Il s'agit de la commande berkeley-express qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
berkeley-express - Quantification en streaming pour le séquençage à haut débit
DESCRIPTION
Utilisation du fichier : express [options] Utilisation passepoilée: nœud papillon
[choix] -S | exprimer [options]
Requis arguments:
fichier de séquence cible au format fasta
lire le fichier d'alignement au format SAM ou BAM
Standard Options:
-h [ --Aidez-moi ]
produire un message d'aide
-o [ --rép-sortie ] argument (=.)
écrire tous les fichiers de sortie dans ce répertoire
-D [ --prétraiter ]
exécuter le script de prétraitement pour eXpressD
-m [ --frag-len-mean ] argument (=200)
estimation préalable de la longueur moyenne des fragments
-s [ --frag-len-stddev ] argument (=80)
estimation préalable de la déviation standard de la longueur des fragments
-H [ --haplotype-fichier ] argument
chemin d'accès à un fichier contenant des paires d'haplotypes
-B [ --additional-lot ] argument (=0)
nombre de tours EM par lots supplémentaires après le tour initial en ligne
-O [ --additionnel-en ligne ] arg (=0) nombre de tours EM en ligne supplémentaires
après le premier tour en ligne
-L [ --max-read-len ] argument (=250)
longueur maximale autorisée d'une lecture
--output-align-prob
alignements de sortie (sam/bam) avec affectations probabilistes
--output-align-samp
alignements de sortie (sam/bam) avec affectations échantillonnées
--fr-stranded
accepter uniquement les alignements avant-> inverse (protocoles de deuxième brin)
--rf-brin
accepter uniquement les alignements inverses-> avant (protocoles first-stranded)
--f-brin
accepter uniquement les alignements à une seule extrémité (protocoles de deuxième brin)
--r-brins
accepter uniquement les alignements inversés à une seule extrémité (protocoles first-stranded)
--no-update-check
désactive la vérification automatique des mises à jour via le Web
--logtostderr
imprime tous les messages de journalisation sur stderr
Avancé Options:
-f [ --oublier-param ] argument (=0.84999999999999998)
définit le paramètre 'facteur d'oubli' (0.5 < c <= 1)
--taille-bibliothèque arg
spécifie la taille de la bibliothèque pour FPKM au lieu de calculer à partir des alignements
--max-indel-taille argument (=10)
définit la taille d'indel maximale autorisée, affectant l'indel géométrique avant
--calc-covar
calculer et sortir la matrice de covariance
--expr-alpha argument (=0.0050000000000000001)
fixe la force du prior, par pb
--arrêté à argument (=0)
définit le nombre de fragments à traiter, désactivé avec 0
--Burnout argument (=5000000)
définit le nombre de fragments après lequel arrêter la mise à jour des paramètres auxiliaires
--pas de biais-correct
désactive la correction de biais
--modèle-sans erreur
désactive la modélisation des erreurs
--aux-param-fichier arg
chemin d'accès au fichier contenant les paramètres auxiliaires à utiliser au lieu d'apprendre
Utilisez berkeley-express en ligne en utilisant les services onworks.net
