Il s'agit de la commande bp_indexp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
bp_index.pl - indexe les fichiers à utiliser par bp_fetch.pl
SYNOPSIS
bp_index.pl nom_index fichier1 fichier2 etc.
DESCRIPTION
bp_index.pl construit un index bioperl pour les fichiers de séquence donnés dans la liste d'arguments,
sous le nom de l'index. Par exemple
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
construirait un index appelé 'nrdb' comme nom d'index pour le fichier nrdb.fasta, et
bp_index.pl -fmt EMBL suisse /data/swiss/*.dat
construirait un index appelé swiss pour tous les fichiers dans /data/swiss qui se terminent par .dat qui
sont au format EMBL.
Les index sont construits à l'aide des modules Bio/Index/*, en particulier Bio::Index::EMBL et
les modules Bio::Index::Fasta. Tout script qui utilise ces modules peut utiliser l'index. UNE
un bon exemple de script est bp_fetch qui récupère les séquences et les dirige vers STDOUT, pour
exemple
bp_fetch suisse:ROA1_HUMAN
obtient la séquence ROA1_HUMAN de l'index suisse et l'écrit au format fasta sur STDOUT.
OPTIONS
-fmt - Fasta (par défaut), suisse ou EMBL
-dir - répertoire où se trouvent les fichiers d'index
(remplace la variable d'environnement BIOPERL_INDEX)
Options pour une utilisation experte
-taper - Type de fichier DBM.
(remplace la variable d'environnement BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - rapporte chaque ajout d'index (débogage)
ENVIRONNEMENT
bp_index et bp_fetch coordonnent où se trouvent les bases de données en utilisant la variable d'environnement
BIOPERL_INDEX. Cela peut être remplacé à l'aide de l'option -dir. Il n'y a pas de valeur par défaut, donc
vous devez utiliser l'option -dir ou définir BIOPERL_INDEX.
Le type de base de données est coordonné avec BIOPERL_INDEX_TYPE qui, s'il n'est pas là, est par défaut
quels que soient les modules bioperl installés, qui lui-même est par défaut SDBM_File.
EN UTILISANT IT TOI MÊME
bp_index.pl est un script qui pilote les modules Index. Si vous souhaitez utiliser ce script
fortement dans votre travail, s'il est basé sur Perl, il est presque certainement préférable de regarder le
code dans ce script et copiez-le (vous serez probablement plus susceptible de vouloir utiliser
le code bp_fetch).
EXTENSION IT
bp_index est juste un wrapper autour des excellents modules Index de James Gilbert trouvés dans bioperl
RETOURS
Mailing Liste
Les commentaires des utilisateurs font partie intégrante de l'évolution de ce module et d'autres modules Bioperl. Envoyer
vos commentaires et suggestions de préférence sur la liste de diffusion Bioperl. Votre participation
est très apprécié.
[email protected] - Discussion générale
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - À propos des listes de diffusion
Rapports Bugs
Signalez les bogues au système de suivi des bogues de Bioperl pour nous aider à suivre les bogues et leurs
résolution. Les rapports de bogues peuvent être soumis via le Web :
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AUTEUR - Ewan Birney
Ewan Birney[email protected]>
Utilisez bp_indexp en ligne à l'aide des services onworks.net
