این برنامه لینوکس به نام ForceGen است که آخرین نسخه آن را می توان با نام ForceGenV0.4.jar دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام ForceGen را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
فورس جن
شرح
لطفا استناد کنید:ForceGen: مشتق ثابت پیوند کووالانسی اتمی برای Gromacs. Nash A، Collier T، Birch HL، de Leeuw NH. مجله مدلسازی مولکولی (2018)، (24)5. DOI: 10.1007/s00894-017-3530-6
فیلم آموزشی:
https://youtu.be/fQVXv8Ge_tg
این جار اجرایی جاوا، ثابت‌های نیروی پیوند مرتبه دوم را برای کشش پیوند و زاویه پیوند از محاسبات گاوسی مکانیک کوانتومی استخراج می‌کند. محاسبات با خانواده میدان نیروی Amber یا هر میدان نیرویی که از تانسور مرتبه دوم Hessian از قطعات مولکولی مشتق شده است سازگار است. خروجی با قالب توپولوژی Gromacs سازگار است.
نمونه هایی از استفاده شامل استخراج ثابت های نیروی پیوند و مقادیر تعادل برای:
-فلزات پیوندی در سایت های فعال پروتئینی
-اسیدهای آمینه اصلاح شده
-مولکول های کوچک/مولکول های دارو
با دنبال کردن پیوند "مرور همه فایل ها" می توانید فایل های فشرده ای از نمونه ها را پیدا کنید.
نوشته شده توسط دکتر آنتونی نش (آکسفورد)
با حمایت دکتر توماس کولیر، پروفسور هلن برچ و
امکانات
- اشتقاق ثابت نیروی کشش پیوند
- مشتق ثابت نیروی زاویه پیوند
- سازگاری با توپولوژی Gromacs
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/forcegen/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
