Il s'agit de la commande andi qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
andi - estime la distance évolutive
SYNOPSIS
andi [-jlv] [-b INT] [-p FLOAT] [-m MODÈLE] [-t INT] DES DOSSIERS
DESCRIPTION
andi estime la distance évolutive entre des génomes étroitement liés. Pour ça andi
lit les séquences d'entrée de RAPIDE fichiers et calcule la distance d'ancrage par paire. Les
L'idée derrière cela est expliquée dans un article de Haubold et al. (voir ci-dessous).
SORTIE
La sortie est une matrice de distance symétrique en PHILIPPE format, chaque entrée représentant
divergence avec un nombre réel positif. Une distance de zéro signifie que deux séquences sont
identiques, tandis que les autres valeurs sont des estimations du taux de substitution de nucléotides (Jukes-
Cantor corrigé). Pour des raisons techniques, la comparaison peut échouer et aucune estimation ne peut être
calculé. Dans ces cas nan est imprimé. Cela signifie soit que les séquences d'entrée ont été
trop court (<200pb) ou trop diversifié (K>0.5) pour que notre méthode fonctionne correctement.
OPTIONS
-b, --amorcer
Calculer des matrices de distances multiples, avec n-1 bootstrap depuis le premier. Voir le
papier Klötzl & Haubold (2016, en revue) pour une explication détaillée.
-j, --rejoindre
Utilisez ce mode si chacun de vos RAPIDE fichiers représente un assemblage avec de nombreux
contigs. andi traitera alors toutes les séquences contenues par fichier comme un seul
génome. Dans ce mode, au moins un nom de fichier doit être fourni via la ligne de commande
arguments. Pour la sortie, le nom de fichier est utilisé pour identifier chaque séquence.
-l, --peu de mémoire
En mode multithread, andi nécessite une mémoire linéaire au nombre de threads. Les
le mode mémoire faible change cela en une demande constante indépendante du nombre utilisé
de fils. Malheureusement, cela a un coût d'exécution important.
-m, --maquette
Différents modèles d'évolution des nucléotides sont pris en charge. Par défaut le Jukes-Cantor
la correction est utilisée.
-p
Importance d'une paire d'ancres ; par défaut : 0.05.
-t
Le nombre de threads à utiliser ; par défaut, tous les processeurs disponibles sont utilisés.
Le multithreading n'est disponible que si andi a été compilé avec le support OpenMP.
-v, --verbeux
Imprime des informations supplémentaires. Appliquer plusieurs fois pour plus de verbosité.
-h, --Aidez-moi
Imprime le synopsis et une explication des options disponibles.
--version
Affiche les informations de version et les accusés de réception.
DROIT D'AUTEUR
Copyright © 2014, 2015 Fabian Klötzl Licence GPLv3+ : GNU GPL version 3 ou ultérieure.
C'est un logiciel libre : vous êtes libre de le modifier et de le redistribuer. Il n'y a AUCUNE GARANTIE,
dans la mesure permise par la loi. Le texte complet de la licence est disponible sur
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
REMERCIEMENTS
1) andi : Haubold, B. Klötzl, F. et Pfaffelhuber, P. (2015). andi : rapide et précis
estimation des distances évolutives entre des génomes étroitement liés
2) Algorithmes : Ohlebusch, E. (2013). Algorithmes de bioinformatique. Analyse de séquence, génome
Réarrangements et reconstruction phylogénétique. pp 118f.
3) Construction SA : Mori, Y. (2005). Brève description du suffixe amélioré en deux étapes
algorithme de tri. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
Utiliser andi en ligne en utilisant les services onworks.net
