nhmmscan - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

nhmmscan - دنباله(های) نوکلئوتیدی را در پایگاه داده پروفایل نوکلئوتیدی جستجو کنید

خلاصه

hmmscan [گزینه ها]

شرح

nhmmscan برای جستجوی توالی های نوکلئوتیدی در برابر مجموعه های نوکلئوتیدی استفاده می شود
پروفایل ها برای هر دنباله در ، از آن دنباله پرس و جو برای جستجوی هدف استفاده کنید
پایگاه داده پروفایل ها در ، و لیست های رتبه بندی شده از نمایه های دارای بیشترین را خروجی می دهد
مطابقت قابل توجهی با دنباله

La ممکن است شامل بیش از یک دنباله پرس و جو باشد. این می تواند در فرمت FASTA یا
چندین فرمت فایل متداول دیگر (genbank، embl، و uniprot، در میان دیگران)، یا
در فرمت های فایل تراز (استکهلم، فستای تراز شده، و غیره). را ببینید --qformat انتخاب
برای یک لیست کامل

La باید با استفاده از آن فشار داده شود hmmpress قبل از اینکه بتوان با آن جستجو کرد hmmscan.
این چهار فایل باینری با پسوند .h3{fimp} ایجاد می کند.

پرس و جو ممکن است '-' (یک کاراکتر خط تیره) باشد، در این صورت دنباله های پرس و جو هستند
خواندن از a لوله به جای از یک فایل. را از a قابل خواندن نیست
stream، زیرا باید آن چهار فایل باینری کمکی تولید شده توسط
hmmpress.

فرمت خروجی طوری طراحی شده است که برای انسان قابل خواندن باشد، اما اغلب آنقدر حجیم است که
خواندن آن غیر عملی است و تجزیه آن دردناک است. در -- tblout گزینه خروجی را در a ذخیره می کند
قالب جدولی ساده که مختصر و آسان تر تجزیه می شود. در -o گزینه اجازه می دهد
تغییر مسیر خروجی اصلی، از جمله دور انداختن آن در /dev/null.

OPTIONS

-h کمک؛ یک یادآوری مختصر از استفاده از خط فرمان و همه گزینه های موجود چاپ کنید.

OPTIONS برای کنترل OUTPUT

-o خروجی اصلی قابل خواندن توسط انسان را به یک فایل هدایت کنید به جای stdout پیش فرض.

-- tblout
ذخیره یک فایل جدولی ساده (محدود شده با فضا) که خروجی هر ضربه را خلاصه می کند، با
یک خط داده در هر ضربه مدل هدف همولوگ پیدا شد.

--dfamtblout
ذخیره یک فایل جدولی (محدود شده با فاصله) که خروجی هر ضربه را خلاصه می کند، مشابه
-- tblout اما مختصرتر

--aliscoresout
ذخیره کنید تا فهرستی از امتیازات هر موقعیت برای هر ضربه ثبت شود. این مفید است، برای
به عنوان مثال، در شناسایی مناطق با تراکم امتیاز بالا برای استفاده در حل
بازدیدهای همپوشانی از مدل های مختلف

-- حساب در خروجی اصلی که برای نمایه‌ها موجود است، به جای نام‌ها از پیوست‌ها استفاده کنید
و/یا دنباله ها

-- نوعلی
بخش تراز را از خروجی اصلی حذف کنید. این می تواند تا حد زیادی خروجی را کاهش دهد
جلد.

--notextw
طول هر خط را در خروجی اصلی نامحدود کنید. حد پیش فرض 120 است
کاراکتر در هر خط، که به نمایش خالص خروجی در پایانه ها کمک می کند و
در ویرایشگرها، اما می تواند خطوط توصیف نمایه هدف را کوتاه کند.

--textw
حد طول خط خروجی اصلی را روی آن تنظیم کنید کاراکتر در هر خط پیش فرض است
120.

