این دستور obminimize است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
کمرنگ کردن - بهینه سازی هندسه، به حداقل رساندن انرژی برای یک مولکول
خلاصه
کمرنگ کردن [OPTIONS] نام فایل
شرح
ابزار obminimize را می توان برای به حداقل رساندن انرژی برای مولکول های داخل (چند) مولکول استفاده کرد.
فایل ها (مانند MOL2 و غیره)
OPTIONS
اگر نام فایلی داده نشده باشد، obminimize همه گزینه ها از جمله موجود را در اختیار شما قرار می دهد
میدان های نیرو
-n مراحل
حداکثر تعداد مراحل را مشخص کنید (پیش‌فرض=2500)
-cg استفاده از الگوریتم گرادیان مزدوج (پیش‌فرض)
-SD از شیب دارترین الگوریتم فرود استفاده کنید
-c ضوابط
معیارهای همگرایی را تنظیم کنید (پیش‌فرض=1e-6)
-ff درست نیروی
فورسفیلد را انتخاب کنید
مثال ها
گزینه های ممکن، از جمله فورسفیلدهای موجود را مشاهده کنید:
کمرنگ کردن
به حداقل رساندن انرژی برای مولکول(های) فایل test.mol2:
از بین بردن test.mol2
انرژی را برای مولکول(های) موجود در فایل test.mol2 با استفاده از میدان نیروی Ghemical به حداقل برسانید:
obminimize -ff Ghemical test.mol2
با گرفتن حداکثر 2 هندسه، انرژی مولکول(های) موجود در فایل test.mol300 را به حداقل برسانید.
مراحل بهینه سازی
obminimize -n 300 test.mol2
با استفاده از تندترین فرود، انرژی مولکول(های) موجود در فایل test.mol2 را به حداقل برسانید.
الگوریتم و معیارهای همگرایی 1e-5:
obminimize -sd -c 1e-5 test.mol2
با استفاده از خدمات onworks.net از obminimize آنلاین استفاده کنید
