این دستور tqs است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
tqs - توالی‌های Solexa-Illumina با کیفیت اصلاح
خلاصه
توالی تریم سولکسا-ایلومینا با استفاده از آستانه های تعریف شده توسط کاربر خوانده می شود.
OPTIONS
-h، --کمک
این پیام راهنما را نشان داده و خارج شوید
-f SEQFILE، --sequence file=SEQFILE
فایل توالی Illumina - فرمت خروجی از 1G Genome Analyzer (_seq.txt):
7 1 255 669
AACCCCCACTCCTACAACGCCATCATTCCCCTCGAC
-q QUALFILE، --qual file=QUALFILE
یک فایل prb حاوی تمام شدت های Illumina، همانطور که توسط 1G خروجی می شود
آنالایزر ژنوم (_prb.txt)
-l MER، --length=MER
طول خواندن دنباله (یعنی تعداد چرخه های توالی، پیش فرض = 36)
-t THRESHOLD، --threshold=THRESHOLD
مقدار آستانه شدت پایه (40- تا 40، پیش فرض = 5)
-d DIFF، --difference=DIFF
تفاوت شدت پایه بین شدت برتر و دوم بهترین (1 تا 80،
پیش فرض = 5)
-c CONSEC، --consec=CONSEC
حداقل تعداد پایه های متوالی که از مقادیر آستانه عبور می کنند (پیش فرض = 20)
-v، -- پرحرف
در حالت Verbose اجرا می شود.
از tqs به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
