این برنامه لینوکس با نام Swift Sequence Alignment Program است که آخرین نسخه آن را می توان با نام swift-0.11.2.tgz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه را با نام Swift Sequence Alignment Program با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
برنامه هم ترازی توالی سوئیفت
شرح
Swift یک برنامه هم ترازی توالی DNA است که با استفاده از الگوریتم اسمیت-واترمن، تراز شکافی را ایجاد می کند. یک فایل پرس و جو (فرمت FASTA) و یک فایل مرجع (فرمت FASTA) به عنوان ورودی می گیرد. نام مرجع، نام خوانده شده، تراز با شکاف، امتیاز تراز، موقعیت های شروع و پایان تراز، و طول تراز را خروجی می دهد.
من در کنفرانس فناوری GPU 2012 در مورد سوئیفت سخنرانی کردم. http://www.gputechconf.com/gtcnew/on-demand-GTC.php?sessionTopic=58&searchByKeyword=&submit=&select=+&sessionEvent=&sessionYear=&sessionFormat=#1303.
برای نصب و اجرای سوئیفت، لطفاً به صفحه ویکی مراجعه کنید: http://sourceforge.net/p/swiftseqaligner/wiki/Home/
اگر برای نصب یا اجرای Swift به کمک بیشتری نیاز دارید، لطفاً با Pankaj Gupta در تماس باشید [ایمیل محافظت شده].
امکانات
- با استفاده از الگوریتم اسمیت-واترمن، هم ترازی شکاف را تولید می کند
- الگوریتم اسمیت واترمن روی GPU (واحد پردازش گرافیکی) اجرا می شود
- یک فایل خوانده شده (فرمت FASTA) و یک فایل مرجع (فرمت FASTA) را به عنوان ورودی می پذیرد
- خروجی نام مرجع، نام خوانده شده، تراز با شکاف، امتیاز تراز، موقعیت شروع و پایان تراز، و طول تراز
- پشتیبانی از خواندن Illumina (طول ثابت)
- مورد نیاز: سیستم عامل لینوکس؛ حافظه سیستم 4 گیگابایت؛ کارت گرافیک با قابلیت CUDA; جعبه ابزار CUDA 4.2+; 6 گیگابایت حافظه جهانی; 49 کیلوبایت حافظه مشترک
مخاطبان
علم/تحقیق
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/swiftseqaligner/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
