این دستور load_genbankp است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
load_genbank.pl - پایگاه داده Bio::DB::GFF را از فایل های GENBANK بارگیری کنید.
خلاصه
% load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
% load_genbank.pl -d genbank -a AP003256
توجه: اسکریپت bp_genbank2gff.pl در توزیع BioPerl مانند این اسکریپت است.
شرح
این اسکریپت یک پایگاه داده Bio::DB::GFF را با ویژگی های موجود در یک یا محلی بارگیری می کند.
فایل genbank یا الحاقی که از genbank واکشی شده است. گزینه های مختلف خط فرمان
به شما این امکان را می دهد که کنترل کنید کدام پایگاه داده را بارگیری کنید و آیا به پایگاه داده موجود اجازه دهید یا نه
رونویسی شود
این اسکریپت در حال حاضر فقط از MySQL استفاده می کند، اگرچه یک اصل اثبات است و به راحتی می تواند
برای کار با سایر RDMS که توسط GFF از طریق آداپتورها پشتیبانی می شوند، گسترش یابد.
خط فرمان OPTIONS
گزینه های خط فرمان را می توان به اختصار به گزینه های تک حرفی تبدیل کرد. به عنوان مثال -d به جای
-- پایگاه داده
- ایجاد نیرو و مقداردهی اولیه پایگاه داده
--dsn منبع داده (dbi:mysql:test پیش‌فرض)
--کاربر نام کاربری برای احراز هویت mysql
--عبور رمز عبور برای احراز هویت mysql
-- پروکسی سرور پروکسی برای استفاده از راه دور
--file آرگومان های زیر نام فایل Genbank/EMBL هستند (پیش فرض)
--accession آرگومان هایی که در ادامه می آیند شماره های الحاق بانک ژن هستند
--stdout فایل GFF تبدیل شده را به جای بارگیری به stdout بنویسید
با استفاده از خدمات onworks.net از load_genbankp به صورت آنلاین استفاده کنید
