این دستور vina است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
vina - اتصال مولکول های کوچک در برابر پروتئین ها
شرح
ورودی:
-- گیرنده ارگ
بخش سفت و سخت گیرنده (PDBQT)
-- فلکس ارگ
زنجیره های جانبی انعطاف پذیر، در صورت وجود (PDBQT)
-- لیگاند ارگ
لیگاند (PDBQT)
جستجو فضا (ضروری):
--center_x ارگ
مختصات X مرکز
--center_y ارگ
مختصات Y مرکز
--center_z ارگ
مختصات Z مرکز
--size_x ارگ
اندازه در بعد X (Angstroms)
--size_y ارگ
اندازه در بعد Y (Angstroms)
--size_z ارگ
اندازه در بعد Z (Angstroms)
تولید (اختیاری):
-- خارج ارگ
مدل های خروجی (PDBQT)، پیش فرض بر اساس نام فایل لیگاند انتخاب می شود
-- ثبت نام ارگ
به صورت اختیاری، فایل گزارش را بنویسید
متفرقه (اختیاری):
--cpu ارگ
تعداد CPU های مورد استفاده (پیش فرض این است که سعی کنید تعداد CPU ها را شناسایی کنید یا
در صورت عدم موفقیت، از 1 استفاده کنید)
-- دانه ارگ
بذر تصادفی صریح
- جامع بودن arg (=8) جامع بودن جستجوی جهانی (تقریبا
متناسب با زمان): 1+
--num_modes arg (=9)
حداکثر تعداد حالت های اتصال برای تولید
- محدوده_انرژی arg (=3)
حداکثر اختلاف انرژی بین بهترین حالت اتصال و بدترین حالت نمایش داده شده
(کیلو کالری/مول)
پیکر بندی پرونده (اختیاری):
- پیکربندی ارگ
گزینه های بالا را می توان در اینجا قرار داد
اطلاعات (اختیاری):
--کمک نمایش خلاصه استفاده
--help_advanced
نمایش خلاصه استفاده با گزینه های پیشرفته
- نسخه
نمایش نسخه برنامه
با استفاده از خدمات onworks.net از vina آنلاین استفاده کنید
