anfo-tool - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

anfo-tool - traite les fichiers binaires ANFO natifs

SYNOPSIS

anfo-outil [ option | modèle ... ]

DESCRIPTION

anfo-outil est utilisé pour filtrer, traiter et convertir les fichiers créés par anpho. Chaque modèle
sur la ligne de commande est un caractère générique développé, puis pour chaque fichier d'entrée (ou le fichier standard
entrée, si aucun motif n'est donné), anfo-outil construit une chaîne de filtres d'entrée, puis fusionne
ces flux d'entrée de plusieurs manières, divise le résultat en plusieurs sorties
flux, dont chacun peut avoir une chaîne de filtre de sortie appliquée.

OPTIONS

Général Options
Ces options s'appliquent globalement et modifient le comportement de l'ensemble du programme. Ils peuvent être
placé n'importe où dans la ligne de commande.

-V, --version
Imprimer le numéro de version et quitter.

-q, --calme
Supprime toutes les sorties à l'exception des messages d'erreur fatale.

-v, --verbeux
Produisez plus de résultats, y compris des indicateurs de progrès pour la plupart des opérations.

--déboguer
Produisez une sortie de débogage en plus des informations de progression.

-n, --exécution à sec
Analyser la ligne de commande, imprimer éventuellement une description des opérations prévues, puis
Sortie.

--vmemX
Limiter la mémoire virtuelle à X mégaoctets. Si la mémoire est épuisée, anfo-outil essaie de libérer
jusqu'à la mémoire en oubliant les gros fichiers, par exemple les génomes. Utilisez cette option pour éviter
conditions de permutation ou de mémoire insuffisante lorsque les opérations impliquent de grandes ou plusieurs
génomes.

Paramètres Paramètres
Un paramètre peut être défini plusieurs fois sur la ligne de commande et écrasera le précédent
Les paramètres. Toute option de filtre qui a besoin d'un paramètre récupère la dernière définition qui
est apparu avant l'option de filtre.

--set-pente S
Réglez le paramètre de pente sur SL’ pente est utilisé avec le intercepter où
les filtres s'appliquent aux scores d'alignement ; alignements ne notant pas pire que pente * (Longueur
- intercepter) sont considérés comme bons. La valeur par défaut est 7.5.

--set-interception L
Définissez le paramètre d'interception sur LL’ intercepter est utilisé avec le pente
où les filtres s'appliquent aux scores d'alignement ; alignements ne notant pas pire que pente *
(Longueur - intercepter) sont considérés comme bons. La valeur par défaut est 20.

--set-contexte C
Définissez le paramètre de contexte sur C. Le contexte est le nombre de bases environnantes de
la référence incluse lors de l'impression des alignements sous forme de texte. La valeur par défaut est 0.

--set-génome G
Réglez le paramètre du génome sur G. De nombreux filtres ne prendront en compte que les meilleurs alignements
à ce génome spécifique s'il est défini. Si aucun génome n'est défini, le meilleur
l'alignement est utilisé.

--clear-génome
Effacez le paramètre du génome. Les filtres s'appliquent au meilleur alignement global
après.

Filtre Options
Des filtres peuvent être appliqués avant de fusionner les entrées ou après avoir fractionné la sauvegarde.

-s, --sort-pos=n
Trier par position d'alignement tout en ne tamponnant pas plus de n Mio en mémoire. Si un
génome est défini, les alignements sur ce génome sont utilisés.

-S, --nom-sort=n
Trier par nom de lecture tout en mettant en mémoire tampon pas plus de n Mio en mémoire.

-l, --filter-length=L
Conserver les alignements uniquement pour les lectures d'au moins L longueur des bases. Les lectures elles-mêmes
sont gardés.

-f, --filter-score
Ne conservez les alignements que si leur score est suffisamment bon. Utilisationspenteet intercepter.

--filter-mapq=Q
Supprimer les alignements avec la qualité de mappage ci-dessous Q.

-h, --filter-hit=SEQ
Conserver uniquement les lectures qui ont un accès à une séquence nommée SEQ. Si SEQ est vide, lit
sont conservés s'ils sont touchés. Si la génome paramètre est défini, seuls les coups à ce
comptage du génome.

--delete-hit=SEQ
Supprimer les alignements sur SEQ. Si SEQ est vide, tous les alignements sont supprimés. Si la
génome est défini, seuls les alignements sur ce génome sont supprimés.

--filter-qual=Q
Masquez les bases avec la qualité ci-dessous Q. Une telle base est remplacée par la N ambiguïté
code.

--multiplicité=N
Conserver uniquement les lectures de molécules qui ont été séquencées au moins N fois. Les lectures sont
considérés comme provenant de la même molécule d'origine si leurs coordonnées alignées sont
identique.

--sous-échantillon=F
Sous-échantillonner une fraction F des résultats. Chaque lecture est indépendante et aléatoire
choisi d'être conservé ou non.

--inside-regions=FICHIER
Lire la liste des régions de DOSSIER, puis ne conservez que les alignements qui chevauchent un
région annotée.

--outside-regions=FICHIER
Lire la liste des régions de DOSSIER, puis ne conservez que les alignements qui ne chevauchent pas un
région annotée.

