این دستور mhap است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
mhap - همپوشانی توالی احتمالی
شرح
لطفا تنظیم کنید -s یا -p گزینه ها. گزینه های زیر را ببینید: MHAP: MinHash Alignment Protocol.
ابزاری برای یافتن همپوشانی های توالی های خوانده شده طولانی (مانند PacBio یا Nanopore) در
بیوانفورماتیک
نسخه: 1.6، زمان ساخت: 09/12/2015 11:46 استفاده 1 (اجرای مستقیم): java
سرور -Xmx -شیشه -s[-q
فایل>] [-f ] استفاده 2 (تولید پیش محاسبه شده
باینری): جاوا سرور -Xmx -شیشه -p
-q [-f ]
--هم ترازی، پیش فرض = نادرست
گزینه آزمایشی
- هم ترازی-افست، پیش فرض = -0.535
آفست برای محاسبه واریانس در امتیاز تطابق تراز.
-- تراز-امتیاز، پیش فرض = 1.0E-6
امتیاز برش برای مسابقات هم ترازی.
-- فیلتر آستانه، پیش فرض = 1.0E-5
[double]، برشی که k-mer در فایل فیلتر k-mer در نظر گرفته می شود
تکراری. این مقدار برای یک k-mer خاص در ستون دوم در مشخص شده است
فایل فیلتر اگر فایل فیلتری ارائه نشده باشد، این گزینه نادیده گرفته می شود.
--کمک، پیش فرض = نادرست
منوی راهنما را نمایش می دهد.
-- حداکثر تغییر، پیش فرض = 0.2
[دو برابر]، اندازه منطقه در سمت چپ و راست همپوشانی تخمینی، همانطور که مشتق شده است
از شیفت میانه و طول دنباله، که در آن یک k-mer منطبق هنوز است
معتبر در نظر گرفته شده است. فقط فیلتر مرحله دوم
---دقیقه-طول فروشگاه، پیش فرض = 0
[int]، حداقل طول خواندنی که در کادر ذخیره می شود. برای فیلتر کردن استفاده می شود
خواندن کوتاه از فایل FASTA.
--نانو منافذ سریع، پیش فرض = نادرست
تمام پارامترها را برای تنظیمات سریع Nanopore تنظیم کنید. این بهترین فعلی است
راهنمایی، و می تواند در هر زمان بدون هشدار تغییر کند.
-- بدون خود، پیش فرض = نادرست
همپوشانی های بین دنباله های داخل جعبه را محاسبه نکنید. باید زمانی استفاده شود که
به و از دنباله ها از فایل های مختلف می آیند.
--num-hashes، پیش فرض = 512
[int]، تعداد min-mers مورد استفاده در MinHashing.
--تعداد-دقیقه مطابقت دارد، پیش فرض = 3
[int]، حداقل # min-mer که باید قبل از محاسبه فیلتر مرحله دوم به اشتراک گذاشته شود.
هر دنباله ای که کمتر از این مقدار باشد، غیر همپوشانی در نظر گرفته می شود.
--num-threads، پیش فرض = 12
[int]، تعداد رشته هایی که برای محاسبه استفاده می شود. معمولاً روی 2 x #هسته تنظیم می شود.
--pacbio-fast، پیش فرض = نادرست
تمام پارامترها را برای تنظیم سریع PacBio تنظیم کنید. این بهترین فعلی است
راهنمایی، و می تواند در هر زمان بدون هشدار تغییر کند.
-- حساس به پکبیو، پیش فرض = نادرست
تمام پارامترها را برای تنظیمات حساس PacBio تنظیم کنید. این بهترین فعلی است
راهنمایی، و می تواند در هر زمان بدون هشدار تغییر کند.
--store-full-id، پیش فرض = نادرست
شناسه‌های کامل را همانطور که در فایل FASTA دیده می‌شود، به جای ذخیره کردن دنباله، ذخیره کنید
موقعیت در فایل برخی از فایل‌های FASTA IDS طولانی دارند و خروجی نتایج را کاهش می‌دهند.
این گزینه هنگام استفاده از فرمت فایل فشرده نادیده گرفته می شود.
--آستانه، پیش فرض = 0.04
[دو]، برش امتیاز شباهت آستانه برای مرتب‌سازی-ادغام مرحله دوم
فیلتر این بر اساس میانگین تعداد k-mers مطابقت در همپوشانی است
منطقه است.
- نسخه، پیش فرض = نادرست
نسخه و زمان ساخت را نمایش می دهد.
-- وزن دار، پیش فرض = نادرست
MinHashing وزنی را انجام دهید.
-f، پیش فرض = ""
فایل فیلتر k-mer برای فیلتر کردن k-mer های بسیار تکراری استفاده می شود. باید مرتب شود
به ترتیب نزولی فرکانس (ستون دوم).
-h، پیش فرض = نادرست
منوی راهنما را نمایش می دهد.
-k، پیش فرض = 16
[int]، اندازه k-mer مورد استفاده برای MinHashing. اندازه k-mer برای فیلتر مرحله دوم است
جدا است و قابل تغییر نیست.
-p، پیش فرض = ""
فقط استفاده 2 دایرکتوری حاوی فایل های FASTA که باید به آن تبدیل شوند
فرمت باینری برای ذخیره سازی
-q، پیش فرض = ""
استفاده 1: فایل FASTA از خواندن، یا فهرستی از فایل ها، که با مقایسه خواهد شد
مجموعه خوانده شده در کادر (نگاه کنید به -s). استفاده 2: دایرکتوری خروجی برای باینری
فایل های dat فرمت شده
-s، پیش فرض = ""
فقط استفاده 1 فایل FASTA یا باینری dat (نگاه کنید به استفاده 2) از خواندن خواهد شد
در یک جعبه ذخیره می شود، و تمام خواندن های بعدی با آن مقایسه می شود.
با استفاده از خدمات onworks.net از mhap آنلاین استفاده کنید
