king-probe - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

king-probe - بسته بندی بین اتمی پروتئین را ارزیابی و تجسم کنید

شرح

نحو: probe input.pdb >> out.kin

یا: probe [پرچم‌ها] "الگوی src" ["الگوی هدف"] فایل‌های pdb... >> out.kin

پرچم ها:
-خود خود تقاطع: src -> src (پیش‌فرض)

-هر دو هر دو راه را قطع کنید: src <=> targ

-یک بار تک تقاطع: src -> targ

-خارج سطح خارجی واندروالس src (سطح تماس با حلال)

-AUTObondrot نام فایل
فایل autobondrot را بخوانید و پردازش کنید

میانبرها:

< >همانند: -4 ساعت -mc -همه -خود "altA ogt33"

-پیش فرض ها
مانند: < >، اما برخی از پرچم های دیگر را مجاز می کند

-SCSurface مثل: افتادن -rad1.4 بیرون "نه آب"

-در معرض دید قرار گرفت
مثل: افتادن -rad1.4 بیرون (توجه: الگوی لوازم کاربر)

-یک سطح
مثل: افتادن -rad0.0 -افزودن 1.4 بیرون "نه آب"

-دسترسی
مثل: افتادن -rad0.0 -افزودن 1.4 بیرون (توجه: الگوی لوازم کاربر)

-SCAN0 مثل: -4 ساعت -mc -خود "alta blt40 ogt33"

-SCAN1 مثل: -4 ساعت -یک بار "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65,(نه آب ogt33)"

اطلاعات DUMPAtom
اتم های موجود در انتخاب را بشمارید: src

(توجه داشته باشید که BOTH و ONCE به دو الگو نیاز دارند

OUT، SELF و DUMPATOMINFO فقط به یک الگو نیاز دارند)

- ضمنی
هیدروژن های ضمنی

-به صراحت
هیدروژن های صریح (پیش فرض)

- تراکم#
تنظیم تراکم نقطه (پیش‌فرض 16 نقطه/مربع A)

-شعاع#.#
تنظیم شعاع پروب (پیش‌فرض 0.25 A)

-ADDvdw#.#
افست به شعاع Van der Waals اضافه شد (پیش‌فرض 0.0)

-SCALEvdwضریب مقیاس #.# برای شعاع واندروالس (پیش‌فرض 1.0)

-COSCale#.#
مقیاس C=O کربن شعاع واندروالس (پیش‌فرض 0.94)

-اسپیک رسم سنبله به جای نقطه (پیش‌فرض)

-اسپیک#.#
تنظیم مقیاس سنبله (پیش‌فرض=0.5)

NOSpike
فقط نقطه بکشید

-HBRegular#.# حداکثر همپوشانی برای Hbonds معمولی (پیش‌فرض=0.6)

-HBC شارژ شده است#.# حداکثر همپوشانی برای Hbonds شارژ شده (پیش‌فرض=0.8)

-نگاه داشتن نگه داشتن اتم های انتخاب نشده (پیش فرض)

رها کردن اتم های انتخاب نشده را رها کنید

-حد هنگام بوسیدن نقاط برآمدگی را به حداکثر فاصله محدود کنید (پیش‌فرض)

-بدون محدودیت
نقاط برآمدگی را محدود نکنید

-لنز کلمه کلیدی لنز را به فایل kin اضافه کنید

-نولن ها
کلمه کلیدی لنز را به فایل kin اضافه نکنید (پیش فرض)

-MC شامل فعل و انفعالات mainchain->mainchain

-HET ها شامل نقاط به گروه های HET غیر آب (پیش فرض)

-NOHETs
نقاط را از گروه های HET غیرآبی حذف کنید

-آب ها
شامل نقاط به آب (پیش فرض)

-NOWAers
نقاط را از آب حذف کنید

-WAT2wat
نشان دادن نقاط بین آب

-DUMPH2O
شامل آب H؟ لیست برداری در خروجی

-4 ساعت افزایش حذف نقطه زنجیره پیوند به 4 برای H (پیش فرض)

