این دستور WigeoN است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
wigeon - پیاده سازی مجدد ابزار تشخیص ناهنجاری DNA Pintail 16S
شرح
WigeoN حفظ توالی بین یک پرس و جو و یک مرجع قابل اعتماد را بررسی می کند
دنباله، هر دو در قالب تراز NAST. بر اساس هویت توالی بین پرس و جو
و توالی مرجع، مقدار مورد انتظاری از تنوع در بین تراز وجود دارد.
اگر تغییرات مشاهده شده بیشتر از کمیت 95 درصد توزیع باشد
تنوع مشاهده شده بین توالی های غیرعادی، سپس به عنوان یک ناهنجاری علامت گذاری می شود.
WigeoN یک پیاده سازی مجدد مبتنی بر خط فرمان انعطاف پذیر از الگوریتم Pintail Appl است.
میکروبیول محیطی دسامبر 2005؛ 7112: 7724-36.
WigeoN برای پرچمگذاری وایها و ناهنجاریها فقط در 16S rRNA تقریبا تمامقد مفید است.
دنباله ها WigeoN با توالی های کمتر از 1000 جفت باز حساسیت ندارد.
برای اجرای WigeoN، به دنباله هایی با فرمت NAST نیاز دارید که توسط ابزار nast-ier تولید می شوند.
WigeoN بخشی از مجموعه microbiomeutil است.
OPTIONS
ضروری:
--query_NAST
فایل چند فاستا حاوی دنباله های پرس و جو در قالب تراز
اختیاری:
--db_NAST
db با فرمت NAST
--db_FASTA
db با فرمت fasta (فرمت مگابلاست)
--num_top_hits
پیش فرض 1: فقط از بهترین تطابق استفاده می کند.
--طرح
-- اشکال زدایی
--exec_dir
cd به exec_dir قبل از اجرا
با استفاده از خدمات onworks.net از WigeoN به صورت آنلاین استفاده کنید