tricensus-mpi - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

tricensus-mpi - یک سرشماری مثلثی را بین چندین ماشین با استفاده از MPI توزیع کنید

خلاصه

tricensus-mpi [ -دی، --عمق=سطح ] [ -ایکس، --dryrun ] [ -2، -- dim2 ] [ -و ، -- جهت گیری |
-n، --غیر قابل جهت گیری ] [ -f، --محدود، فانی | -د، --ایده آل ] [ -m، -- حداقل | -M، --minprime |
-ن، --minprimep2 | -h، --minhyp ] [ -s ، --sigs ] جفت فایل خروجی-فایل-پیشوند

شرح

به چندین فرآیند، که احتمالاً روی خوشه‌ای از ماشین‌های مختلف اجرا می‌شوند، اجازه می‌دهد
در تشکیل سرشماری از مثلث های 3 یا 2 چندگانه همکاری کنید. هماهنگی
از طریق MPI (رابط عبور پیام) انجام می شود و کل سرشماری به صورت a اجرا می شود
تک کار MPI این برنامه برای خوشه های با کارایی بالا مناسب است.

رفتار پیش فرض برشمردن مثلث های 3 چندگانه است. اگر می خواهید برشمارید
مثلث های 2 منیفولد در عوض، باید پاس کنید -- dim2.

برای تهیه سرشماری برای توزیع بین چندین فرآیند یا ماشین، سرشماری
باید به قطعات کوچکتر تقسیم شود. در حال دویدن سه سرشماری با گزینه --جفت ژن (که است
بسیار سریع) فهرستی از جفت‌های صورت ایجاد می‌کند که هر کدام باید برای تجزیه و تحلیل شوند
سرشماری را کامل کنید

فهرست کامل جفت‌های صورت باید در یک فایل ذخیره شود که در آن ارسال می‌شود
خط فرمان به عنوان جفت فایل. این فایل باید شامل یک جفت چهره در هر خط و هر یک از آنها باشد
این جفت‌های صورت باید به شکل متعارف باشند (یعنی باید حداقل نماینده آن باشند
کلاس ایزومورفیسم آن). جفت‌های صورت ایجاد شده توسط سه سرشماری --جفت ژن هستند
تضمین می شود که این شرایط را برآورده کند.

La tricensus-mpi ابزار دارای دو حالت کار است: حالت پیش فرض و حالت جستجوی فرعی.
اینها به طور جداگانه تحت حالت های عملکرد زیر توضیح داده شده اند.

در هر دو حالت، یک فرآیند MPI به عنوان کنترل کننده عمل می کند و فرآیندهای باقی مانده همگی عمل می کنند
به عنوان برده کنترل‌کننده فهرست جفت‌های چهره را از آن می‌خواند جفت فایل، a را می سازد
مجموعه ای از وظایف بر اساس آنها، و مزرعه این وظایف به بردگان برای پردازش.
هر slave یک کار را در یک زمان پردازش می کند، و از کنترل کننده برای یک کار جدید در زمانی که انجام می شود می خواهد
با قبلی تمام شد

در پایان هر کار، اگر مثلثی پیدا شد، برده مسئول این کار را انجام خواهد داد
این مثلث ها را در یک فایل خروجی ذخیره کنید. فایل خروجی دارای نام فرم خواهد بود
output-file-prefix_p.rga در حالت پیش فرض یا output-file-prefix_p-s.rga در حالت جستجوی فرعی
اینجا خروجی-فایل-پیشوند در خط فرمان منتقل می شود، p تعداد جفت صورت است
در حال پردازش، و s تعداد جستجوی فرعی در آن جفت چهره است (هر دو صورت
جفت ها و جستجوهای فرعی از 1 به بالا شماره گذاری می شوند). اگر مثلثی پیدا نشد
سپس Slave اصلاً هیچ فایل خروجی نمی نویسد.

فرآیندهای کنترل کننده و برده همه یکسان هستند tricensus-mpi گزینه ها (به استثنای MPI-
گزینه های خاص، که عموماً توسط یک برنامه پوشش دهنده MPI مانند mpirun or
mpiexec). نقش های مختلف فرآیندها صرفاً توسط فرآیند MPI آنها تعیین می شود
رتبه (کنترل کننده همیشه فرآیند با رتبه 0 است). بنابراین باید امکان پذیر باشد
برای شروع تمام فرآیندهای MPI با اجرای یک فرمان، همانطور که در مثال ها نشان داده شده است
زیر کلیک کنید.

