masai_mapper - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

masai_mapper - ماسایی نگاشت

خلاصه

masai_mapper [گزینه ها]

شرح

Masai یک نقشه خوان سریع و دقیق بر اساس دانه های تقریبی و چندگانه است
عقب نشینی

دیدن http://www.seqan.de/projects/masai برای اطلاعات بیشتر.

(ج) حق چاپ 2011-2012 توسط Enrico Siragusa.

-h, --کمک

این پیام راهنما را نمایش می دهد.

- نسخه

نمایش اطلاعات نسخه

گزینه های نقشه برداری:

-می, - حالت نقشه برداری STR

حالت نقشه برداری را انتخاب کنید. یکی از همه، همه بهترین، و هر بهترین. پیش فرض: هر بهترین.

-MB, --mapping-block NUM

حداکثر تعداد خوانده شده در یک بار نقشه برداری. در محدوده [10000..inf]. پیش فرض:
2147483647.

-e, -- خطاها NUM

حداکثر تعداد خطا در هر خواندن در محدوده [0..32]. پیش فرض: 5.

-SL, --طول بذر NUM

حداقل طول بذر در محدوده [10..100]. پیش فرض: 33.

-ng, -- بدون شکاف

خواندن ها را با شکاف ها تراز نکنید.

گزینه های شاخص ژنوم:

-x, --فهرست مطالب STR

نوع شاخص ژنوم را انتخاب کنید. یکی از esa و sa و qgram و fm. پیش فرض: sa.

-xp, --index-پیشوند STR

نام پیشوند شاخص ژنوم را مشخص کنید. پیش فرض: از پیشوند نام فایل ژنوم استفاده کنید.

گزینه های خروجی:

-o, --فایل خروجی فایل

یک فایل خروجی را مشخص کنید. پیش فرض: از پیشوند نام فایل reads استفاده کنید. انواع فایل معتبر
عبارتند از: خام و سام.

-nc, --بدون سیگار

سیم سیگار را خروجی ندهید. این فقط بر خروجی SAM تأثیر می گذارد.

گزینه های اشکال زدایی:

-nv, -- بدون تأیید

بازدید از دانه را تأیید نکنید.

-nd, -- بدون تخلیه

نتایج را دور نریزید.

-nm, -- بدون چند

چند بک ترک را غیرفعال کنید.

نسخه

نسخه masai_mapper: 0.7.1 [14053] آخرین به روز رسانی 2013-05-16

با استفاده از خدمات onworks.net از masai_mapper به صورت آنلاین استفاده کنید