OPTIONS برای گزارش نویسی فروشندگان

آستانه های گزارش گیری کنترل می کند که کدام ضربه در فایل های خروجی گزارش می شود (خروجی اصلی،
-- tbloutو --dfamtblout). بازدیدها بر اساس اهمیت آماری (ارزش E) رتبه بندی می شوند.

-E نمایه های هدف را با مقدار E-<= گزارش کنید . پیش فرض 10.0 است، به این معنی
که به طور متوسط ​​حدود 10 مورد مثبت نادرست در هر پرس و جو گزارش می شود، بنابراین شما می توانید
قسمت بالای نویز را ببینید و خودتان تصمیم بگیرید که آیا واقعاً نویز است یا خیر.

-T به جای آستانه گذاری خروجی در E-value، به جای آن پروفایل های هدف را با a گزارش دهید
بیت امتیاز >= .

OPTIONS برای نقص فروشندگان

آستانه‌های ورود سخت‌تر از آستانه‌های گزارش‌دهی هستند. کنترل آستانه های ورود
کدام ضربه ها به اندازه کافی قابل اعتماد در نظر گرفته می شوند که در یک تراز خروجی گنجانده شوند یا a
دور جستجوی بعدی که در nhmmscan، که هیچ خروجی تراز ندارد (مانند
nhmmer، آستانه های ورود تأثیر کمی دارند. آنها فقط بر مواردی تأثیر می‌گذارند که به‌عنوان ضربه‌هایی علامت‌گذاری می‌شوند
قابل توجه (!) یا مشکوک (؟) در خروجی ضربه.

--incE
از یک ارزش الکترونیکی <= استفاده کنید به عنوان آستانه ورود پیش فرض 0.01 است، به این معنی
که به طور متوسط ​​در هر 1 جستجو حدود 100 مثبت کاذب انتظار می رود
با توالی پرس و جوهای مختلف

--incT
به جای استفاده از E-values ​​برای تنظیم آستانه ورود، از یک امتیاز بیت استفاده کنید.
>= به عنوان آستانه ورود استفاده از آستانه بیت امتیاز غیرعادی است
با hmmscan، زیرا شما انتظار ندارید که یک آستانه امتیاز برای آن کار کند
پروفایل های مختلف؛ پروفایل های مختلف امتیاز مورد انتظار کمی متفاوت دارند
توزیع ها

OPTIONS برای مدل خاص SCORE آستانه

پایگاه داده های نمایه انتخاب شده ممکن است آستانه امتیاز بیت خاصی را برای هر نمایه تعریف کنند.
جایگزینی هر آستانه ای که تنها بر اساس اهمیت آماری است.

برای استفاده از این گزینه‌ها، نمایه باید حاوی موارد مناسب (GA، TC و/یا NC) باشد.
حاشیه نویسی آستانه امتیاز اختیاری. این توسط برداشت شده است hmmbuild از فرمت استکهلم
فایل های تراز برای یک مدل نوکلئوتیدی، هر گزینه آستانه‌ای یک عدد در هر ضربه دارد
آستانه این طوری عمل می کند که انگار -T --incT به طور خاص با استفاده از هر کدام اعمال شده است
آستانه های انتخاب شده مدل

--cut_ga
از آستانه امتیاز بیت GA (جمع آوری) در مدل برای تنظیم گزارش هر ضربه استفاده کنید
و آستانه های ورود آستانه های GA عموماً قابل اعتماد در نظر گرفته می شوند
آستانه انتخاب شده که عضویت خانواده را تعریف می کند. به عنوان مثال، در Dfam، اینها
آستانه ها هنگام حاشیه نویسی یک ژنوم با مدلی از خانواده شناخته شده به کار می روند
در آن ارگانیسم یافت می شود. آنها ممکن است امکان حداقل کشف نادرست مورد انتظار را فراهم کنند
نرخ.

--cut_nc
از آستانه امتیاز بیت NC (برش نویز) در مدل برای تنظیم گزارش هر ضربه استفاده کنید.
و آستانه های ورود آستانه های NC کمتر از GA هستند. در زمینه
از Pfam، معمولاً برای ذخیره امتیاز بالاترین امتیاز شناخته شده استفاده می شود
مثبت کاذب.

