این برنامه لینوکس با نام EXCAVATOR-tool برای اجرای آنلاین در لینوکس است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه به نام EXCAVATOR-tool را به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید تا بصورت آنلاین و رایگان در لینوکس با OnWorks اجرا شود.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
EXCAVATOR-ابزاری برای اجرای آنلاین در لینوکس
شرح
توجه!!!!!توجه!!!!!توجه!!!!!توجه!!!!!ما اخیراً در BMC Genomics یک بسته نرم افزاری جدید به نام XCAVATOR برای شناسایی CNVs/CNA ها از آزمایش های توالی یابی کل ژنوم با خواندن کوتاه و طولانی منتشر کردیم.https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR به صورت رایگان در دسترس است http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR یک بسته نرم افزاری جدید برای تشخیص انواع شماره کپی (CNVs) از داده های توالی یابی کل اگزوم است.
EXCAVATOR در Genome Biology منتشر شده است (http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
#####################
توجه!!!!! برای استفاده صحیح از ابزار EXCAVATOR، کاربران باید فایلهای منحصربهفرد mappability را از لینک زیر دانلود کنند:
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (برای hg19)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
امکانات
- توالی نسل بعدی
- انواع کپی شماره
- توالی یابی کل اگزوم
زبان برنامه نویسی
پرل
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/excavatortool/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.