همانطور که سرشماری پیشرفت می کند، کنترل کننده گزارش دقیقی از فعالیت های هر برده نگه می دارد.
از جمله اینکه هر کار برده چقدر طول کشیده است و چند مثلث پیدا شده است.
این گزارش در فایل نوشته می شود output-file-prefix.log. ابزار tricensus-mpi-status
می‌تواند این گزارش را تجزیه کند و خلاصه‌ای کوتاه‌تر و قابل خواندن برای انسان تولید کند.

مهم: است خیلی توصیه می شود که از آن استفاده می کنید --sigs گزینه. این حفظ خواهد شد
فایل های خروجی کوچک است و به طور قابل توجهی ردپای حافظه را کاهش می دهد
tricensus-mpi خود.

حالت ها OF عمل

همانطور که در بالا توضیح داده شد، دو حالت اصلی کار وجود دارد. اینها حالت پیش فرض هستند (استفاده می شود
چه زمانی --عمق تصویب نشده است)، و حالت جستجوی فرعی (از زمانی که استفاده می شود --عمق تصویب شده است).

· که در به طور پیش فرض حالت، کنترل کننده به سادگی لیست جفت های چهره را می خواند و هر کدام را می دهد
جفت شدن به یک برده برای پردازش، یکی پس از دیگری.

· که در جستجوی فرعی حالت، کار بیشتری به کنترلر داده می شود و وظایف برده می شود
کوتاه تر در اینجا کنترلر جفت شدن یک چهره را در یک زمان می خواند و پردازش را شروع می کند
که جفت شدن صورت یک عمق ثابت در استدلال ارائه شده است --عمق; هر بار که
در درخت جستجو به عمق می رسد، جستجوی فرعی از آن نقطه به بعد به عنوان یک وظیفه داده می شود
به برده بیکار بعدی در همین حال، کنترلر به عقب برمی گردد (مثل اینکه جستجوی فرعی
به پایان رسیده بود) و ادامه می دهد، جستجوی فرعی بعدی را زمانی که عمق داده شده است انجام می دهد
دوباره رسید و غیره.

حالت ها را می توان به صورت زیر تجسم کرد. برای هر جفت صورت، موارد مربوطه را در نظر بگیرید
جستجوی بازگشتی به عنوان یک درخت جستجوی بزرگ. در حالت پیش فرض، کل درخت در پردازش می شود
یک بار به عنوان یک وظیفه برده واحد. در حالت جستجوی فرعی، هر زیردرختی که در عمق داده شده ریشه دارد، است
پردازش به عنوان یک وظیفه برده جداگانه (و تمام پردازش بین ریشه و داده شده
عمق توسط کنترلر انجام می شود).

تفاوت اصلی بین حالت های مختلف عملکرد، طول برد است
وظایفی که می توانند اثرات مختلفی داشته باشند.

· در حالت پیش فرض وظایف برده بسیار طولانی است. این بدان معنی است که موازی سازی می تواند
در پایان سرشماری بسیار فقیر می شوند، با برخی از بردگان که برای مدت طولانی بیکار می نشینند
زمانی که منتظر بمانند تا بردگان به پایان برسند.

· با رفتن به حالت جستجوی فرعی با افزایش عمق، وظایف Slave کوتاه تر می شوند و
زمان پایان بردها به هم نزدیکتر خواهد شد (در نتیجه از برده بیکار اجتناب می شود
ناکارآمدی که در بالا توضیح داده شد). علاوه بر این، با یک جستجوی فرعی دقیق تر، پیشرفت می کند
اطلاعات ذخیره شده در گزارش با جزئیات بیشتری همراه خواهد بود و تصور بهتری از مدت زمان ارائه می دهد
سرشماری باید انجام شود از سوی دیگر، کار بیشتری به سمت فرآیند تک سوق داده می شود
کنترل کننده (در صورتی که عمق بیش از حد زیاد باشد، در حالی که برده ها اکنون بیکار نشسته اند، خطر ایجاد گلوگاه وجود دارد.
همانطور که آنها منتظر وظایف جدید هستند). به علاوه سربار MPI بیشتر است و تعداد
فایل های خروجی می توانند بسیار بزرگ شوند.

در پایان، آزمایش بهترین راه برای تصمیم گیری در مورد اجرا در حالت جستجوی فرعی و
در چه عمقی از گزینه آگاه باشید --dryrun، که می تواند یک نمای کلی از
فضای جستجو (و به طور خاص، نشان دهید که برای هر چهره چند جستجوی فرعی لازم است
جفت شدن در هر عمق معین).

OPTIONS

گزینه های سرشماری پذیرفته شده توسط tricensus-mpi با گزینه های یکسان هستند سه سرشماری
مشاهده سه سرشماری مرجع برای جزئیات

برخی از گزینه ها از سه سرشماری در اینجا در دسترس نیستند (به عنوان مثال، چهار وجهی و مرز
گزینه ها)، از آنجایی که این موارد باید زودتر در هنگام ایجاد لیست اولیه چهره ارائه شوند
جفت شدن

گزینه های جدید ویژه ای وجود دارد tricensus-mpi، که به شرح زیر است.