--cut_tc
از آستانه امتیاز بیت NC (برش مطمئن) در مدل برای تنظیم هر ضربه استفاده کنید
آستانه های گزارش دهی و ورود آستانه های TC دقیق تر از GA هستند، و
به طور کلی به عنوان امتیاز کمترین امتیاز مثبت شناخته شده شناخته می شوند
که بالاتر از همه موارد مثبت کاذب شناخته شده است. برای مثال، در Dfam، این آستانه ها هستند
هنگام حاشیه نویسی یک ژنوم با مدلی از خانواده ای که در آن یافت نمی شود استفاده می شود
آن ارگانیسم

کنترل OF L' شتاب خط لوله

جستجوهای HMMER3 در یک خط لوله فیلتر سه مرحله‌ای تسریع می‌شوند: فیلتر scanning-SSV،
فیلتر Viterbi و فیلتر Forward. اولین فیلتر سریعترین و بهترین است
تقریبی؛ آخرین الگوریتم امتیازدهی کامل Forward است. یک فیلتر بایاس نیز وجود دارد
گام بین SSV و Viterbi. اهدافی که تمام مراحل خط لوله شتاب را پشت سر می گذارند
سپس در معرض پس پردازش -- شناسایی دامنه و امتیازدهی با استفاده از
الگوریتم Forward/Backward.

تغییر آستانه فیلتر فقط اهداف را حذف می کند یا شامل آن می شود. تغییر می کند
آستانه فیلتر امتیازهای بیت، مقادیر E یا ترازها را تغییر نمی دهد، که همه اینها هستند.
صرفاً در پس پردازش تعیین می شود.

-- حداکثر (تقریباً) همه فیلترها، از جمله فیلتر بایاس را خاموش کنید و کامل اجرا کنید
پس پردازش رو به جلو/عقب در بیشتر توالی هدف. در مقابل
hmmscan جایی که این پرچم واقعاً فیلترها را به طور کامل خاموش می کند -- حداکثر پرچم
in nhmmscan آستانه فیلتر scanning-SSV را روی 0.4 تنظیم می کند، نه 1.0. استفاده از این
پرچم حساسیت را تا حدودی افزایش می دهد، با هزینه زیادی در سرعت.

--F1
آستانه P-value را برای مرحله فیلتر MSV تنظیم کنید. پیش فرض 0.02 است، به این معنی
انتظار می رود که تقریباً 2٪ از اهداف غیر همسان با بالاترین امتیاز عبور کنند
فیلتر

--F2
آستانه P-value را برای مرحله فیلتر Viterbi تنظیم کنید. پیش فرض 0.001 است.

--F3
آستانه P-value را برای مرحله فیلتر Forward تنظیم کنید. پیش فرض 1e-5 است.

--نوبیاس
فیلتر بایاس را خاموش کنید. این حساسیت را تا حدودی افزایش می‌دهد، اما می‌تواند اتفاق بیفتد
هزینه بالا در سرعت، به خصوص اگر پرس و جو دارای ترکیب باقیمانده مغرضانه باشد (مانند
یک ناحیه توالی تکراری، یا اگر یک پروتئین غشایی با نواحی بزرگ باشد
آب گریزی). بدون فیلتر بایاس، تعداد زیادی توالی ممکن است از فیلتر عبور کنند
با پرس و جوهای جانبدارانه، که منجر به عملکرد کندتر از حد انتظار می شود
الگوریتم های محاسباتی فشرده Forward/Backward به طور غیر عادی سنگین هستند
بارگذاری.

OTHER OPTIONS

--nonull2
تصحیح های نمره null2 را برای ترکیب مغرضانه خاموش کنید.

-Z ادعا کنید که تعداد کل اهداف در جستجوهای شما است ، برای اهداف
از محاسبات ارزش E در هر دنباله، به جای تعداد واقعی اهداف
مشاهده گردید.

