vcf-contrast - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

vcf-contrast - تفاوت‌ها را بین نمونه‌ها پیدا می‌کند

خلاصه

vcf-contrast + - [OPTIONS] file.vcf.gz

شرح

درباره: تفاوت‌ها را بین نمونه‌هایی که حاشیه‌نویسی NOVEL* را به قسمت INFO اضافه می‌کنند، پیدا می‌کند.

OPTIONS

+
فهرست نمونه هایی که در آن گونه منحصر به فرد مورد انتظار است

-
لیست نمونه های پس زمینه

-d, --min-DP
حداقل عمق در همه - نمونه ها

-f, - اعمال فیلترها
رد شدن از سایت‌های دارای ستون FILTER متفاوت از PASS یا "."

-n, ---سایت های رمان
فقط سوابق را با ژنوتیپ های جدید چاپ کنید

-h، -؟ --کمک
این پیام کمکی

مثال:
# آزمایش کنید که آیا هر یک از نمونه های A، B با تمام C، D، E vcf-contrast + A، B متفاوت است یا خیر.
-C,D,E -m file.vcf.gz

# مانند بالا، اما فقط سایت هایی با انواع جدید و خروجی جدول چاپ می شود
vcf-contrast -n +A،B -C,D,E -m file.vcf.gz | vcf-query -f '%CHROM
%POS\t%INFO/NOVELTY\t%INFO/NOVELAL\t%INFO/NOVELGT[\t%SAMPLE %GTR %PL]\n'

# شبیه به بالا اما به حداقل کیفیت نقشه برداری 20 vcf-annotate نیاز دارید -f
MinMQ=20 file.vcf.gz | vcf-contrast +A,B,C -D,E,F -f

با استفاده از خدمات onworks.net به صورت آنلاین از vcf-contrast استفاده کنید