abyss-pe - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

NOM

abyss-pe - assemble des lectures dans des contigs

SYNOPSIS

abîme-pe [OPTION]... [PARAMÈTRE=VALEURE]... [MAKE_TARGET] ...

DESCRIPTION

Assemblez les lectures des fichiers d'entrée en contigs. Les lectures peuvent être en FASTA, FASTQ,
qseq, export, format SRA, SAM ou BAM et peut être compressé avec gz, bz2 ou xz et peut être
goudronné.

abyss-pe est un script Makefile. Toutes les options de make peuvent également être utilisées avec abyss-pe.

Paramètres of abîme-pe
prénom, NOM DU TRAVAIL
Le nom de cette assemblée. Les échafaudages résultants seront stockés dans
${nom}-échafaudages.fa.

in fichiers d'entrée. Utilisez cette variable lors de l'assemblage de données à partir d'une seule bibliothèque.

lib une liste entre guillemets de noms de bibliothèques appariées séparés par des espaces. Utilisez cette variable
lors de l'assemblage de données à partir de plusieurs bibliothèques appariées. Pour chaque nom de bibliothèque dans
lib, l'utilisateur doit définir une variable sur la ligne de commande avec le même nom, qui
indique les fichiers lus pour cette bibliothèque. Voir EXEMPLES ci-dessous pour un béton
exemple d'utilisation.

pe liste des bibliothèques appariées qui seront utilisées uniquement pour fusionner des unitigs dans
contigs et ne contribuera pas à la séquence consensus.

mp liste des bibliothèques mate-pair qui seront utilisées pour l'échafaudage. Bibliothèques de paires de compagnons
ne contribuent pas à la séquence consensus.

Long liste des bibliothèques de séquences longues qui seront utilisées pour le rééchafaudage. longue séquence
les bibliothèques ne contribuent pas à la séquence consensus.

se fichiers contenant des lectures asymétriques

a nombre maximum de branches d'une bulle [2]

b longueur maximale d'une bulle (pb) [10000]

c couverture moyenne minimale k-mer d'un unitig [sqrt(médian)]

d erreur admissible d'une estimation de distance (pb) [6]

e couverture minimale de l'érosion k-mer [sqrt(médian)]

E couverture minimale d'érosion k-mer par toron [1]

j nombre de fils [2]

k taille d'un k-mer (lorsque K n'est pas défini) ou l'étendue d'une paire k-mer (lorsque K est défini)

K taille d'un seul k-mer dans une paire de k-mer (pb)

l longueur d'alignement minimale d'une lecture (pb) [k]

m chevauchement minimum de deux unitigs (pb) [30]

n nombre minimum de paires requis pour construire des contigs [10]

N nombre minimum de paires requis pour la construction d'échafaudages [n]

p identité de séquence minimale d'une bulle [0.9]

q qualité de base minimale lors du rognage [3]
Coupez les bases des extrémités des lectures dont la qualité est inférieure à q.

Q qualité de base minimale [0]
Masque toutes les bases de lectures dont la qualité est inférieure à Q en tant que « N ».

s taille d'unité minimale requise pour les contigs de construction (pb) [200]
La longueur de la graine doit être au moins le double de la valeur de k. Si plus de séquence est
assemblé que la taille de génome attendue, essayez d'augmenter s.

S taille minimale de contig requise pour la construction d'échafaudages (bp) [s]

SS SS=--SS à assembler en mode brin spécifique
Nécessite que toutes les bibliothèques soient des bibliothèques RNA-Seq spécifiques au brin. suppose que
la première lecture d'une paire de lecture est inversée WRT les transcrits séquencés.

t taille minimale du pourboire (pb) [2k]

v v=-v pour activer la journalisation détaillée

np, NSLOTS
le nombre de processus d'un assemblage MPI

mpirun le chemin de mpirun

aligneur
Le programme à utiliser pour aligner les lectures sur les contigs [map].
Les valeurs autorisées sont : map, kaligner, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida. Voir le
DIDA section ci-dessous pour plus d'informations sur l'option dida.

cs convertir les contigs d'espace chromatique en contigs de nucléotides après l'assemblage

Options of faire
-n, - à sec
Imprimez les commandes qui seraient exécutées, mais ne les exécutez pas.

