Il s'agit de la commande bamtools qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
bamtools - boîte à outils pour manipuler les fichiers BAM (alignement du génome)
SYNOPSIS
outils bam [--help] COMMANDE [ARGS]
DESCRIPTION
BamTools facilite l'analyse de la recherche et la gestion des données à l'aide de fichiers BAM. Il fait face à
l'énorme quantité de données produites par les technologies de séquençage actuelles qui sont généralement
stocké dans des formats binaires compressés qui ne sont pas facilement manipulés par les analyseurs textuels
couramment utilisé dans la recherche en bioinformatique.
OPTIONS
convertir
Convertit entre BAM et un certain nombre d'autres formats
count Imprime le nombre d'alignements dans le(s) fichier(s) BAM
couverture
Imprime les statistiques de couverture à partir du fichier BAM d'entrée
filter Filtre le(s) fichier(s) BAM selon des critères spécifiés par l'utilisateur
en-tête Imprime les informations d'en-tête BAM
index Génère un index pour le fichier BAM
fusionner Fusionner plusieurs fichiers BAM en un seul fichier
aléatoire Sélectionnez des alignements aléatoires à partir de fichiers BAM existants, destinés davantage à des tests
outil.
résoudre
Résout les lectures appariées (en marquant l'indicateur IsProperPair si nécessaire)
revenir Supprime les marques en double et restaure les qualités de base d'origine
sort Trie le fichier BAM selon certains critères
split Divise un fichier BAM sur une propriété spécifiée par l'utilisateur, créant un nouveau fichier de sortie BAM pour
chaque valeur trouvée
stats Imprime quelques statistiques de base à partir des fichiers BAM d'entrée
Voir 'bamtools help COMMAND' pour plus d'informations sur une commande spécifique.
Utilisez bamtools en ligne en utilisant les services onworks.net