-3 حذف نقطه زنجیره پیوند را به 3 محدود کنید

-2 حذف نقطه زنجیره پیوند را به 2 محدود کنید

-1 حذف نقطه زنجیره پیوند را به 1 محدود کنید

-چشم پوشی "الگو" افت صریح: نادیده گرفتن اتم های انتخاب شده توسط الگو

-DOCHO
CH..O Hbonds را بشناسید

-چو#.#
ضریب مقیاس برای امتیاز CH..O Hbond (پیش‌فرض = 0.5)

-PolarH
استفاده از شعاع کوتاه هیدروژن های قطبی (پیش فرض)

-NOPolarH
شعاع هیدروژن های قطبی را کوتاه نکنید

-NOFACEhbond HBonds را به چهره های معطر شناسایی نکنید

-نام "name" نام گروه را مشخص می کند ("نقاط" پیش فرض)

-دومستر
نام گروه به عنوان master اضافی={name} در لیست ها استفاده می شود

-NOGroup
دستور @group را در خروجی فرمت kin ایجاد نکنید

تصویر KIN
عبارت @kinemage 1 را به بالای خروجی فرمت kin. اضافه کنید

-نقطه شمارش
تعداد نقاط را تولید کنید نه یک لیست نقطه

-بی اطلاعات
خروجی اطلاعات نقطه خام

name:pat:type:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:score:type:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-OFORMAT
اطلاعات نقطه خروجی فرمت شده برای نمایش در O

-XVFORMAT
اطلاعات نقطه خروجی فرمت شده برای نمایش در XtalView

-یک خط
خروجی یک خط :contacts:by:severity:type:

-GAPcolor
نقاط رنگی بر اساس مقدار فاصله (پیش‌فرض)

-ATOMcolor
نقاط رنگی بر اساس نوع اتم

-رنگ پایه
نقاط رنگی بر اساس نوع پایه اسید نوکلئیک

-COLORBase
نقاط رنگی بر اساس شکاف و نوع پایه اسید نوکلئیک

-OUTCOLor "name" رنگ نقطه را مشخص می کند -خارج (پیش‌فرض "خاکستری")

-GAPWeight#
تنظیم وزن برای امتیاز دادن به فاصله (پیش‌فرض 0.25)

-وزن BUMP# تنظیم مقیاس نسبی برای به ثمر رساندن برآمدگی ها (پیش فرض 10.0)

-وزن HB#
تنظیم مقیاس نسبی برای امتیاز دهی Hbonds (پیش فرض 4.0)

-DIVLow#.#
بخش برای دسته های دست انداز (پیش فرض -0.4)

-DIVHigh#.#
بخش برای دسته های تماس (پیش فرض 0.25)

MINOCCupancy#.#
اشغال زیر این برابر با صفر است (پیش‌فرض 0.02)

-ELEMENT
دکمه های اصلی را برای عناصر مختلف در خروجی خویشاوندی اضافه کنید

-NOHBOUT
از مخاطبین برای HBonds خروجی نگیرید

-نکلاشوت
مخاطبین را برای درگیری خروجی نگیرید

-NOVDWOUT
مخاطبین را برای تعاملات واندروالس خروجی نگیرید

-ONLYBADOUT
onlybadout خروجی درگیری های بد (تماس های شدید با مخاطبین)

-خلاصه
خروجی لیست خلاصه مخاطبین و درگیری ها

-یک خط
لیست خلاصه خروجی در یک خط

اطلاعیه ها
نشانگر نام باقیمانده در طول پردازش نمایش داده نشود

STDBONDs
فقط الگوهای اتصال استاندارد را در باقیمانده های استاندارد فرض کنید

-ناوالد
هیدروژن ها را بر اساس جدول اتم های سنگین مادر پیوند ندهید

-سگید از فیلد PDB SegID برای تفکیک بین باقیمانده ها استفاده کنید

-OLDU ایجاد سبک قدیمی -u خروجی: kissEdge2BullsEye و غیره

-کلامی
حالت پرحرف (پیش‌فرض)

