Il s'agit de la commande bp_genbank2gffp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
bp_genbank2gff.pl - Charge une base de données Bio::DB::GFF à partir de fichiers GENBANK.
SYNOPSIS
% bp_genbank2gff.pl -d genbank -f fichierlocal.gb
% bp_genbank2gff.pl -d genbank --accession AP003256
% bp_genbank2gff.pl --accession AP003256 --stdout
DESCRIPTION
Ce script charge une base de données Bio::DB::GFF avec les fonctionnalités contenues dans un fichier local
genbank ou une accession qui est récupérée de genbank. Diverses options de ligne de commande
vous permettent de contrôler quelle base de données charger et d'autoriser ou non une base de données existante à
être écrasé.
La base de données doit déjà avoir été créée et l'utilisateur actuel doit disposer des autorisations appropriées.
Privilèges INSERT et UPDATE. L'option --create initialise une nouvelle base de données avec les privilèges
schéma approprié, en supprimant toutes les tables qui étaient déjà là.
LIGNE DE COMMANDE OPTIONS
Les options de ligne de commande peuvent être abrégées en options à une seule lettre. par exemple -d au lieu de
--base de données.
--create Force la création et l'initialisation de la base de données
--dsn Source de données (par défaut dbi:mysql:test)
--utilisateur Nom d'utilisateur pour l'authentification mysql
--passe Mot de passe pour l'authentification mysql
--Procuration Serveur proxy à utiliser pour l'accès à distance
--stdout sortie directe vers STDOUT
--adaptateur adaptateur à utiliser (par exemple dbi::mysql, dbi::pg, dbi::oracle) --viral le génome que vous chargez est viral (change la balise
les choix)
--source champ source pour les fonctionnalités ['genbank']
SOIT --file Les arguments qui suivent sont des noms de fichiers Genbank/EMBL
OU --gb_folder Ce qui suit est un dossier rempli de fichiers gb à traiter OU --accession Les arguments qui suivent sont des numéros d'accès genbank
(pas gi!)
OU --acc_file Numéros d'accès (pas gi!) dans un fichier (un par ligne, pas de point.)
OU --acc_pipe Numéros d'accès (pas gi!) à partir d'un tube STDIN (un
par ligne)
Utilisez bp_genbank2gffp en ligne à l'aide des services onworks.net
