Il s'agit de la commande bowtie-build-debug qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
bowtie-build - création d'un index d'espace colorimétrique pour bowtie
SYNOPSIS
construction en nœud papillon [Options]*
DESCRIPTION
référence_in
liste de fichiers séparés par des virgules avec des séquences de référence
ebwt_outfile_base
écrire les données Ebwt dans des fichiers avec ce répertoire/nom de base
OPTIONS
-f les fichiers de référence sont Fasta (par défaut)
-c séquences de référence données sur la ligne de commande (comme )
--grand-index
force l'index généré à être « grand », même si la référence a moins de 4 milliards
nucléotides
-C/--couleur
construire un index d'espace colorimétrique
-a/--pasauto
désactiver automatique -p/--bmax/--dcv mémoire-ajustement
-p/--emballé
utiliser des chaînes compressées en interne ; plus lent, utilise moins de mémoire
--bmax
max bucket sz pour le constructeur de tableau de suffixes par blocs
--bmaxdivn
max bucket sz comme diviseur de ref len (par défaut : 4)
--dcv
période de couverture diff pour les blocs (par défaut : 1024)
--nodc désactiver diff-cover (l'algorithme devient quadratique)
-r/--noref
ne construisez pas de portion .3/.4.ebwt (référence emballée)
-3/--justref
il suffit de construire la partie .3/.4.ebwt (référence emballée)
-o/--offrate
SA est échantillonné tous les 2^offRate BWT caractères (par défaut : 5)
-t/--ftabchars
Nombre de caractères consommés lors de la recherche initiale (par défaut : 10)
--ntoa convertir Ns en référence à As
--la graine
graine pour générateur de nombres aléatoires
-q/--calmer
sortie verbeuse (pour le débogage)
-h/--aider
imprimer une description détaillée de l'outil et de ses options
--usage
imprimer ce message d'utilisation
--version
imprimer les informations sur la version et quitter
64 bits Construit sur lgw01-11 Thu Nov 26 11:11:03 UTC 2015 Compilateur : gcc version 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Options : -O3 -Wl,--hash-style=les deux -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protecteur-fort -Wformat -Werreur=format-sécurité -g -O2 -fstack-protecteur-fort
-Wformat -Werreur=format-sécurité -Wl,-Bfonctions-symboliques -Wl,-z,relro Sizeof {int, long,
long long, vide*, size_t, off_t} : {4, 8, 8, 8, 8, 8}
Utilisez bowtie-build-debug en ligne avec les services onworks.net
