این برنامه لینوکس با نام UniPyRange برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان با نام UniPyRangeSuite.py دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام UniPyRange را به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید تا به صورت آنلاین با OnWorks در لینوکس اجرا شود.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
UniPyRange برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین
شرح
اسکریپت پایتون بسیار ساده که شما را از دردسرهای شمارش اسیدهای آمینه/بازهای DNA در فایل های fasta از پایگاه داده Uniprot و NCBI RefSeq نجات می دهد (1، 2).فرض کنید دنباله آمینو اسیدی در محدوده 128-387 را از یک پروتئین 1000 اسید آمینه می خواهید - این اسکریپت به شما کمک می کند تا با نشان دادن توالی مشخص شده در اسیدهای آمینه و کدگذاری جفت های باز DNA (ایده آل برای طراحی پرایمر تقویت کننده) از شمارش اشتباهات جلوگیری کنید. ) یک شناسه Uniprot مشخص شده.
- به BioPython (3) و Bioservices Package (4) نیاز دارد
(1)
کنسرسیوم UniProt
UniProt: مرکزی برای اطلاعات پروتئین
Nucleic Acids Res. 43: D204-D212 (2015).
(2)
RefSeq: به روز رسانی در توالی های مرجع پستانداران. Nucleic Acids Res. 2014 ژانویه 1؛ 42 (1): D756-63.
(3)
Cock PJ و همکاران بیوانفورماتیک (2009)
(4)
Cokelaer و همکاران، بیوانفورماتیک (2013)
زبان برنامه نویسی
پــایتــون
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/unipyrange/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.