Il s'agit de la commande bp_indexp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
bp_index.pl - indexe les fichiers à utiliser par bp_fetch.pl
SYNOPSIS
bp_index.pl nom_index fichier1 fichier2 etc.
DESCRIPTION
bp_index.pl construit un index bioperl pour les fichiers de séquence donnés dans la liste d'arguments,
sous le nom de l'index. Par exemple
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
construirait un index appelé « nrdb » comme nom d'index pour le fichier nrdb.fasta, et
bp_index.pl -fmt EMBL suisse /data/swiss/*.dat
créerait un index appelé swiss pour tous les fichiers dans /data/swiss qui se terminent par .dat qui
sont au format EMBL.
Les index sont construits à l'aide des modules Bio/Index/*, en particulier Bio::Index::EMBL et
les modules Bio::Index::Fasta. Tout script utilisant ces modules peut utiliser l'index.
Un bon exemple de script est bp_fetch qui récupère les séquences et les dirige vers STDOUT, par exemple
(ici)
bp_fetch suisse:ROA1_HUMAN
récupère la séquence ROA1_HUMAN de l'index suisse et l'écrit au format fasta sur STDOUT.
OPTIONS
-fmt - Fasta (par défaut), suisse ou EMBL
-dir - répertoire où se trouvent les fichiers d'index
(remplace la variable d'environnement BIOPERL_INDEX)
Options pour une utilisation experte
-taper - Type de fichier DBM.
(remplace la variable d'environnement BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - signaler chaque ajout d'index (débogage)
ENVIRONNEMENT
bp_index et bp_fetch coordonnent l'emplacement des bases de données à l'aide de la variable d'environnement
BIOPERL_INDEX. Cette valeur peut être remplacée par l'option -dir. Il n'existe pas de valeur par défaut.
vous devez utiliser l'option -dir ou définir BIOPERL_INDEX.
Le type de base de données est coordonné avec BIOPERL_INDEX_TYPE qui, s'il n'est pas présent, est par défaut
quels que soient les modules bioperl installés, qui sont eux-mêmes par défaut SDBM_File.
EN UTILISANT IT TOI MÊME
bp_index.pl est un script qui pilote les modules Index. Si vous souhaitez utiliser ce script,
fortement dans votre travail, s'il est basé sur Perl, il est presque certainement préférable de regarder le
code dans ce script et copiez-le (vous serez probablement plus susceptible de vouloir utiliser
le code bp_fetch).
EXTENSION IT
bp_index n'est qu'un wrapper autour des excellents modules Index de James Gilbert trouvés dans bioperl
COMMENTAIRES
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AUTEUR - Ewan Birney
Ewan Birney[email protected]>
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