این دستور kmc_tools-filter است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
kmc_tools-filter - خواندن را با تعداد بسیار کم k-mers فیلتر کنید
خلاصه
kmc_tools فیلتر [kmc_input_db_params]
[input_read_set_params] [output_read_set_params]
شرح
این دستور خواندن با تعداد بسیار کم k-mers را فیلتر می کند.
OPTIONS
برای پایگاه داده k-mers پارامترهای اضافی وجود دارد:
-ci
k-merهایی را که کمتر از آن رخ می دهند را حذف کنید بار
-cx
k-merهایی را که بیشتر از آن رخ می دهند را حذف کنید بار
برای مجموعه ورودی ورودی پارامترهای اضافی وجود دارد:
-ci
خوانش های حاوی k-mer کمتر از مقدار را حذف کنید. می تواند عدد صحیح یا شناور باشد
در محدوده [0.0;1.0]
-ci
خوانش های حاوی k-mers بیشتر از مقدار را حذف کنید. می تواند عدد صحیح یا شناور باشد
در محدوده [0.0;1.0]
-ف
ورودی با فرمت FASTA (-fa)، فرمت FASTQ (-fq)؛ پیش فرض: FASTQ
برای مجموعه خروجی خواندن پارامترهای اضافی وجود دارد:
-ف
خروجی در فرمت FASTA (-fa)، فرمت FASTQ (-fq)؛ پیش فرض: همانند ورودی
مثال
فیلتر kmc_tools kmc_db -ci3 input.fastq -ci0.5 -cx1.0 filtered.fastq
فیلتر kmc_tools kmc_db input.fastq -ci10 -cx100 filtered.fastq
با استفاده از خدمات onworks.net به صورت آنلاین از kmc_tools-filter استفاده کنید