Spécial Filtres
-d, --rmdup=Q
Supprimez les doublons PCR, fixez les scores de qualité à Q. Deux lectures sont considérées
doublons, si leurs coordonnées alignées sont identiques. Si un génome est réglé, le
le meilleur alignement sur ce génome est utilisé, sinon le meilleur alignement global. Les deux
les alignements doivent être bons, comme déterminé par penteet intercepter. Pour un ensemble de
doublons, un consensus est appelé, augmentant généralement les scores de qualité. Si un
le score de qualité résultant dépasse Q, il est réglé sur Q. Ce filtre nécessite l'entrée
à trier par coordonnées d'alignement sur le génome.

--duct-tape=NOM Le ruban adhésif chevauche les alignements dans les contigs et appelle un consensus
pour eux. Si un génome est défini, les alignements sur ce génome sont utilisés, sinon le
meilleurs alignements à l'échelle mondiale. Ce filtre nécessite que les entrées soient triées par alignement
coordonner sur le génome. La sortie est un ensemble de contigs, chaque position est attribuée
une base de consensus, un score de qualité et des probabilités pour chaque diallele possible. (Ce
s'appelle du ruban adhésif car il ressemble à un assemblage, mais n'est pas près
comme solide.)

--edit-header=ED
Appeler l'éditeur ED sur la représentation textuelle de l'en-tête du flux. Cela peut être
utilisé pour nettoyer les en-têtes qui ont accumulé trop de saletés.

Fusion Filtres
Exactement un filtre de fusion doit être donné sur la ligne de commande, toutes les options de filtre
se produisant avant qui font partie des chaînes de filtres d'entrée, tous les autres filtres deviennent
chaînes de sortie. Si aucun filtre de fusion n'est fourni, --concat est supposé, et tous les filtres sont
filtres d'entrée.

-c, --concat
Concaténez tous les flux d'entrée dans l'ordre dans lequel ils apparaissent sur la ligne de commande.

-m, --merge
Fusionnez les flux d'entrée triés, produisant un résultat trié. Toutes les entrées doivent être triées
de la même manière.

-j, --joindre
Rejoignez les flux d'entrée et conservez les meilleurs résultats pour chaque génome. Chaque entrée
stream doit contenir un enregistrement pour chaque lecture, les lectures sont mises en mémoire tampon jusqu'à ce que toutes
de leurs hits sont collectés. De cette façon, la jointure fonctionne bien si toutes les entrées sont presque
dans le même ordre. Si des lectures sont manquantes dans certains flux, les rejoindre sera un gaspillage
mémoire.

--mega-fusion
Fusionner de nombreux flux tels que ceux produits en exécutant anfo-sge. Des flux qui
opérés sur les mêmes lectures sont jointes, puis tout est fusionné.

Sortie Options
Si une option de sortie est donnée sur la ligne de commande, la chaîne de filtrage de sortie actuelle est terminée
et un nouveau est lancé. Si aucune option de sortie n'est donnée, une représentation textuelle du
le flux final est écrit dans Stdout. Toutes les options de sortie acceptent - pour écrire sur stdout.

-o, --output FICHIER
Écrire un flux binaire natif (un message protobuf compressé) dans DOSSIER. Écrire un
flux binaire et le relire est sans perte.

--output-text FICHIER
Écrire le flux de texte protobuf dans DOSSIER. Si les génomes nécessaires sont disponibles, un
une représentation textuelle des alignements est incluse. Si la aux contextes le paramètre est
ensemble, que de nombreuses bases supplémentaires de la référence en amont et en aval de la
l'alignement sont inclus.

--output-sam=FICHIER
Écrire des alignements au format SAM sur DOSSIER.

--output-glz FICHIER
Écrire des contigs au format GLZ 0.9 sur DOSSIER. La génération de GLZ ne fonctionne qu'après
application d' --ruban adhésif, chaque contig devient un enregistrement GLZ.

--output-3aln FICHIER
Écrire des contigs dans un format basé sur une table pour DOSSIER. Le format est toujours soumis à
changer, voir le code source pour une documentation détaillée.

--output-fasta FICHIER
Écrivez les alignements (!) au format FastA sur DOSSIER. Les alignements sont écrits comme une paire de
référence et séquence de requête, les coordonnées alignées sont indiquées dans la description
de la séquence de requête. Si la aux contextes paramètre est défini, que de nombreuses bases supplémentaires
de référence en amont et en aval de l'alignement sont inclus. Cette
le format n'est pas suggéré pour une utilisation sérieuse, il existe pour prendre en charge l'héritage
applications.

--output-fastq FICHIER
Écrire des séquences (!) au format FastQ sur DOSSIER. Écrire FastQ efficacement
reconstitue l'entrée de ANFO si aucun filtrage n'a été effectué sur les résultats.

--output-table FICHIER
Écrire des statistiques par alignement dans DOSSIER. Le fichier a trois colonnes : séquence
longueur, score d'alignement, différence avec le meilleur alignement suivant. Il est surtout utile de
analyser/visualiser la distribution des scores d'alignement.

--stats FICHIER
Écrire des statistiques simples à DOSSIER. Il en résulte quelques statistiques sommaires simples de
un flux entier : nombre de séquences alignées, longueur moyenne, contenu GC.

ENVIRONNEMENT

ANFO_PATH
Liste séparée par deux points de répertoires recherchés pour le génome et les fichiers d'index.

ANFO_TEMP
Espace temporaire utilisé pour le tri de fichiers volumineux.

Utilisez anfo-tool en ligne en utilisant les services onworks.net