این برنامه لینوکس به نام Molecular Dynamics Studio است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان WindowsRelease.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام Molecular Dynamics Studio را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
استودیو دینامیک مولکولی
شرح
این مجموعه ای از تغییرات نرم افزاری است که برای ادغام NanoEngineer-1، PACKMOL و MSI2LMP به منظور ایجاد آسان سلول های دینامیک مولکولی ایجاد شده است. NanoEngineer-1 یک نرم افزار CAD مولکولی است که توسط Nanorex نوشته شده است و راه آسانی را برای ایجاد مولکول در اختیار کاربر قرار می دهد، در حالی که تغییرات نرم افزاری به کاربر اجازه می دهد تا اتم ها را با استفاده از میدان های نیروی متعدد تایپ کند. PACKMOL می‌تواند مجموعه‌ای تصادفی از مولکول‌ها را با استفاده از قالب‌های مولکولی NanoEngineer-1 تولید کند و در نتیجه سلول MD اولیه را فراهم کند. تغییرات PACKMOL اجازه می دهد تا داده های نوع اتم به نرم افزار MSI2LMP منتقل شوند. MSI2LMP یک فایل ورودی LAMMPS بر اساس فیلدهای نیروی کلاس I یا کلاس II ایجاد می کند. MSI2LMP برای استفاده از داده های میدان نیروی کدگذاری شده عددی ایجاد شده توسط NanoEngineer-1 اصلاح شد. فرمت فایل MMP توسعه یافته و در هر سه برنامه نرم افزاری ادغام شد.
http://www.nanoengineer-1.net
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
http://lammps.sandia.gov/
امکانات
- قابلیت CAD مولکولی از طریق NanoEngineer-1
- اتم ها را به صورت دستی بر اساس میدان نیروی اتمی CFF91 تایپ کنید
- با استفاده از NanoEngineer-1 الگوهای مولکولی ایجاد کنید
- یک سلول MD با استفاده از PACKMOL و الگوهای چند مولکولی تولید کنید
- با استفاده از MSI2LMP یک فایل ورودی LAMMPS Geometry ایجاد کنید
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
OpenGL، Qt
زبان برنامه نویسی
Fortran، Python، C++، C
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/moleculardynami/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
