kSNP برای اجرا در لینوکس دانلود آنلاین برای لینوکس

این برنامه لینوکس به نام kSNP برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان kSNP3.1_Linux_package.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.

kSNP برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین

شرح

kSNP SNP های پان ژنوم را در مجموعه ای از توالی های ژنومی شناسایی می کند و درختان فیلوژنتیک را بر اساس آن SNP ها تخمین می زند. کشف SNP بر اساس تجزیه و تحلیل k-mer است و نیازی به تراز چند توالی یا انتخاب ژنوم مرجع ندارد، بنابراین kSNP می‌تواند ۱۰۰ ژنوم میکروبی را به عنوان ورودی دریافت کند. یک مکان SNP توسط یک الیگو به طول k که یک آلل مرکزی SNP را احاطه کرده است، تعریف می شود. kSNP می‌تواند هم ژنوم‌های کامل (تمام) و هم ژنوم‌های ناتمام را در کانتیگ‌های مونتاژ شده یا خواندن‌های خام و نامشخص تجزیه و تحلیل کند. ژنوم های تمام شده و ناتمام را می توان با هم تجزیه و تحلیل کرد، و kSNP می تواند به طور خودکار فایل های Genbank ژنوم های تمام شده را دانلود کند و اطلاعات موجود در آن فایل ها را در حاشیه نویسی SNP بگنجاند.
گاردنر، SN و هال، BG 2013. زمانی که ترازهای کل ژنوم کار نمی کنند: نرم افزار kSNP v2 برای کشف SNP بدون تراز و فیلوژنتیک صدها ژنوم میکروبی. PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760

این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/ksnp/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.