این دستور samtoh5 است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
samtoh5 - تبدیل فایل SAM به فرمت cmp.h5
خلاصه
samtoh5 in.sam مرجع.fasta out.cmp.h5 [گزینه های]
OPTIONS
in.sam فایل SAM را وارد کنید.
مرجع.fasta
مرجع مورد استفاده برای تولید خواندن.
out.cmp.h5
خروجی فایل cmp.h5.
-smrtTitle
از این گزینه هنگام تبدیل ترازهای تولید شده از خواندن های تولید شده توسط استفاده کنید
pls2fasta(1) از فایل های bas.h5 با تجزیه مختصات خواندن از خواندن SMRT
عنوان. عنوان در قالب است /name/hole/coordinates، جایی که مختصات در آن قرار دارند
فرمت \d+_\d+، و بازه زمانی خوانده شده را نشان می دهد که تراز شده است.
-readType ارزش
نوع خواندن را تنظیم کنید: «استاندارد»، «strobe»، «CCS» یا «cDNA»
- پرحرفی ارزش
پرحرفی دلخواه را تنظیم کنید
-useShortRefName
از نام‌های مرجع اختصاری استفاده کنید file.sam به جای استفاده از نام کامل
از جانب مرجع.fasta.
-copyQVs
تمام QV های موجود در فایل SAM را در فایل cmp.h5 کپی کنید. این شامل چیزهایی می شود
مانند InsertionQV و DeletionTag.
NOTES
از آنجایی که SAM دارای تگ های اختیاری است که در برنامه های مختلف معانی مختلفی دارند، مراقب باشید
استفاده برای داشتن خروجی مناسب مورد نیاز است. تگ "xs" در bwa-sw برای نشان دادن استفاده می شود
امتیاز کمتر از حد مطلوب، اما در PacBio SAM (blasr(1)) به عنوان شروع در پرس و جو تعریف می شود
دنباله ای از هم ترازی چه زمانی -smrtTitle مشخص شده است، تگ xs نادیده گرفته می شود، اما چه زمانی
مشخص نشده است، مختصات داده شده توسط تگ های xs و xe برای تعریف استفاده می شود
فاصله زمانی خواندن که تراز شده است. رشته CIGAR نسبت به این فاصله است.
با استفاده از خدمات onworks.net از samtoh5 به صورت آنلاین استفاده کنید
