دانلود تجسم نمودارهای پروتئین لیگاند برای لینوکس

این برنامه لینوکس با نام Visualization of Protein-Ligand Graphs است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان vplg_2016_07_18.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.

عکس ها

تجسم نمودارهای پروتئین لیگاند

شرح

بسته نرم افزاری Visualization of Protein-Ligand Graphs (VPLG) نمودارهای پروتئین را محاسبه و تجسم می کند. در سطح ساختار فوق ثانویه کار می کند و از مختصات اتم فایل های PDB و تخصیص SSE الگوریتم DSSP استفاده می کند.

VPLG نرم افزار خط فرمان است. اگر دستورات تایپ را دوست ندارید، وب سرور PTGL ما را امتحان کنید: http://ptgl.uni-frankfurt.de/

امکانات

• خواندن داده های اتم سه بعدی از فایل های PDB و تخصیص ساختار ثانویه از فایل های DSSP
• نمودار پروتئین لیگاند را از داده ها محاسبه می کند و نمودار را تجسم می کند
• پشتیبانی از خروجی تصاویر نمودار در قالب‌های بیت مپ (png.) و برداری (svg.)
• نمودارهای پروتئین لیگاند را در یک فایل متنی ساده در قالب خود (plg.) صادر می کند که ویرایش، تجزیه و تولید آن با یک برنامه کامپیوتری و همچنین در تعدادی از فرمت های استاندارد فایل گراف آسان است.
• می تواند نمودارهای پروتئینی را از فایل های plg. بخواند و مستقیماً تجسم کند
• نرم افزار منبع باز رایگان (FOSS)
• پشتیبانی از پایگاه داده (کاملا اختیاری، بدون نیاز به سرور پایگاه داده به طور پیش فرض)
• رابط خط فرمان امکان پردازش دسته ای آسان از طریق اسکریپت های پوسته را فراهم می کند
• اجازه می دهد تا لیگاندها را با شماره اتمی فیلتر کنند
• رابط کاربری گرافیکی جدید نوشته شده در جاوا، دیگر نیازی به تایپ دستورات کنسول نیست!
• نرم افزاری که سرور وب PTGL را تامین می کند: http://ptgl.uni-frankfurt.de/

مخاطبان

علم/تحقیق، آموزش، کاربران نهایی پیشرفته

رابط کاربری

جاوا Swing، کنسول/ترمینال، خط فرمان

زبان برنامه نویسی

جاوه

محیط پایگاه داده

JDBC

دسته بندی ها

این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/vplg/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.