Marque objectifs marquage abîme-pe
défaut
Équivalent à « scaffolds scaffolds-dot stats ».

unités
Assembler les unités.

unités-point
Sortez le graphique de chevauchement unitig.

pe-sam Mappez les lectures appariées sur les unitigs et générez un fichier SAM. Le fichier SAM ne
contiennent des lectures mappées sur différents contigs, ainsi que l'ID de lecture, la séquence et la qualité
les chaînes seront remplacées par des caractères '*'.

pe-bam Mappez les lectures appariées sur les unitigs et générez un fichier BAM. Le fichier BAM ne
contiennent des lectures mappées sur différents contigs, ainsi que l'ID de lecture, la séquence et la qualité
les chaînes seront remplacées par des caractères '*'.

indice pe
Générer un index des unitigs utilisés par abyss-map.

contig
Assemblez les contigs.

contigs-point
Sortez le graphique de chevauchement contig.

mp-sam Mappez les lectures mate-pair sur les contigs et sortez un fichier SAM. Le fichier SAM ne
contiennent des lectures mappées sur différents contigs, ainsi que l'ID de lecture, la séquence et la qualité
les chaînes seront remplacées par des caractères '*'.

mp-bam Mappez les lectures mate-pair sur les contigs et sortez un fichier BAM. Le fichier BAM ne
contiennent des lectures mappées sur différents contigs, ainsi que l'ID de lecture, la séquence et la qualité
les chaînes seront remplacées par des caractères '*'.

index-mp
Générer un index des contigs utilisés par abyss-map.

échafaudages
Assembler des échafaudages.

échafaudages-point
Sortez le graphique de chevauchement de l'échafaudage.

échafaudages
Casser les échafaudages et générer un fichier AGP.

longues échafaudages
Rescaffold en utilisant des contigs assemblés RNA-Seq.

long-scaffs-dot
Sortez le graphique de chevauchement de l'échafaudage ARN.

stats Afficher les statistiques de contiguïté de l'assemblage.

plus propre, Supprimez les fichiers intermédiaires.

version
Affiche la version d'abyss-pe.

versions
Affiche les versions de tous les programmes utilisés par abyss-pe.

aider Affichez un message utile.

DIDA

ABySS prend en charge l'utilisation de DIDA (Distributed Indexing Dispatched Alignment), un outil basé sur MPI
cadre d'alignement pour le calcul des alignements de séquences sur plusieurs machines. Utiliser
DIDA avec ABySS, téléchargez et installez d'abord DIDA à partir de
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, puis spécifiez "dida" comme valeur de
le aligneur paramètre abîme-pe.

Lié à DIDA abîme-pe paramètres
DIDA_MPIRUN
La commande `mpirun` utilisée pour exécuter les travaux DIDA.

DIDA_RUN_OPTIONS
Options d'exécution telles que le nombre de threads par rang MPI et les valeurs pour l'environnement
variables (par exemple PATH, LD_LIBRARY_PATH). Exécutez `abyss-dida --help` pour une liste de
Options disponibles.

DIDA_OPTIONS
Options qui sont transmises directement au binaire DIDA. Par exemple, cela peut être utilisé
pour contrôler le seuil de longueur d'alignement minimum. Exécutez `dida-wrapper --help` pour un
liste des options disponibles.

Propriétés Mitelman COMPATIBILITÉ
En raison de son utilisation du multi-threading, DIDA a connu des problèmes de blocage avec OpenMPI. À l'aide de
la bibliothèque MPICH MPI est fortement recommandée lors de l'exécution d'assemblages avec DIDA. Essai
a été fait avec MPICH 3.1.3, compilé avec --enable-threads=funneled.

EXEMPLE
La configuration d'exécution recommandée pour DIDA est de 1 rang MPI par machine et 1 thread par
Noyau CPU. Par exemple, pour exécuter un assembly sur 3 nœuds de cluster avec 12 cœurs chacun, procédez comme suit :

abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa' aligner=dida
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -bind-to board'

Cet exemple utilise les options de ligne de commande MPICH pour `mpirun`. Ici, `-np 3` indique
le nombre de rangs MPI, "-ppn 1" indique le nombre de rangs MPI par "nœud", et
`-bind-to board` définit un "nœud" comme étant une carte mère (c'est-à-dire une machine complète).

ENVIRONNEMENT VARIABLES

Tout paramètre pouvant être spécifié sur la ligne de commande peut également être spécifié dans un
variable d'environnement.

PATH doit contenir le répertoire où sont installés les exécutables ABySS. Utilisez 'abîme-
pe versions` pour vérifier que PATH est correctement configuré.

TMPDIR spécifie un répertoire à utiliser pour les fichiers temporaires

Planificateur l'intégration
ABySS s'intègre bien avec les planificateurs de tâches de cluster, tels que :
* SGE (Sun Grid Engine)
* Système de lot portable (PBS)
* Installation de partage de charge (LSF)
* IBM LoadLeveler

Les variables d'environnement SGE JOB_NAME, SGE_TASK_ID et NSLOTS peuvent être utilisées pour spécifier le
les paramètres name, k et np, respectivement, et de même pour les autres ordonnanceurs.

EXEMPLES

Taille apparié bibliothèque
abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

Multiple apparié bibliothèques
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

Fin appariée et mate-paire bibliothèques
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

Y compris ARN-Seq assemblages
abîme-pe k=64 nom=ecoli lib=pe1 mp=mp1 long=long1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
long1=long1.fa

Propriétés Mitelman
abyss-pe np=8 k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'

Utilisez abyss-pe en ligne en utilisant les services onworks.net