ساکت
چیزی در STDERR چاپ نکنید. چیزی از STDIN نخوانید.
مراجع
· Timo Lassmann و Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - چندگانه دقیق و سریع
الگوریتم تراز توالی BMC Bioinformatics 6:298
· تیمو لاسمان، الیور فرینگز و اریک ال‌ال. سانهامر (2009) Kalign2:
هم ترازی چندگانه با کارایی بالا توالی پروتئین و نوکلئوتید اجازه می دهد
ویژگی های خارجی تحقیقات اسید نوکلئیک 3:858?865.
AUTHORS
تیمو لاسمان <[ایمیل محافظت شده]>
نویسنده بالادستی Kalign.
چارلز بیچاره <[ایمیل محافظت شده]>
من پیج را نوشت.
کپی رایت
حق چاپ © 2004، 2005، 2006، 2007، 2008 Timo Lassmann
Kalign یک نرم افزار رایگان است. می توانید آن را مجدداً توزیع کنید و/یا تحت شرایط آن تغییر دهید
مجوز عمومی عمومی گنو که توسط بنیاد نرم افزار آزاد منتشر شده است.
این صفحه راهنما توسط چارلز پلسی نوشته شده است[ایمیل محافظت شده]> برای دبیان (TM)
سیستم (اما ممکن است توسط دیگران استفاده شود). اجازه کپی، توزیع و/یا داده شده است
این سند را با همان شرایط خود kalign تغییر دهید.
در سیستم های دبیان، متن کامل مجوز عمومی عمومی گنو نسخه 2 می تواند باشد
موجود در /usr/share/common-licenses/GPL-2.
با استفاده از خدمات onworks.net از kalign آنلاین استفاده کنید