-مرجع
نمایش رشته مرجع

-تغییرها
نمایش لیستی از تغییرات برنامه

-ساکت حالت بی صدا

-کمک نمایش اعلان راهنمایی گسترده (شامل پرچم‌های دیگر)

-نسخه
نسخه یک خطی به stdout

عناصر الگو: (باید در گیومه در خط فرمان قرار داده شود)

FILE# در فایل #

MODEL# در مدل #

CHAINaa
درون زنجیره الف

SEGaaaa
شناسه بخش aaaa (که در آن _ جای خالی را نشان می دهد)

ترکیب جایگزین ALTa a

ATOMaaaa
نام اتم aaaa (جایی که _ نشان دهنده خالی است) (همه 4 کاراکتر استفاده می شود تا H باشد
ATOM_H__)

RESaaa باقی مانده aaa

#بقایای #

#یک باقیمانده #، درج a

#-# محدوده باقیمانده # (درج کدها نادیده گرفته شده است)

نوع باقیمانده با کدهای یک حرفی (مثلاً y)

aaa نوع باقیمانده با سه کد حرف (مثلا tyr)

ALL، پروتئین، MC، SC، باز، آلفا، بتا، نیتروژن، کربن،
اکسیژن، گوگرد، فسفر، هیدروژن، فلز، قطبی،
غیر قطبی، شارژ، دهنده، گیرنده، آروماتیک، متیل، گرم، آب، DNA، RNA

همه یا زیر مجموعه ای از اتم ها

OLT# اشغال کمتر از # (درصد صحیح)

OGT# اشغال بیشتر از # (درصد صحیح)

BLT# B-مقدار کمتر از # (عدد صحیح)

BGT# B-مقدار بزرگتر از # (عدد صحیح)

INSa کد a را وارد کنید (جایی که _ نشان دهنده خالی است)

در #.# از #.#، #.#، #.#
اتم ها در فاصله ای از نقطه

الگوها را می توان در لیست های جدا شده با ویرگول مانند "trp,phe,tyr" ترکیب کرد.
TRP یا PHE یا TYR.

الگوهایی که با جاهای خالی از هم جدا می شوند باید همه درست باشند مانند "chainb 1-5" به معنی
باقیمانده های 1 تا 5 در زنجیره B.

همچنین می توانید الگوها را با پرانتز گروه بندی کنید، چندین الگو را با | جدا کنید
به معنی "یا" است و مکمل را با NOT مانند "not file1" به معنای not in انتخاب کنید
فایل 1.

یک فایل autobondrot مشابه سایر فایل های ورودی PDB است اما شامل اطلاعات است
شناسایی اتم‌هایی که در معرض چرخش و سایر تبدیل‌ها هستند.

قطعه فایل autobondrot مثالی که چرخش پیوند Calpha-Cbeta و دوره ای را نشان می دهد
تابع جریمه پیچشی برای این چرخش

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

bondrot:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos:-3:60:3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

دستورات Autobondrot از دو نقطه برای جداسازی مقادیر استفاده می کنند.
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # ساختگی

توابع سوگیری:
COS:scale:phaseOffset:frequency POLY:scale:offset:polynomialDegree CONST:value

انشعاب:
ذخیره و بازیابی یا "(" و ")"

(مثلاً برای چرخاندن هر چی و متیل ها برای ایزولوسین

دنباله عبارت است از: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

جهت تنظیم: GO:angle1:angle2:... شامل فایل‌ها: @filename نظرات:
# متن نظر

probe: نسخه 2.13.110909، حق چاپ 1996-2011، J. Michael Word

با استفاده از خدمات onworks.net از king-probe آنلاین استفاده کنید