انگلیسیفرانسویاسپانیایی

اجرای سرورها | Ubuntu > | Fedora > |


فاویکون OnWorks

masai_mapper - آنلاین در ابر

masai_mapper را در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks از طریق Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا کنید.

این دستور masai_mapper است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.

برنامه:

نام


masai_mapper - Masai Mapper

خلاصه

masai_mapper [گزینه ها]

شرح

Masai یک نقشه خوان سریع و دقیق بر اساس دانه های تقریبی و چندگانه است
عقب نشینی

دیدن http://www.seqan.de/projects/masai برای اطلاعات بیشتر.

(ج) حق چاپ 2011-2012 توسط Enrico Siragusa.

-h, --کمک

این پیام راهنما را نمایش می دهد.

- نسخه

نمایش اطلاعات نسخه

گزینه های نقشه برداری:

-می, - حالت نقشه برداری STR

حالت نقشه برداری را انتخاب کنید. یکی از همه، همه بهترین، و هر بهترین. پیش فرض: هر بهترین.

-MB, --mapping-block NUM

حداکثر تعداد خوانده شده در یک بار نقشه برداری. در محدوده [10000..inf]. پیش فرض:
2147483647.

-e, -- خطاها NUM

حداکثر تعداد خطا در هر خواندن در محدوده [0..32]. پیش فرض: 5.

-sl, --طول بذر NUM

حداقل طول بذر در محدوده [10..100]. پیش فرض: 33.

-ng, -- بدون شکاف

خواندن ها را با شکاف ها تراز نکنید.

گزینه های شاخص ژنوم:

-x, --فهرست مطالب STR

نوع شاخص ژنوم را انتخاب کنید. یکی از esa و sa و qgram و fm. پیش فرض: sa.

-xp, --index-پیشوند STR

نام پیشوند شاخص ژنوم را مشخص کنید. پیش فرض: از پیشوند نام فایل ژنوم استفاده کنید.

گزینه های خروجی:

-o, --فایل خروجی فایل

یک فایل خروجی را مشخص کنید. پیش فرض: از پیشوند نام فایل reads استفاده کنید. انواع فایل معتبر
عبارتند از: خام و سام.

-nc, --بدون سیگار

سیم سیگار را خروجی ندهید. این فقط بر خروجی SAM تأثیر می گذارد.

گزینه های اشکال زدایی:

-nv, -- بدون تأیید

بازدید از دانه را تأیید نکنید.

-nd, -- بدون تخلیه

نتایج را دور نریزید.

-nm, -- بدون چند

چند بک ترک را غیرفعال کنید.

نسخه

نسخه masai_mapper: 0.7.1 [14053] آخرین به روز رسانی 2013-05-16

با استفاده از خدمات onworks.net از masai_mapper به صورت آنلاین استفاده کنید


Ad


Ad