-دی، --عمق=سطح
نشان می دهد که باید از حالت جستجوی فرعی (به جای حالت پیش فرض) استفاده شود. را
استدلال سطح مشخص می کند که پردازش درخت جستجو در چه عمقی باید عبور کند
از کنترل کننده به یک وظیفه برده جدید.

عمق داده شده باید کاملاً مثبت باشد (دویدن در عمق صفر معادل است
در حال اجرا در حالت پیش فرض).

برای اطلاعات بیشتر و همچنین نکات، بخش حالت های عملکرد بالا را ببینید
در انتخاب یک ارزش خوب برای سطح.

-ایکس، --dryrun
مشخص می کند که به جای سرشماری کامل، باید یک اجرای سریع خشک انجام شود.

در یک اجرای خشک، هر بار که یک برده کاری را می پذیرد، بلافاصله آن را به عنوان علامت گذاری می کند
بدون مثلثی یافت نشد. رفتار کنترل کننده باقی می ماند
بدون تغییر

نتیجه یک سرشماری خالی خواهد بود. مزیت اجرای خشک فایل لاگ آن است
تولید می کند، که دقیقاً نشان می دهد که جفت صورت به چه صورت تقسیم می شود
جستجوهای فرعی در یک سرشماری واقعی به طور خاص، فایل log نشان می دهد که چه تعداد
جستجوهای فرعی هر جفت چهره تولید می کند (ابزار tricensus-mpi-status می تواند کمک به
این اطلاعات را از لاگ استخراج کنید).

در اعماق جستجوی فرعی کوچک، اجرای خشک باید بسیار سریع باشد. به عنوان عمق
افزایش می یابد، با این حال، به دلیل کار اضافی انجام شده، اجرای خشک کندتر می شود
کنترل کننده

این گزینه فقط در حالت جستجوی فرعی مفید است (در حالت پیش فرض قابل استفاده است، اما
نتایج جالب نیست). به بخش حالت های عملیات در بالا مراجعه کنید
جزئیات بیشتر.

مثال ها

فرض کنید می‌خواهیم یک سرشماری از تمام 6 چهار وجهی بسته غیر جهت‌گیر تشکیل دهیم
مثلث‌سازی‌ها، بهینه‌سازی‌شده برای مثلث‌سازی‌های اولیه حداقل P2 غیر قابل تقلیل (بنابراین برخی غیر
مثلث های اول، غیر حداقل یا غیر P2 تقلیل ناپذیر ممکن است حذف شوند).

ما با استفاده شروع می کنیم سه سرشماری برای ایجاد یک لیست کامل از جفت صورت.

مثال$ سه سرشماری --جفت ژن -t 6 -i > 6. جفت
مجموع جفت صورت: 97
مثال$

اکنون استفاده می کنیم tricensus-mpi برای اجرای سرشماری توزیع شده یک برنامه wrapper مانند mpirun
or mpiexec به طور کلی می توان برای شروع فرآیندهای MPI استفاده کرد، اگرچه این بستگی به شما دارد
پیاده سازی خاص MPI دستور زیر یک سرشماری توزیع شده در 10 را اجرا می کند
پردازنده هایی که از پیاده سازی MPICH MPI استفاده می کنند.

مثال$ mpirun -np 10 /usr/bin/tricensus-mpi -Nnf 6. جفت 6-شمال
مثال$

وضعیت فعلی پردازش در گزارش کنترلر نگهداری می شود 6-nor.log. می توانید تماشا کنید
این ورود به سیستم با کمک tricensus-mpi-status.

مثال$ tricensus-mpi-status 6-nor.log
جفت شدن 1: انجام شد، 0 پیدا شد
...
جفت شدن 85: انجام شد، 0 پیدا شد
جفت شدن 86: انجام شد، 7 پیدا شد
جفت 87: دویدن
جفت 88: دویدن
هنوز در حال اجرا است، 15 مورد پیدا شد، آخرین فعالیت: چهارشنبه 10 ژوئن 05:57:34 2009
مثال$

پس از پایان سرشماری، مثلث های حاصل در فایل هایی مانند ذخیره می شوند
6-nor_8.rga, 6-nor_86.rga و الی آخر.

سیستم عامل مک X و WINDOWS کاربران

این ابزار همراه با بسته برنامه کشیدن و رها کردن برای آن ارسال نمی شود از MacOS X یا با
ویندوز نصاب.

با استفاده از خدمات onworks.net از tricensus-mpi به صورت آنلاین استفاده کنید