این برنامه ویندوز با نام CRISPR-offinder-v1-2 است که آخرین نسخه آن را می توان با نام CRISPR-offinder-1.2.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام CRISPR-offinder-v1-2 را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. هر شبیه ساز آنلاین OS OnWorks را از این وب سایت راه اندازی کنید، اما شبیه ساز آنلاین ویندوز بهتر است.
- 5. از OnWorks Windows OS که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. برنامه را دانلود و نصب کنید.
- 7. Wine را از مخازن نرم افزار توزیع لینوکس خود دانلود کنید. پس از نصب، می توانید روی برنامه دوبار کلیک کنید تا آنها را با Wine اجرا کنید. همچنین می توانید PlayOnLinux را امتحان کنید، یک رابط کاربری فانتزی بر روی Wine که به شما کمک می کند برنامه ها و بازی های محبوب ویندوز را نصب کنید.
Wine راهی برای اجرای نرم افزار ویندوز بر روی لینوکس است، اما بدون نیاز به ویندوز. Wine یک لایه سازگار با ویندوز منبع باز است که می تواند برنامه های ویندوز را مستقیماً بر روی هر دسکتاپ لینوکس اجرا کند. اساساً، Wine در تلاش است تا به اندازه کافی از ویندوز را از ابتدا مجدداً پیاده سازی کند تا بتواند همه آن برنامه های ویندوز را بدون نیاز به ویندوز اجرا کند.
عکس ها
Ad
CRISPR-offinder-v1-2
شرح
سیستم CRISPR/Cas بدون شک پتانسیل بالایی برای ویرایش ژنوم دارد. برش سایت هدف توسط فناوری CRISPR به یک موتیف مجاور فضاپیمای اولیه (PAM) بلافاصله در پایین یا بالادست عنصر پروتوسپیسر که sgRNA به آن متصل می‌شود، نیاز دارد. با این حال، Cas9 از انواع مختلف باکتری ها یا انواع مختلف توالی های مختلف PAM را تشخیص می دهد. برای رفع نیازهای سیستم های مختلف CRISPR با طراحی sgRNA خاص و کارآمد، CRISPR-offinder توسعه داده شد.
با توجه به یک فایل FASTA ورودی از سایتهای هدف و جست‌وجوی ژنوم مرجع و همچنین یک سیستم CRISPR با طول فاصله‌دهنده مشخص و توالی PAM، این ابزار مستقل مکان‌های احتمالی را شناسایی کرده و یک فعالیت پیش‌بینی‌شده را بر اساس مدل ماشین بردار پشتیبان تعیین می‌کند. امتیاز دهنده sgRNA 2.0. علاوه بر این، sgRNA ها با حداقل فعالیت خارج از هدف توسط Cas-OFFinder پیش‌بینی شدند و با تعیین فرکانس برش خارج از هدف (CFD) امتیاز گرفتند.
امکانات
- CRISPR-offinder می تواند ابزاری برای شناسایی سریع و کارآمد سایت های هدف با کیفیت بالا در اختیار بیولوژیست قرار دهد.
- از این نرم افزار می توان برای طراحی کتابخانه های sgRNA برای هر گونه استفاده کرد
- ژائو و همکاران (2017) CRISPR-offinder: یک طراحی RNA راهنمای CRISPR و ابزار جستجوی خارج از هدف برای موتیف مجاور پروتوسپیسر تعریف شده توسط کاربر. مجله بین المللی علوم زیستی
زبان برنامه نویسی
پرل
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/crispr-offinder-v1-2/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
