Il s'agit de la commande bp_classify_hits_kingdomp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'une de nos multiples stations de travail en ligne gratuites telles que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
bp_classify_hits_kingdom - classifie les hits BLAST par royaume taxonomique
UTILISATION
bp_classify_hits_kingdom [-i tab_file] [-i second_BLAST_file] [-e evalue_cutoff]
[-t dir_where_TAXONOMY_files_are] [-g gi2taxid]
[-z CHEMIN_TO_zcat] [-v]
DESCRIPTION
Imprimera la distribution taxonomique (au niveau du royaume) pour un ensemble de résultats contre
la base de données NR. Par défaut, ce script suppose que vous avez effectué une recherche sur la protéine
base de données (fichier gi_taxid_nuc.dump).
Cela attend les fichiers BLAST au format à onglets -m9 ou -m8. Sortie avec -m 8 ou utilisation
blast2table.pl à convertir (ou fastam9_to_table.PLS si vous utilisez FASTA).
Valeurs d'entrée :
-t/--taxonomy Répertoire où se trouvent les fichiers de taxonomie .dmp (depuis NCBI)
-g/--gi Chemin du fichier gi2taxid (gi_taxid_prot.dmp pour les protéines
ou gi_taxid_nucl.dmp si la recherche portait sur une base de données de nucléides)
-i/--in Le nom des fichiers de sortie -m8/-m9 délimités par des tabulations à traiter
-e/--evalue Fournit un seuil de valeur E pour les hits à prendre en compte
-z/--zcat Chemin d'accès à l'exécutable 'zcat', peut également être 'gunzip -c'
si pas de zcat sur votre système.
Drapeaux:
-v/--verbose Pour activer les messages détaillés
-h/--help Afficher ces informations utiles
Ceci est destiné à être un script de démarrage utile, mais les utilisateurs voudront peut-être personnaliser la sortie
et paramètres. Notez que je résume ici les royaumes et les Eukaryota ne tombent pas
en Metazoa, Viridiplantae ou Fungi est regroupé dans le superrègne général Eukaryota
pour la simplicité. Il y a des commentaires dans le code vous indiquant où des modifications peuvent être apportées
si vous vouliez afficher les hits par phylum par exemple. Notez que vous devez effacer le
fichier cache 'gi2class' créé dans votre répertoire après avoir effectué ces modifications.
AUTEUR
Jason Stajich jason_at_bioperl_dot_org
Utilisez bp_classify_hits_kingdomp en ligne à l'aide des services onworks.net
