pymol - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

pymol - بسته گرافیکی و مدلسازی مولکولی رایگان و انعطاف پذیر

خلاصه

پیمول [گزینه های] [فایل ها]

شرح

در طول سال ها، PyMOL با پشتیبانی از انیمیشن ها به یک بیننده مولکولی توانا تبدیل شده است.
رندرینگ با کیفیت بالا، کریستالوگرافی، و سایر فعالیت های رایج گرافیک مولکولی.
این توسط صدها (شاید حتی هزاران) دانشمند که در سراسر جهان گسترده شده اند، پذیرفته شده است
سی کشور با این حال، PyMOL هنوز در حال توسعه است
انتظار می رود برای سال های آینده ادامه یابد.

OPTIONS

این گزینه ها در حال حاضر پشتیبانی می شوند:

-2 در حالت دو دکمه ای ماوس شروع کنید.

-c حالت خط فرمان، بدون رابط کاربری گرافیکی. برای عملیات دسته ای

-d رشته
هنگام راه‌اندازی، رشته فرمان pymol را اجرا کنید.

-e در حالت تمام صفحه شروع کنید.

-f #خط
نمایش دستورات و بازخورد را در OpenGL کنترل می کند (0=خاموش).

-g file.png
یک فایل PNG بنویسید (پس از ارزیابی آرگومان های قبلی)

-i غیرفعال کردن رابط کاربری گرافیکی OpenGL داخلی (لیست اشیاء، منوها و غیره)

-l پرونده
ایجاد یک برنامه پایتون در موضوع جدید.

-o محافظت های امنیتی را برای فایل های جلسه غیرفعال کنید.

-p به دستورات در ورودی استاندارد گوش دهید.

-q راه اندازی بی صدا سرکوب صفحه چلپ چلوپ و دیگر پچ پچ.

-r پرونده
اجرای یک برنامه پایتون (در __اصلی__) در آغاز.

-s خط
دستورات را در این اسکریپت یا فایل برنامه PyMOL ذخیره کنید.

-t استفاده از ماژول رابط کاربری گرافیکی خارجی مبتنی بر Tcl/Tk (pmg_tk).

-u خط
این فایل اسکریپت یا برنامه PyMOL را بارگیری و اضافه کنید.

-x ماژول رابط کاربری گرافیکی خارجی را غیرفعال کنید.

-B فعال کردن سیگنال استریو خط آبی (برای مک استریو)

-G در حالت بازی شروع کنید.

-M حتی زمانی که استریو سخت افزاری وجود دارد، مونو را مجبور کنید.

-R شنونده XMLRPC Greg Landrum را راه اندازی کنید.

-S در صورت امکان نیرو و راه اندازی به صورت استریو.

-X INT -Y INT -W INT -H INT -V INT
هندسه پنجره را تنظیم کنید

همه فایل ها ارائه شده پس از شروع PyMOL بارگیری یا اجرا می شود. آنها می توانند یکی از آنها را داشته باشند
پسوندهای زیر:

اسکریپت دستور PyMOL .pml برای اجرا در هنگام راه اندازی
برنامه پایتون .py[cm] در هنگام راه اندازی اجرا می شود
فایل با فرمت .pdb Protein Data Bank برای بارگیری در هنگام راه اندازی
قالب .mmod Macromodel برای بارگیری در هنگام راه اندازی
فایل .mol ​​MDL MOL برای بارگیری در هنگام راه اندازی
فایل .sdf MDL SD برای تجزیه و بارگذاری در هنگام راه اندازی
xplor. فایل نقشه X-PLOR (ASCII) در هنگام راه اندازی بارگذاری می شود
فایل نقشه CCP4 .ccp4 (BINARY) برای بارگیری در هنگام راه‌اندازی
cc[12] فایل مختصات دکارتی سه بعدی ChemDraw
.pkl Pickled ChemPy Model (کلاس "chempy.model.indexed")
فایل .r3d Raster3D
فایل CEX .cex (استعاره)
فایل توپولوژی .top AMBER
فایل مختصات AMBER .crd
فایل .rst راه اندازی مجدد AMBER
.trj مسیر AMBER
فایل جلسه .pse PyMOL
.phi دلفی/نقشه پتانسیل الکترواستاتیک Grasp

برای لیستی از گزینه ها، می توانید موارد زیر را نیز در خط فرمان وارد کنید پیمول:

کمک راه اندازی

دستورات

لطفاً به مستندات آنلاین PyMols در مراجعه کنید
http://www.pymolwiki.org/index.php/Category: دستورات یا کمک داخلی آن برای یک فرمان
مرجع.

با استفاده از خدمات onworks.net از pymol به صورت آنلاین استفاده کنید