این برنامه لینوکس به نام Subread است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان subread-2.0.4-Windows-x86_64.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام Subread را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
زیرخواندن
Ad
شرح
بسته نرم افزاری Subread یک کیت ابزار برای پردازش داده های توالی نسل بعدی است. این شامل تراز Subread، آشکارساز اتصال اگزون-اگزون Subjunc و برنامه خلاصه‌سازی خواندن featureCounts است.
هم‌سطح Subread را می‌توان برای تراز خواندن gDNA-seq و RNA-seq استفاده کرد. تراز Subjunc برای تشخیص اتصال اگزون-اگزون طراحی شده است. برای نگاشت خواندن های RNA-seq، Subread ترازهای محلی و Subjunc ترازهای سراسری را انجام می دهد. Subread و Subjunc در مقاله زیر منتشر شدند: Yang Liao، Gordon K Smyth و Wei Shi. "تراز کننده Subread: نقشه برداری خواندن سریع، دقیق و مقیاس پذیر توسط دانه و رای"، تحقیقات اسیدهای نوکلئیک، 2013، 41(10):e108
امکانات
- تراز را بخوانید
- توالی نسل بعدی
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
خط فرمان
زبان برنامه نویسی
C
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/subread/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
