این برنامه لینوکس با نام Protospacer Workbench است که آخرین نسخه آن را می توان با نام Protospacer_Workbench.MacOSX.64bit.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام Protospacer Workbench را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
میز کار Protospacer
شرح
Protospacer Workbench به طراحی، تجزیه و تحلیل و اشتراک‌گذاری سایتهای هدف CRISPR برای هر موجود زنده یا مجموعه‌ای از توالی‌های فرمت‌شده FASTA کمک می‌کند.طراحی RNA های راهنما برای سیستم ویرایش ژنوم CRISPR/Cas به طور مستقیم آسان است، اما از نظر محاسباتی دشوار است. مشکل اصلی از نیاز به شناسایی اهداف بالقوه ای ناشی می شود که ممکن است کاملاً با هدف مورد نظر متفاوت باشند. ابزارهای آنلاین فعلی برای طراحی راهنمای RNA یک رابط کاربر پسند برای نرم افزارهای نقشه برداری توالی مانند Bowtie یا BLAST فراهم می کنند. با این حال، اگرچه سریع، این الگوریتم‌های نگاشت با تحمل بالایی در برابر خطا طراحی نشده‌اند، که این ویژگی برای تعیین اهداف بالقوه ضروری است. جایی که ابزارهای آنلاین شکست می‌خورند، ابزارهای آفلاین موفق می‌شوند. با این حال، ابزارهای آفلاین به دانش خط فرمان نیاز دارند که تعداد کمی از کسانی که از CRISPR استفاده می کنند، آن را دارند. Protospacer Workbench با هدف پر کردن شکاف بین طراحی راهنمای RNA آنلاین و آفلاین است. این نرم افزار در حال حاضر برای OS X در دسترس است و به زودی به سایر سیستم عامل ها منتقل می شود.
امکانات
- همه اهداف CRISPR موجود را به سرعت پیدا کنید
- طراحی های راهنمای RNA را به طور کامل ارزیابی کنید
- اهداف و لیست های راهنمای RNA را به اشتراک بگذارید
- طراحی برای هر موجودی
- چندین پایگاه داده را مدیریت کنید
- گردش کار گام به گام
- دریافت گزارش در مورد عملکرد راهنمای-RNA مورد انتظار
- از چندین ابزار شخص ثالث از یک رابط استفاده کنید
- طراحی چند هدف
- لیست های بزرگ هدف/راهنمای RNA را مدیریت کنید
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/protospacerwb/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
