این دستوری است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
rtax - طبقه‌بندی طبقه‌بندی سریع و دقیق دنباله‌های زوجی کوتاه از
ژن RNA ریبوزومی 16S
خلاصه
مالیات [گزینه] ...
شرح
OPTIONS
-r refd پایگاه داده مرجع در قالب FASTA
-t طبقه بندی فایل طبقه بندی با شناسه های دنباله ای مطابق با پایگاه داده مرجع
-a queryA فایل FASTA حاوی دنباله های پرس و جو (تک پایان یا خوانده شده 1)
-b queryB فایل FASTA حاوی دنباله های پرس و جو (بخوانید، با شناسه های منطبق)
-x پرس و جو متمم معکوس دنباله های A (الزامی است اگر آنها در
حس معکوس)
-y پرس و جوی متمم معکوس توالی های B (الزامی است در صورت ارائه در
حس معکوس)
-i regex عبارت منظم برای انتخاب بخشی از هدر fasta برای استفاده به عنوان استفاده می شود
شناسه دنباله پیش فرض: "(\S+)"
-l پرونده فایل متنی حاوی شناسه های دنباله ای برای پردازش، یکی در هر خط
-d حائل، جداکننده جداکننده که دو خوانده شده را زمانی که در یک فایل ارائه می شود از هم جدا می کند
-m tempdir دایرکتوری موقت با تکمیل موفقیت آمیز حذف خواهد شد، اما به احتمال زیاد
اگر خطایی وجود داشته باشد نه
-f برای دنباله هایی که فقط یک خواندن در دسترس است، به تک پایانی برگردید
طبقه بندی. پیش فرض: این دنباله ها را رها کنید
-g برای دنباله هایی که در آن خواندن بیش از حد عمومی است، به تک نروید
طبقه بندی به پایان رسید پیش فرض: طبقه بندی این دنباله ها فقط بر اساس
دقیق تر بخوانید
-o طبقه بندی ها.خارج
مسیر خروجی
مثال ها
یک مثال شروع سریع را می توان در اینجا یافت:
https://github.com/davidsoergel/rtax/wiki/QuickStart
Rtax همچنین می تواند در داخل استفاده شود QIIME گردش کار، برای اطلاعات بیشتر به این لینک مراجعه کنید:
http://www.qiime.org/tutorials/rtax.html
با استفاده از خدمات onworks.net از rtax آنلاین استفاده کنید
