Il s'agit de la commande blastclust qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
blastclust - clustering à liaison unique basé sur le score BLAST
SYNOPSIS
amas d'explosifs [-] [-C] [-L X] [-S X] [-W N] [-a N] [-b F] [-c nom de fichier] [-d nom de fichier] [-e F]
[-i nom de fichier] [-l nom de fichier] [-o nom de fichier] [-p F] [-r nom de fichier] [-s nom de fichier]
[-v [nom de fichier]]
DESCRIPTION
amas d'explosifs regroupe automatiquement et systématiquement des séquences de protéines ou d'ADN en fonction de
correspondances par paires trouvées à l'aide de l'algorithme BLAST dans le cas de protéines ou Mega BLAST
algorithme pour l'ADN. Dans ce dernier cas, une seule recherche Mega BLAST est effectuée pour tous les
séquences combinées contre une base de données créée à partir des mêmes séquences. amas d'explosifs trouve
paires de séquences qui ont des correspondances statistiquement significatives et les regroupe en utilisant
clustering à liaison unique.
OPTIONS
Un résumé des options est inclus ci-dessous.
- Imprimer le message d'utilisation
-C Regroupement complet inachevé
-L X Seuil de couverture de longueur (par défaut = 0.9)
-S X Seuil de couverture du score (score en bits / longueur si < 3.0, pourcentage d'identités
autrement; par défaut = 1.75)
-W N Utilisez des mots de taille N (durée de la meilleure correspondance parfaite ; zéro invoque le comportement par défaut : 3
pour les protéines, 32 pour les nucléotides)
-a N Nombre de CPU à utiliser (par défaut = 1)
-b F Ne nécessite pas de couverture sur les deux voisins
-c nom de fichier
Lire les options avancées du fichier de configuration nom de fichier
-d nom de fichier
Saisie comme base de données
-e F Désactiver l'analyse des identifiants dans le formatage de la base de données
-i nom de fichier
Fichier d'entrée FASTA (le programme formatera la base de données et supprimera les fichiers à la fin ;
par défaut = stdin)
-l nom de fichier
Restreindre le regroupement à la liste des identifiants dans nom de fichier
-o nom de fichier
Fichier de sortie pour la liste des clusters (par défaut = stdout)
-p F L'entrée est des nucléotides, pas des protéines.
-r nom de fichier
Restaurer les voisins pour le recluster à partir de nom de fichier
-s nom de fichier
Enregistrer tous les voisins pour nom de fichier
-v [nom de fichier]
Imprimer des messages de progression détaillés (à nom de fichier)
Utilisez blastclust en ligne en utilisant les services onworks.net