-- دانه
دانه اعداد تصادفی را روی . برخی از مراحل در پس پردازش به Monte نیاز دارند
شبیه سازی کارلو پیش فرض این است که از یک دانه ثابت (42) استفاده کنید، به طوری که نتایج به دست می آید
دقیقا قابل تکرار هر عدد صحیح مثبت دیگری متفاوت خواهد بود (اما همچنین
قابل تکرار) نتایج انتخاب 0 از یک دانه انتخابی خودسرانه استفاده می کند.

--qformat
ادعا کنید که فایل دنباله پرس و جو در قالب است . فرمت های پذیرفته شده شامل
سریع, امبل, جنبانک, ddbj, uniprot, استکهلم, pfam, a2mو AFA. پیش فرض است
برای تشخیص خودکار فرمت فایل

--w_beta
جرم دم طول پنجره. کران بالا، W، در طولی که nhmmer انتظار دارد
برای یافتن یک نمونه از مدل به گونه ای تنظیم می شود که کسری از تمام دنباله ها
تولید شده توسط مدل با طول >= W کمتر است از . پیش فرض 1e-7 است.
این پرچم ممکن است برای نادیده گرفتن مقدار استفاده شود W برای مدل توسط
hmmbuild.

--w_length
خط بالای طول نمونه مدل را نادیده بگیرید، W، که در غیر این صورت توسط کنترل می شود
--w_beta. باید بزرگتر از طول مدل باشد. ارزش W عمیق استفاده می شود
در خط لوله شتاب، و انتظار نمی رود تغییرات ملایم بر نتایج تأثیر بگذارد
(اگرچه مقادیر بزرگتر از W منجر به زمان اجرا طولانی تر). ممکن است از این پرچم استفاده شود
نادیده گرفتن ارزش W برای مدل توسط hmmbuild.

--toponly
فقط رشته بالایی را جستجو کنید. به طور پیش فرض هم دنباله پرس و جو و هم معکوس آن
مکمل جستجو می شود.

-- به صورت پایین
فقط رشته پایین (مکمل معکوس) را جستجو کنید. به طور پیش فرض هر دو پرس و جو
دنباله و مکمل معکوس آن جستجو می شود.

--cpu
تعداد نخ های کارگر موازی را بر روی تنظیم کنید . به‌طور پیش‌فرض، HMMER این را روی آن تنظیم می‌کند
تعداد هسته های CPU که در دستگاه شما شناسایی می کند - یعنی سعی می کند حداکثر کند
استفاده از هسته های پردازنده موجود شما تنظیمات بالاتر از تعداد
هسته های موجود ارزش کمی دارند، اما ممکن است بخواهید آن را روی چیزی تنظیم کنید
کمتر شما همچنین می توانید این عدد را با تنظیم یک متغیر محیطی کنترل کنید.
HMMER_NCPU.

این گزینه فقط در صورتی در دسترس است که HMMER با پشتیبانی از رشته های POSIX کامپایل شده باشد.
این پیش فرض است، اما ممکن است برای سایت یا دستگاه شما خاموش شده باشد
بعضی دلایل.

-- غرفه
برای اشکال زدایی نسخه اصلی/کارگر MPI: پس از شروع مکث کنید تا فعال شود
توسعه دهنده برای پیوست کردن دیباگرها به فرآیندهای اصلی و کارگر(های) در حال اجرا. ارسال
سیگنال SIGCONT برای آزاد کردن مکث. (تحت gdb: (gdb) سیگنال NEXTCONT)

(فقط در صورتی در دسترس است که پشتیبانی اختیاری MPI در زمان کامپایل فعال باشد.)

--mpi با استفاده از حالت MPI master/worker اجرا شود mpirun.

(فقط در صورتی در دسترس است که پشتیبانی اختیاری MPI در زمان کامپایل فعال باشد.)

با استفاده از خدمات onworks.net از nhmmscan آنلاین استفاده کنید